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Results for CNB 501429_6-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


501429_ENSRNOG00000011386_RAT_133_730/1-682        GTCAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCTGGACCTGGGGAGCCAGGGTT
501429_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_716/1-682      GTCAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCTGGACCTGGGGAGCCAGGGTT
501429_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1002/1-682 ACACCAC--TACTACTTGCACTGATGCTGCTCTGGCTCCTTGGACGAAGCATCCAGGGGT
501429_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4615/1-682     AGACCACCGAGCTCCCTGCACTGATGCTGCTCTGACTGCGAGGCCTTAAGAGCCAGGGGT
501429_ENSG00000135540_HUMAN_9403_10000/1-682      GTCATGC--TGCTGCCAGCACTAACTGTGCTCTGGCTCCGGGAGCGGGGCAGCCAGGGCT
                                                   . .. .*  :.** *   *.**.*   *******.** *  *. *  .. * ****** *


501429_ENSRNOG00000011386_RAT_133_730/1-682        CCTCACAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGAACCGCTG------CCTTGGCCAGG--
501429_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_716/1-682      CCTCAAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGAGCTGCCG------CCCTTGCCAGG--
501429_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1002/1-682 CCTCATAGTCACTACAAGGGCTATGAGATGGTGACGTGGAGGAT---CCTTTGCCTTT--
501429_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4615/1-682     CATCATAGTCGCTGCTGGGGCTGTGAGACGGCGAGGAAGGCGATGCCCCTTTTCCTTTCC
501429_ENSG00000135540_HUMAN_9403_10000/1-682      CTTCCAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAGGGCGAGCTGCCA------CTCTTGCCTGG--
                                                   * **. ****.**.*:.***** **.** ** **   .         *  *  **:    


501429_ENSRNOG00000011386_RAT_133_730/1-682        -------GAGGCTTAGCTGCAGAGAATGCTGGAGTGAGGCGATCAGGCTCTCGTT-----
501429_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_716/1-682      -------GAGGCTTAGCTGCAGTGAATGCTGGAGCGAGGCGATCAGGCTCTCATT-----
501429_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1002/1-682 -------AAGCCCATTCTGAAGTGACTGTTGGAGAGTGGCAATCAATGATTCATTGAGAA
501429_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4615/1-682     CTCCCCCCAGACCCATCTGTAGACTCTGCTGCAGGCTGGCAATGAGCGTCTCACTGAGCA
501429_ENSG00000135540_HUMAN_9403_10000/1-682      -------GAGGCTCAGCTGCAGCGAGTGCTGGAGTGTGGCGATCAGGCTCTCGTT-----
                                                           ** *  : *** **  : ** ** **  :***.** *.  : **. *     


501429_ENSRNOG00000011386_RAT_133_730/1-682        GAGCAC--------------------CTGCCC-AT--TT-GT-CTG-------GTTGTTC
501429_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_716/1-682      GAGCAC--------------------CTGACC-GT--TT-GT-CTG-------GTTGTTC
501429_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1002/1-682 GAGAACCATTCCTAATATTTG----ACTGCCCAAT-ATT-GG-CAGAGGGAGAGCTGTTT
501429_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4615/1-682     TGGCTCCATTTGCATCGTTAGCTCCATTCACC-GTGCTGACACCTCCGACGGGCTTTTTC
501429_ENSG00000135540_HUMAN_9403_10000/1-682      GAGCAC--------------------CTGCCC-GT--TG-CA-CTG-------GCTGCTC
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501429_ENSRNOG00000011386_RAT_133_730/1-682        TTCTTGGGAATCCTTCGCAGAGAATCTGTCCGGGATGGTGGCGGTGGTGGTTTTTTTGCT
501429_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_716/1-682      TTTTTGGGAATCCTTCGCAGAGAATCGGTCCGGGATGGTGGCAGGGGTGGTTTCTTTGCT
501429_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1002/1-682 TTCCCAGGCTTTCTCCGTAGAGAGTCTGTGCGTGCAGGTGGAAGGGGTGGTTTCTTAGGC
501429_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4615/1-682     GGGCCTGGCTTGCGTCTGAGAGAGTCTGTTCGAGCCGGAGGCAGCGGTGGCTTCTTAGAC
501429_ENSG00000135540_HUMAN_9403_10000/1-682      TTCTTGGGAATCCTGCGGAGGGAGTCTGTCCGGGAGGGTGGCAGGGGAGGCTTCTTTGCT
                                                         **.:* *  *  **.**.** ** ** *. **:**..* **:** ** **:*  

