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Results for CNB 70719_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


70719_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_669/1-381      TTCACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGG
70719_ENSRNOG00000028264_RAT_325_703/1-381            -TCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCGTGCTTGG
70719_ENSMUSG00000054813_MOUSE_325_703/1-381          -TCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGG
70719_ENSG00000184260_HUMAN_287_665/1-381             -TCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGG
70719_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           CT-ATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGG


70719_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_669/1-381      CCAGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGG
70719_ENSRNOG00000028264_RAT_325_703/1-381            CCAGCTCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCG
70719_ENSMUSG00000054813_MOUSE_325_703/1-381          CCAGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCG
70719_ENSG00000184260_HUMAN_287_665/1-381             CCAGCTCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCGCGGGATGTGATGGTGG
70719_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           CCAGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGG


70719_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_669/1-381      AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
70719_ENSRNOG00000028264_RAT_325_703/1-381            AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
70719_ENSMUSG00000054813_MOUSE_325_703/1-381          AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
70719_ENSG00000184260_HUMAN_287_665/1-381             AGCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCTCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
70719_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           CGCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGT


70719_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_669/1-381      TTACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTT
70719_ENSRNOG00000028264_RAT_325_703/1-381            TCACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTT
70719_ENSMUSG00000054813_MOUSE_325_703/1-381          TCACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTT
70719_ENSG00000184260_HUMAN_287_665/1-381             TGACGAAGGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCT
70719_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           TCACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCT


70719_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_669/1-381      GTTTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCT
70719_ENSRNOG00000028264_RAT_325_703/1-381            GCTTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
70719_ENSMUSG00000054813_MOUSE_325_703/1-381          GCTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
70719_ENSG00000184260_HUMAN_287_665/1-381             GCTTCAGCACCTTGTACACGTAGATGGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
70719_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           GCTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCT

70719_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  87.12
 Mean single sequence MFE: -130.41
 Consensus MFE: -102.54
 Energy contribution: -104.74
 Covariance contribution:   2.20
 Mean z-score:  -1.48
 Structure conservation index:   0.79
 SVM decision value:   0.01
 SVM RNA-class probability: 0.539112
 Prediction: RNA

######################################################################

>70719_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_669/1-381
UUCACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCU
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>70719_ENSRNOG00000028264_RAT_325_703/1-381
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>70719_ENSMUSG00000054813_MOUSE_325_703/1-381
UCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>70719_ENSG00000184260_HUMAN_287_665/1-381
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>70719_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381
CUAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCU
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>consensus
_UCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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70719_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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