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Results for CNB 71050_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71050_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71050_ENSRNOG00000021192_RAT_339_715/1-379            -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC
71050_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71050_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      -ACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
71050_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-379          -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC


71050_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             AGCTCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCGCGGGATGTGATGGTGGAG
71050_ENSRNOG00000021192_RAT_339_715/1-379            AACTCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71050_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
71050_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
71050_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-379          AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG


71050_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCTCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTG
71050_ENSRNOG00000021192_RAT_339_715/1-379            CGCTTGTTGTAATGAGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71050_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
71050_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
71050_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-379          CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC


71050_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             ACGAAGGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC
71050_ENSRNOG00000021192_RAT_339_715/1-379            ACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACTTGC
71050_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
71050_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT
71050_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-379          ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATACCGGTGTCGGGGTGCACTTGC


71050_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             TTCAGCACCTTGTACACGTAGATGGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71050_ENSRNOG00000021192_RAT_339_715/1-379            TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71050_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
71050_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA
71050_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-379          TTCAGCACCTTGTAGACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

71050_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  86.24
 Mean single sequence MFE: -129.17
 Consensus MFE: -99.54
 Energy contribution: -102.30
 Covariance contribution:   2.76
 Mean z-score:  -1.54
 Structure conservation index:   0.77
 SVM decision value:   0.04
 SVM RNA-class probability: 0.555562
 Prediction: RNA

######################################################################

>71050_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCGCGGGAUGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCUCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAGAUGGAGUAGCUCUCUUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>71050_ENSRNOG00000021192_RAT_339_715/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAACUCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUUAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGAUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>71050_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379
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>71050_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUA
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>71050_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUACCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUAGACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>consensus
_ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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71050_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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