501429_6-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  62.99
 Mean single sequence MFE: -114.96
 Consensus MFE: -44.57
 Energy contribution: -46.17
 Covariance contribution:   1.60
 Mean z-score:  -2.42
 Structure conservation index:   0.39
 SVM decision value:   1.50
 SVM RNA-class probability: 0.960532
 Prediction: RNA

######################################################################

>501429_ENSRNOG00000011386_RAT_133_730/1-682
GUCAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCACAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAACCGCUGCCUUGGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGAGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCACCUGCCCAUUUGUCUGGUUGUUCUUCUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAAUCUGUCCGGGAUGGUGGCGGUGGUGGUUUUUUUGCU
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>501429_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_716/1-682
GUCAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAGCUGCCGCCCUUGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGUGAAUGCUGGAGCGAGGCGAUCAGGCUCUCAUUGAGCACCUGACCGUUUGUCUGGUUGUUCUUUUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAAUCGGUCCGGGAUGGUGGCAGGGGUGGUUUCUUUGCU
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>501429_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1002/1-682
ACACCACUACUACUUGCACUGAUGCUGCUCUGGCUCCUUGGACGAAGCAUCCAGGGGUCCUCAUAGUCACUACAAGGGCUAUGAGAUGGUGACGUGGAGGAUCCUUUGCCUUUAAGCCCAUUCUGAAGUGACUGUUGGAGAGUGGCAAUCAAUGAUUCAUUGAGAAGAGAACCAUUCCUAAUAUUUGACUGCCCAAUAUUGGCAGAGGGAGAGCUGUUUUUCCCAGGCUUUCUCCGUAGAGAGUCUGUGCGUGCAGGUGGAAGGGGUGGUUUCUUAGGC
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>501429_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4615/1-682
AGACCACCGAGCUCCCUGCACUGAUGCUGCUCUGACUGCGAGGCCUUAAGAGCCAGGGGUCAUCAUAGUCGCUGCUGGGGCUGUGAGACGGCGAGGAAGGCGAUGCCCCUUUUCCUUUCCCUCCCCCCAGACCCAUCUGUAGACUCUGCUGCAGGCUGGCAAUGAGCGUCUCACUGAGCAUGGCUCCAUUUGCAUCGUUAGCUCCAUUCACCGUGCUGACACCUCCGACGGGCUUUUUCGGGCCUGGCUUGCGUCUGAGAGAGUCUGUUCGAGCCGGAGGCAGCGGUGGCUUCUUAGAC
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>501429_ENSG00000135540_HUMAN_9403_10000/1-682
GUCAUGCUGCUGCCAGCACUAACUGUGCUCUGGCUCCGGGAGCGGGGCAGCCAGGGCUCUUCCAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAGGGCGAGCUGCCACUCUUGCCUGGGAGGCUCAGCUGCAGCGAGUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCACCUGCCCGUUGCACUGGCUGCUCUUCUUGGGAAUCCUGCGGAGGGAGUCUGUCCGGGAGGGUGGCAGGGGAGGCUUCUUUGCU
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>consensus
GUCAAGC__UACUACCCGCACUAACAAUGCUCUGGCUCCUGGACCUGGGGAGCCAGGGGUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGCGAGCUGCCG______CCUUUGCCUGG_________GAGGCUCAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCAUU_____GAGCAC____________________CUGCCC_GU__UU_GA_CUG_______GUUGUUCUUCUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAGUCUGUCCGGGAUGGUGGCAGGGGUGGUUUCUUUGCU
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501429_6-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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