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Results for CNB 501429_8-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


501429_ENSRNOG00000011386_RAT_133_730/1-682        -TGCTTGTGTCGCTCTGAGATGGAGTGAGCCCGCACAGAGAATACACGT-TGGGAGT--G
501429_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_716/1-682      CTACTTGTGTCGCTCTGGGACGGAGTGACCCCACACAGAGAATACACGT-TGGGAGT--G
501429_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1002/1-682 -TACTTGTGTCACTATGAGATGGTGTGACGGGACAGATGGAGTATACATGAGCCATTCCT
501429_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4615/1-682     -TGCTGGTCTCACTGTGAGTGGGGGTCACGTGGCACAGAGAGTAAACATTAGAGACACCA
501429_ENSG00000135540_HUMAN_9403_10000/1-682      -TGCTTGTGTCACTCTGCGATGGCGTGGCCCCGCACAGGGAGTAGACAT-TGGGGGT--G
                                                    *.** ** **.** ** *: ** ** .    .** * .**.** **.* :*  . :   


501429_ENSRNOG00000011386_RAT_133_730/1-682        G---------TGGTG--GAG--GTCAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTT
501429_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_716/1-682      G---------TGGTG--GAG--GTCAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTT
501429_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1002/1-682 G---------TAGCT--GAT--ACACCAC--TACTACTTGCACTGATGCTGCTCTGGCTC
501429_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4615/1-682     GCGCAAGCATTAGCTCCTATCGAGACCACCGAGCTCCCTGCACTGATGCTGCTCTGACTG
501429_ENSG00000135540_HUMAN_9403_10000/1-682      G---------TGGCG--GAA--GTCATGC--TGCTGCCAGCACTAACTGTGCTCTGGCTC
                                                   *         *.*     *   . .. .*  :.** *   *.**.*   *******.** 


501429_ENSRNOG00000011386_RAT_133_730/1-682        CTGGACCTGGGGAGCCAGGGTTCCTCACAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGAACCG
501429_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_716/1-682      CTGGACCTGGGGAGCCAGGGTTCCTCAAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGAGCTG
501429_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1002/1-682 CTTGGACGAAGCATCCAGGGGTCCTCATAGTCACTACAAGGGCTATGAGATGGTGACGTG
501429_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4615/1-682     CGAGGCCTTAAGAGCCAGGGGTCATCATAGTCGCTGCTGGGGCTGTGAGACGGCGAGGAA
501429_ENSG00000135540_HUMAN_9403_10000/1-682      CGGGAGCGGGGCAGCCAGGGCTCTTCCAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAGGGCGAGCTG
                                                   *  *. *  .. * ****** ** **. ****.**.*:.***** **.** ** **   .


501429_ENSRNOG00000011386_RAT_133_730/1-682        CTG------CCTTGGCCAGG---------GAGGCTTAGCTGCAGAGAATGCTGGAGTGAG
501429_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_716/1-682      CCG------CCCTTGCCAGG---------GAGGCTTAGCTGCAGTGAATGCTGGAGCGAG
501429_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1002/1-682 GAGGAT---CCTTTGCCTTT---------AAGCCCATTCTGAAGTGACTGTTGGAGAGTG
501429_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4615/1-682     GGCGATGCCCCTTTTCCTTTCCCTCCCCCCAGACCCATCTGTAGACTCTGCTGCAGGCTG
501429_ENSG00000135540_HUMAN_9403_10000/1-682      CCA------CTCTTGCCTGG---------GAGGCTCAGCTGCAGCGAGTGCTGGAGTGTG
                                                            *  *  **:            ** *  : *** **  : ** ** **  :*


501429_ENSRNOG00000011386_RAT_133_730/1-682        GCGATCAGGCTCTCGTT-----GAGCAC--------------
501429_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_716/1-682      GCGATCAGGCTCTCATT-----GAGCAC--------------
501429_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1002/1-682 GCAATCAATGATTCATTGAGAAGAGAACCATTCCTAATATTT
501429_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4615/1-682     GCAATGAGCGTCTCACTGAGCATGGCTCCATTTGCATCGTTA
501429_ENSG00000135540_HUMAN_9403_10000/1-682      GCGATCAGGCTCTCGTT-----GAGCAC--------------
                                                   **.** *.  : **. *      .*.:*              

501429_8-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 282
 Mean pairwise identity:  62.86
 Mean single sequence MFE: -101.64
 Consensus MFE: -39.96
 Energy contribution: -39.92
 Covariance contribution:  -0.04
 Mean z-score:  -1.81
 Structure conservation index:   0.39
 SVM decision value:   0.11
 SVM RNA-class probability: 0.586558
 Prediction: RNA

######################################################################

>501429_ENSRNOG00000011386_RAT_133_730/1-682
UGCUUGUGUCGCUCUGAGAUGGAGUGAGCCCGCACAGAGAAUACACGUUGGGAGUGGUGGUGGAGGUCAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCACAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAACCGCUGCCUUGGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGAGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCAC
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>501429_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_716/1-682
CUACUUGUGUCGCUCUGGGACGGAGUGACCCCACACAGAGAAUACACGUUGGGAGUGGUGGUGGAGGUCAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAGCUGCCGCCCUUGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGUGAAUGCUGGAGCGAGGCGAUCAGGCUCUCAUUGAGCAC
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>501429_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1002/1-682
UACUUGUGUCACUAUGAGAUGGUGUGACGGGACAGAUGGAGUAUACAUGAGCCAUUCCUGUAGCUGAUACACCACUACUACUUGCACUGAUGCUGCUCUGGCUCCUUGGACGAAGCAUCCAGGGGUCCUCAUAGUCACUACAAGGGCUAUGAGAUGGUGACGUGGAGGAUCCUUUGCCUUUAAGCCCAUUCUGAAGUGACUGUUGGAGAGUGGCAAUCAAUGAUUCAUUGAGAAGAGAACCAUUCCUAAUAUUU
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>501429_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4615/1-682
UGCUGGUCUCACUGUGAGUGGGGGUCACGUGGCACAGAGAGUAAACAUUAGAGACACCAGCGCAAGCAUUAGCUCCUAUCGAGACCACCGAGCUCCCUGCACUGAUGCUGCUCUGACUGCGAGGCCUUAAGAGCCAGGGGUCAUCAUAGUCGCUGCUGGGGCUGUGAGACGGCGAGGAAGGCGAUGCCCCUUUUCCUUUCCCUCCCCCCAGACCCAUCUGUAGACUCUGCUGCAGGCUGGCAAUGAGCGUCUCACUGAGCAUGGCUCCAUUUGCAUCGUUA
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>501429_ENSG00000135540_HUMAN_9403_10000/1-682
UGCUUGUGUCACUCUGCGAUGGCGUGGCCCCGCACAGGGAGUAGACAUUGGGGGUGGUGGCGGAAGUCAUGCUGCUGCCAGCACUAACUGUGCUCUGGCUCCGGGAGCGGGGCAGCCAGGGCUCUUCCAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAGGGCGAGCUGCCACUCUUGCCUGGGAGGCUCAGCUGCAGCGAGUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCAC
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>consensus
_UGCUUGUGUCACUCUGAGAUGGAGUGACCCCGCACAGAGAGUACACAU_UGGGAGU__GG_________UGGCG__GAG__GUCAAGC__UACUACCCGCACUAACAAUGCUCUGGCUCCUGGACCUGGGGAGCCAGGGGUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGCGAGCUGCCG______CCUUUGCCUGG_________GAGGCUCAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCAUU_____GAGCAC______________
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501429_8-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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