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Results for CNB 54448-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


54448_ENSG00000172046_HUMAN_5797_6065/1-272        AATTCTCACCGAGGCCAGGTGTGTCTCTGGCTTTGGGGTTACATGCTCCATGGGTGTGCG
54448_ENSDARG00000004132_ZEBRAFISH_4598_4863/1-272 -ATTATTACCGTGGCAACAGCAGGTTCTTGTTTGAGGGACACATGTTCGGAAACTGAGCG
54448_ENSMUSG00000006676_MOUSE_7928_8194/1-272     -ATTCTTACCGAGGCCAAGTGTGGGTCTGGCTTTGGGGCTACATGCTCCAAGGGGGTGCG
54448_ENSRNOG00000016106_RAT_4364_4632/1-272       GGTTCTCACCGAGGCCAAGTGCGGTTCTGGCTTTGGGGTAACATGCTCCAAGGGGGTGCG
                                                     ** * **** *** *     *  *** * **  ***  ***** **       * ***


54448_ENSG00000172046_HUMAN_5797_6065/1-272        GGTTGCCACACTGTCTAGCCCTGTGTCCTCAGATCGTGCCTTGGATTT---ATCCTTCTC
54448_ENSDARG00000004132_ZEBRAFISH_4598_4863/1-272 TGGGGACACAGCATCCAAACCAGAGTCCTCTGGGGCTCTAGGGGGTTTGGGTTTCTCCTC
54448_ENSMUSG00000006676_MOUSE_7928_8194/1-272     GGCCACCACACCATCCAGCCCTGAGTCCTCTGATCGAGCCTTGGGTTT---TTCCTTCTC
54448_ENSRNOG00000016106_RAT_4364_4632/1-272       AGCCACCACACCATCCAGCCCCGAGTCCTCTGACCGAGCCTTGGGTTT---TTCCTTCTC
                                                    *    ****   ** *  ** * ****** *          ** ***    * ** ***


54448_ENSG00000172046_HUMAN_5797_6065/1-272        CACAGCCCGGGCCTCCTCCTGGCCTGTCAGGGGGTGGGGAGCACCTCCTGGTGGGGTTGA
54448_ENSDARG00000004132_ZEBRAFISH_4598_4863/1-272 TCCAACCCGTGGTTCTTCTTTTGCAGGAAGTGCATGCTGGCTGCTTCCTGGCTGACTCTT
54448_ENSMUSG00000006676_MOUSE_7928_8194/1-272     CACAGCCCTGGCTTCCTCCTGGCCTGTCAGGGGGTGGGGGCCACCTCCTGGAGGGGTTGA
54448_ENSRNOG00000016106_RAT_4364_4632/1-272       TACAGCCCTGGCTTCCTCCTGGCCAGTCAGAGGGAGGGGGCCACCTCCTGGAGGGGTTGA
                                                     ** ***  *  ** ** *   * *  ** *   *  *    * ******  *  *   


54448_ENSG00000172046_HUMAN_5797_6065/1-272        ATCCAGAGGGGTTGGACCTGTCGGCACGGCAACCTTTGCACCACCCACTGCACCTTAAAA
54448_ENSDARG00000004132_ZEBRAFISH_4598_4863/1-272 TTCAAGTGTAGAAGGGCTGGAGGCCACAGCAACCTTGGCGCCCCCCACTGCACCTTAAAC
54448_ENSMUSG00000006676_MOUSE_7928_8194/1-272     ATCCAAAGGGGTTGGGCCTGTCGGCACGGCAACCTTTGCACCACCCACTGCACCTTAAAA
54448_ENSRNOG00000016106_RAT_4364_4632/1-272       ATCCAAAGGGGTTGGACCTGTCGGCACGGCAACCTTTGCACCACCCACTGCACCTTAAAA
                                                    ** *  *  *  ** *  *  * *** ******** ** ** **************** 


54448_ENSG00000172046_HUMAN_5797_6065/1-272        AGGGGGAATGAGAGGGCTGGTGGTTAGCAGCA
54448_ENSDARG00000004132_ZEBRAFISH_4598_4863/1-272 AGG----ACAACAGAGCTTGTGGTTAGCAGC-
54448_ENSMUSG00000006676_MOUSE_7928_8194/1-272     AGGGGGAATGAGAGGGCTGGTGGTTAGCAGC-
54448_ENSRNOG00000016106_RAT_4364_4632/1-272       AGGGGGAATGAGAGGGCTGGTGGTTAGCAGCA
                                                   ***    *  * ** *** ************ 

