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Results for CNB 70780_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


70780_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_291_667/1-378      CACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
70780_SINFRUG00000141037_FUGU_316_691/1-378           -ATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
70780_ENSRNOG00000021192_RAT_338_714/1-378            CACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC
70780_ENSMUSG00000054813_MOUSE_326_702/1-378          CACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
70780_ENSG00000184825_HUMAN_293_668/1-378             -ACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC


70780_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_291_667/1-378      AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
70780_SINFRUG00000141037_FUGU_316_691/1-378           AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
70780_ENSRNOG00000021192_RAT_338_714/1-378            AACTCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
70780_ENSMUSG00000054813_MOUSE_326_702/1-378          AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
70780_ENSG00000184825_HUMAN_293_668/1-378             AACTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAG


70780_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_291_667/1-378      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
70780_SINFRUG00000141037_FUGU_316_691/1-378           CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
70780_ENSRNOG00000021192_RAT_338_714/1-378            CGCTTGTTGTAATGAGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
70780_ENSMUSG00000054813_MOUSE_326_702/1-378          CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
70780_ENSG00000184825_HUMAN_293_668/1-378             CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCCGCGATGCGTTCGAAGATGTCGTTG


70780_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_291_667/1-378      ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT
70780_SINFRUG00000141037_FUGU_316_691/1-378           ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
70780_ENSRNOG00000021192_RAT_338_714/1-378            ACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACTTGC
70780_ENSMUSG00000054813_MOUSE_326_702/1-378          ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
70780_ENSG00000184825_HUMAN_293_668/1-378             ACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC


70780_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_291_667/1-378      TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA
70780_SINFRUG00000141037_FUGU_316_691/1-378           TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
70780_ENSRNOG00000021192_RAT_338_714/1-378            TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
70780_ENSMUSG00000054813_MOUSE_326_702/1-378          TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
70780_ENSG00000184825_HUMAN_293_668/1-378             TTCAGCACCTTGTACACGTATACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

70780_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  86.13
 Mean single sequence MFE: -128.61
 Consensus MFE: -98.08
 Energy contribution: -100.84
 Covariance contribution:   2.76
 Mean z-score:  -1.58
 Structure conservation index:   0.76
 SVM decision value:   0.09
 SVM RNA-class probability: 0.578986
 Prediction: RNA

######################################################################

>70780_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_291_667/1-378
CACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUA
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>70780_SINFRUG00000141037_FUGU_316_691/1-378
AUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
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>70780_ENSRNOG00000021192_RAT_338_714/1-378
CACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAACUCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUUAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGAUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>70780_ENSMUSG00000054813_MOUSE_326_702/1-378
CACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>70780_ENSG00000184825_HUMAN_293_668/1-378
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>consensus
CACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCACCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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70780_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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