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Results for CNB 70688_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


70688_SINFRUG00000141037_FUGU_322_661/1-341           AGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCCAGCTCCC
70688_ENSRNOG00000027815_RAT_9323_9661/1-341          AGCTGGTCTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCCTGCTTGGCCAGCTCCC
70688_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_298_637/1-341      AGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCCAGTTCTC
70688_ENSMUSG00000049150_MOUSE_334_673/1-341          AGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCCAGCTCCC
70688_ENSG00000183868_HUMAN_309_647/1-341             -GCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTAGTACCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCCAACTCCC


70688_SINFRUG00000141037_FUGU_322_661/1-341           CCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCGCGCTTGT
70688_ENSRNOG00000027815_RAT_9323_9661/1-341          CGAGTAGTAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAGCGCTTGT
70688_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_298_637/1-341      CGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAGCGCTTGT
70688_ENSMUSG00000049150_MOUSE_334_673/1-341          CGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAGCGCTTGT
70688_ENSG00000183868_HUMAN_309_647/1-341             CAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAGCGCTTGT


70688_SINFRUG00000141037_FUGU_322_661/1-341           TGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTCACAAACG
70688_ENSRNOG00000027815_RAT_9323_9661/1-341          TGTAATGAGGCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATG-GCTCGAAGATGTCGTTCACGAACG
70688_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_298_637/1-341      TGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTTACAAATG
70688_ENSMUSG00000049150_MOUSE_334_673/1-341          TGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTCACGAACG
70688_ENSG00000183868_HUMAN_309_647/1-341             TGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCTGCGATGCGCTCGAAAATGTCGTTCACAAACG


70688_SINFRUG00000141037_FUGU_322_661/1-341           AGTTCATGA-TGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGCTTCAGC
70688_ENSRNOG00000027815_RAT_9323_9661/1-341          AGTTCATAAATGCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCAGTGTCCGGGTGCACTTGCTTAAGC
70688_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_298_637/1-341      AGTTCATAA-TGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGTTTTAGT
70688_ENSMUSG00000049150_MOUSE_334_673/1-341          AGTTCATGA-TGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGCTTCAGC
70688_ENSG00000183868_HUMAN_309_647/1-341             AATTCATGA-TGCCCATGGCCTTGGACGAAATGCCGGTGTCAGGGTGGACCTGCTTCAGA


70688_SINFRUG00000141037_FUGU_322_661/1-341           ACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTATCTCCT
70688_ENSRNOG00000027815_RAT_9323_9661/1-341          ACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGGGGCTGCGCTTGCGCTTCTAGCCGTCC
70688_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_298_637/1-341      ACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTATCCCCC
70688_ENSMUSG00000049150_MOUSE_334_673/1-341          ACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTGCCGTCC
70688_ENSG00000183868_HUMAN_309_647/1-341             ACCTTGTACACATAGATGGAATAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTGCCGTCT

70688_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  84.50
 Mean single sequence MFE: -127.27
 Consensus MFE: -90.78
 Energy contribution: -93.26
 Covariance contribution:   2.48
 Mean z-score:  -1.60
 Structure conservation index:   0.71
 SVM decision value:   0.00
 SVM RNA-class probability: 0.534951
 Prediction: RNA

######################################################################

>70688_SINFRUG00000141037_FUGU_322_661/1-341
AGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUAUCUCCU
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>70688_ENSRNOG00000027815_RAT_9323_9661/1-341
AGCUGGUCUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCCUGCUUGGCCAGCUCCCCGAGUAGUAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGGCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUAAAUGCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGGGGCUGCGCUUGCGCUUCUAGCCGUCC
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>70688_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_298_637/1-341
AGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUAUCCCCC
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>70688_ENSMUSG00000049150_MOUSE_334_673/1-341
AGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUGCCGUCC
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>70688_ENSG00000183868_HUMAN_309_647/1-341
GCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUAGUACCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAACUCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCACCUGCGAUGCGCUCGAAAAUGUCGUUCACAAACGAAUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAAAUGCCGGUGUCAGGGUGGACCUGCUUCAGAACCUUGUACACAUAGAUGGAAUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUGCCGUCU
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>consensus
AGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCACCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGA_UGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUGCCGUCC
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70688_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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