54448-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 272
 Mean pairwise identity:  75.39
 Mean single sequence MFE: -116.08
 Consensus MFE: -67.53
 Energy contribution: -68.34
 Covariance contribution:   0.81
 Mean z-score:  -1.94
 Structure conservation index:   0.58
 SVM decision value:   0.71
 SVM RNA-class probability: 0.830181
 Prediction: RNA

######################################################################

>54448_ENSG00000172046_HUMAN_5797_6065/1-272
AAUUCUCACCGAGGCCAGGUGUGUCUCUGGCUUUGGGGUUACAUGCUCCAUGGGUGUGCGGGUUGCCACACUGUCUAGCCCUGUGUCCUCAGAUCGUGCCUUGGAUUUAUCCUUCUCCACAGCCCGGGCCUCCUCCUGGCCUGUCAGGGGGUGGGGAGCACCUCCUGGUGGGGUUGAAUCCAGAGGGGUUGGACCUGUCGGCACGGCAACCUUUGCACCACCCACUGCACCUUAAAAAGGGGGAAUGAGAGGGCUGGUGGUUAGCAGCA
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>54448_ENSDARG00000004132_ZEBRAFISH_4598_4863/1-272
AUUAUUACCGUGGCAACAGCAGGUUCUUGUUUGAGGGACACAUGUUCGGAAACUGAGCGUGGGGACACAGCAUCCAAACCAGAGUCCUCUGGGGCUCUAGGGGGUUUGGGUUUCUCCUCUCCAACCCGUGGUUCUUCUUUUGCAGGAAGUGCAUGCUGGCUGCUUCCUGGCUGACUCUUUUCAAGUGUAGAAGGGCUGGAGGCCACAGCAACCUUGGCGCCCCCCACUGCACCUUAAACAGGACAACAGAGCUUGUGGUUAGCAGC
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>54448_ENSMUSG00000006676_MOUSE_7928_8194/1-272
AUUCUUACCGAGGCCAAGUGUGGGUCUGGCUUUGGGGCUACAUGCUCCAAGGGGGUGCGGGCCACCACACCAUCCAGCCCUGAGUCCUCUGAUCGAGCCUUGGGUUUUUCCUUCUCCACAGCCCUGGCUUCCUCCUGGCCUGUCAGGGGGUGGGGGCCACCUCCUGGAGGGGUUGAAUCCAAAGGGGUUGGGCCUGUCGGCACGGCAACCUUUGCACCACCCACUGCACCUUAAAAAGGGGGAAUGAGAGGGCUGGUGGUUAGCAGC
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>54448_ENSRNOG00000016106_RAT_4364_4632/1-272
GGUUCUCACCGAGGCCAAGUGCGGUUCUGGCUUUGGGGUAACAUGCUCCAAGGGGGUGCGAGCCACCACACCAUCCAGCCCCGAGUCCUCUGACCGAGCCUUGGGUUUUUCCUUCUCUACAGCCCUGGCUUCCUCCUGGCCAGUCAGAGGGAGGGGGCCACCUCCUGGAGGGGUUGAAUCCAAAGGGGUUGGACCUGUCGGCACGGCAACCUUUGCACCACCCACUGCACCUUAAAAAGGGGGAAUGAGAGGGCUGGUGGUUAGCAGCA
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>consensus
_AUUCUCACCGAGGCCAAGUGUGGUUCUGGCUUUGGGGUUACAUGCUCCAAGGGGGUGCGGGCCACCACACCAUCCAGCCCUGAGUCCUCUGAUCGAGCCUUGGGUUU___UUCCUUCUCCACAGCCCGGGCUUCCUCCUGGCCAGUCAGGGGGUGGGGGCCACCUCCUGGAGGGGUUGAAUCCAAAGGGGUUGGACCUGUCGGCACGGCAACCUUUGCACCACCCACUGCACCUUAAAAAGGGGGAAUGAGAGGGCUGGUGGUUAGCAGC_
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54448-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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