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Results for CNB 70916_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


70916_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378      -ACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
70916_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378           TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
70916_ENSG00000184825_HUMAN_293_668/1-378             -ACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
70916_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_703/1-378          -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
70916_ENSRNOG00000028264_RAT_327_702/1-378            -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCGTGCTTGGCC


70916_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378      AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
70916_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378           AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
70916_ENSG00000184825_HUMAN_293_668/1-378             AACTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAG
70916_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_703/1-378          AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
70916_ENSRNOG00000028264_RAT_327_702/1-378            AGCTCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG


70916_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
70916_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378           CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
70916_ENSG00000184825_HUMAN_293_668/1-378             CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCCGCGATGCGTTCGAAGATGTCGTTG
70916_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_703/1-378          CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
70916_ENSRNOG00000028264_RAT_327_702/1-378            CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC


70916_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378      ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT
70916_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378           ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
70916_ENSG00000184825_HUMAN_293_668/1-378             ACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC
70916_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_703/1-378          ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
70916_ENSRNOG00000028264_RAT_327_702/1-378            ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTTGC


70916_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378      TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA
70916_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378           TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
70916_ENSG00000184825_HUMAN_293_668/1-378             TTCAGCACCTTGTACACGTATACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
70916_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_703/1-378          TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
70916_ENSRNOG00000028264_RAT_327_702/1-378            TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

70916_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  87.01
 Mean single sequence MFE: -130.57
 Consensus MFE: -99.78
 Energy contribution: -102.42
 Covariance contribution:   2.64
 Mean z-score:  -1.63
 Structure conservation index:   0.76
 SVM decision value:   0.20
 SVM RNA-class probability: 0.631521
 Prediction: RNA

######################################################################

>70916_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378
ACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUA
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>70916_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
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>70916_ENSG00000184825_HUMAN_293_668/1-378
ACUUAGCGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAACUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCACCCGCGAUGCGUUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUUCCCAUGGCCUUAGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAUACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>70916_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_703/1-378
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>70916_ENSRNOG00000028264_RAT_327_702/1-378
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>consensus
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70916_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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