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Results for CNB 70843_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


70843_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-368      -TCACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGG
70843_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-368           -CTATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGG
70843_ENSG00000124518_HUMAN_318_684/1-368             -TTACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGG
70843_ENSRNOG00000021192_RAT_336_703/1-368            CTCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGG
70843_ENSMUSG00000049245_MOUSE_296_663/1-368          CTCACTTGGAGCTGGTGTACTTAGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACGGCGTGCTTGG


70843_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-368      CCAGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGG
70843_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-368           CCAGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGG
70843_ENSG00000124518_HUMAN_318_684/1-368             CCAGCTCCCCCGGAAGCAGCAGGCGCACGGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCG
70843_ENSRNOG00000021192_RAT_336_703/1-368            CCAACTCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCG
70843_ENSMUSG00000049245_MOUSE_296_663/1-368          CCAGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCG


70843_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-368      AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
70843_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-368           CGCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGT
70843_ENSG00000124518_HUMAN_318_684/1-368             AGCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTTGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
70843_ENSRNOG00000021192_RAT_336_703/1-368            AGCGCTTGTTGTAATGAGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
70843_ENSMUSG00000049245_MOUSE_296_663/1-368          AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT


70843_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-368      TTACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTT
70843_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-368           TCACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCT
70843_ENSG00000124518_HUMAN_318_684/1-368             TGACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCT
70843_ENSRNOG00000021192_RAT_336_703/1-368            TCACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACTT
70843_ENSMUSG00000049245_MOUSE_296_663/1-368          TCACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTT


70843_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-368      GTTTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCT
70843_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-368           GCTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCT
70843_ENSG00000124518_HUMAN_318_684/1-368             GCTTCAGCACCTTGTACACGTACACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
70843_ENSRNOG00000021192_RAT_336_703/1-368            GCTTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
70843_ENSMUSG00000049245_MOUSE_296_663/1-368          GCTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT

70843_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  86.02
 Mean single sequence MFE: -128.61
 Consensus MFE: -96.94
 Energy contribution: -99.74
 Covariance contribution:   2.80
 Mean z-score:  -1.61
 Structure conservation index:   0.75
 SVM decision value:   0.13
 SVM RNA-class probability: 0.596432
 Prediction: RNA

######################################################################

>70843_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-368
UCACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCU
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>70843_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-368
CUAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCU
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>70843_ENSG00000124518_HUMAN_318_684/1-368
UUACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGAAGCAGCAGGCGCACGGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCUUGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUUCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>70843_ENSRNOG00000021192_RAT_336_703/1-368
CUCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAACUCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUUAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGAUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>70843_ENSMUSG00000049245_MOUSE_296_663/1-368
CUCACUUGGAGCUGGUGUACUUAGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>consensus
_UCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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70843_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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