Index >

Results for CNB 71089_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71089_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_669/1-381      -TCACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGG
71089_ENSMUSG00000049150_MOUSE_325_704/1-381          CTCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGG
71089_ENSG00000183868_HUMAN_300_678/1-381             -TTACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTAGTACCCTCGGACACGGCGTGCTTGG
71089_ENSRNOG00000021192_RAT_336_715/1-381            CTCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGG
71089_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           -CTATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGG


71089_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_669/1-381      CCAGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGG
71089_ENSMUSG00000049150_MOUSE_325_704/1-381          CCAGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCG
71089_ENSG00000183868_HUMAN_300_678/1-381             CCAACTCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCG
71089_ENSRNOG00000021192_RAT_336_715/1-381            CCAACTCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCG
71089_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           CCAGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGG


71089_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_669/1-381      AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
71089_ENSMUSG00000049150_MOUSE_325_704/1-381          AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
71089_ENSG00000183868_HUMAN_300_678/1-381             AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCTGCGATGCGCTCGAAAATGTCGT
71089_ENSRNOG00000021192_RAT_336_715/1-381            AGCGCTTGTTGTAATGAGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
71089_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           CGCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGT


71089_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_669/1-381      TTACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTT
71089_ENSMUSG00000049150_MOUSE_325_704/1-381          TCACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTT
71089_ENSG00000183868_HUMAN_300_678/1-381             TCACAAACGAATTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAAATGCCGGTGTCAGGGTGGACCT
71089_ENSRNOG00000021192_RAT_336_715/1-381            TCACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACTT
71089_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           TCACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCT


71089_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_669/1-381      GTTTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCT
71089_ENSMUSG00000049150_MOUSE_325_704/1-381          GCTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
71089_ENSG00000183868_HUMAN_300_678/1-381             GCTTCAGAACCTTGTACACATAGATGGAATAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
71089_ENSRNOG00000021192_RAT_336_715/1-381            GCTTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
71089_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           GCTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCT

71089_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  85.42
 Mean single sequence MFE: -125.77
 Consensus MFE: -93.67
 Energy contribution: -96.35
 Covariance contribution:   2.68
 Mean z-score:  -1.51
 Structure conservation index:   0.74
 SVM decision value:  -0.07
 SVM RNA-class probability: 0.500000
 Prediction: no RNA

######################################################################

>71089_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_669/1-381
UCACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCU
......((((...((((((..(((.((.......((((.(((.(((((((((((((((((((...((((.....))))(((((((.(.((((((.(.((((....)))).))))))).).)))))))......)).))))))))))..((.((((((((((((.((.....((..(((((....)))))..)).....)).))))))).....))))).))))))))).))).))))........)))))..))))))......(((((((..((.......))..)))))))..)))) ( -113.16)
>71089_ENSMUSG00000049150_MOUSE_325_704/1-381
CUCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
.......(((((..((((((..((((..(((...(((((.(((((((((((....)..(((...((((((((((((((((((((((.((((((((((..((....))..)).)))))))).)))))))))))..)))((((((((((.(((.(((....))).))))))...((..(((((....)))))..)).....)))..)))).)))).))))..))))))))))))).))))).)))....))))..))))))(((......((((((........))))))...)))))))). ( -141.30)
>71089_ENSG00000183868_HUMAN_300_678/1-381
UUACUUAGCGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUAGUACCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAACUCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCACCUGCGAUGCGCUCGAAAAUGUCGUUCACAAACGAAUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAAAUGCCGGUGUCAGGGUGGACCUGCUUCAGAACCUUGUACACAUAGAUGGAAUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
.......((.(((((((((((((.((.((((..(((((((........)).))))).))))...)).)))))..(((((((((((.((((((((...(((((....))))))))))))).)))))))))))..)))))))))).((((((.......((((.((((.........((((((((....)...(((((.....)))))...)))))))...((((((((((((((.((......))...)))))).))))......(((.......)))...)))).)))))))))))))) ( -121.61)
>71089_ENSRNOG00000021192_RAT_336_715/1-381
CUCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAACUCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUUAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGAUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
.......(((((..((((((..((((...((...(((((..((((((((.((((.(((..((((...(((((((.....((((((......))))))....)))))))..((.((((((((((((..(((((...(.((.(((((...))))).))).))))))))))))).((..(((((....)))))..)).......)))).)).))))..)))))))..))))))))..))))).)).....))))..))))))(((......((((((........))))))...)))))))). ( -127.00)
>71089_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381
CUAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCU
......(((((..((((((..((((..(((...(((((.((((((((((((((((((.(((((((((...)).)))....(((((.(((.((.........))))))))))..))))((((((((......)))))))))))))))..((((((..(((.(((.((((((((...(((((....)))))))))..)).)).))).))).))))))......))))))))))).))))).)))...).)))..))))))......(((((((..(........)...)))))))))))). ( -125.80)
>consensus
_UCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCACCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
.......(((((..((((((..(((...(((...(((((.((((((((((((((((((((((((((.....))).(((((((((((.(.((((((....(((....)))...)))))).).)))))))))))..)).))))))))))...((((....((.(((.((.........(((((....))))).........)).))).))....))))......))))))))))).))))).))).....)))..)))))).........(((((..........)))))......))))). (-93.67 = -96.35 +   2.68) 

71089_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

PS | PDF	PS | PDF