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Results for CNB 501427_9-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


501427_ENSMUSG00000039825_MOUSE_10_714/1-814       ----TGGTG--GAG--GTCAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCTGGAC
501427_ENSRNOG00000011386_RAT_10_729/1-814         ----TGGTG--GAG--GTCAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCTGGAC
501427_SINFRUG00000136522_FUGU_3814_4614/1-814     GCATTAGCTCCTATCGAGACCACCGAGCTCCCTGCACTGATGCTGCTCTGACTGCGAGGC
501427_ENSG00000135540_HUMAN_9280_9998/1-814       ----TGGCG--GAA--GTCATGC--TGCTGCCAGCACTAACTGTGCTCTGGCTCCGGGAG
501427_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_250_1001/1-814 ----TAGCT--GAT--ACACCAC--TACTACTTGCACTGATGCTGCTCTGGCTCCTTGGA
                                                       *.*     *   . .. .*  :.** *   *.**.*   *******.** *  *. 


501427_ENSMUSG00000039825_MOUSE_10_714/1-814       CTGGGGAGCCAGGGTTCCTCAAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGAGCTGCCG---
501427_ENSRNOG00000011386_RAT_10_729/1-814         CTGGGGAGCCAGGGTTCCTCACAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGAACCGCTG---
501427_SINFRUG00000136522_FUGU_3814_4614/1-814     CTTAAGAGCCAGGGGTCATCATAGTCGCTGCTGGGGCTGTGAGACGGCGAGGAAGGCGAT
501427_ENSG00000135540_HUMAN_9280_9998/1-814       CGGGGCAGCCAGGGCTCTTCCAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAGGGCGAGCTGCCA---
501427_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_250_1001/1-814 CGAAGCATCCAGGGGTCCTCATAGTCACTACAAGGGCTATGAGATGGTGACGTGGAGGAT
                                                   *  .. * ****** ** **. ****.**.*:.***** **.** ** **   .      


501427_ENSMUSG00000039825_MOUSE_10_714/1-814       ---CCCTTGCCAGG---------GAGGCTTAGCTGCAGTGAATGCTGGAGCGAGGCGATC
501427_ENSRNOG00000011386_RAT_10_729/1-814         ---CCTTGGCCAGG---------GAGGCTTAGCTGCAGAGAATGCTGGAGTGAGGCGATC
501427_SINFRUG00000136522_FUGU_3814_4614/1-814     GCCCCTTTTCCTTTCCCTCCCCCCAGACCCATCTGTAGACTCTGCTGCAGGCTGGCAATG
501427_ENSG00000135540_HUMAN_9280_9998/1-814       ---CTCTTGCCTGG---------GAGGCTCAGCTGCAGCGAGTGCTGGAGTGTGGCGATC
501427_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_250_1001/1-814 ---CCTTTGCCTTT---------AAGCCCATTCTGAAGTGACTGTTGGAGAGTGGCAATC
                                                      *  *  **:            ** *  : *** **  : ** ** **  :***.** 


501427_ENSMUSG00000039825_MOUSE_10_714/1-814       AGGCTCTCATT-----GAGCAC--------------------CTGACC-GT--TT-GT-C
501427_ENSRNOG00000011386_RAT_10_729/1-814         AGGCTCTCGTT-----GAGCAC--------------------CTGCCC-AT--TT-GT-C
501427_SINFRUG00000136522_FUGU_3814_4614/1-814     AGCGTCTCACTGAGCATGGCTCCATTTGCATCGTTAGCTCCATTCACC-GTGCTGACACC
501427_ENSG00000135540_HUMAN_9280_9998/1-814       AGGCTCTCGTT-----GAGCAC--------------------CTGCCC-GT--TG-CA-C
501427_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_250_1001/1-814 AATGATTCATTGAGAAGAGAACCATTCCTAATATTTG----ACTGCCCAAT-ATT-GG-C
                                                   *.  : **. *      .*.:*                     * .** .*  *     *


501427_ENSMUSG00000039825_MOUSE_10_714/1-814       TG-------GTTGTTCTTTTTGGGAATCCTTCGCAGAGAATCGGTCCGGGATGGTGGCAG
501427_ENSRNOG00000011386_RAT_10_729/1-814         TG-------GTTGTTCTTCTTGGGAATCCTTCGCAGAGAATCTGTCCGGGATGGTGGCGG
501427_SINFRUG00000136522_FUGU_3814_4614/1-814     TCCGACGGGCTTTTTCGGGCCTGGCTTGCGTCTGAGAGAGTCTGTTCGAGCCGGAGGCAG
501427_ENSG00000135540_HUMAN_9280_9998/1-814       TG-------GCTGCTCTTCTTGGGAATCCTGCGGAGGGAGTCTGTCCGGGAGGGTGGCAG
501427_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_250_1001/1-814 AGAGGGAGAGCTGTTTTTCCCAGGCTTTCTCCGTAGAGAGTCTGTGCGTGCAGGTGGAAG
                                                   :          *  *       **.:* *  *  **.**.** ** ** *. **:**..*

501427_9-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  61.53
 Mean single sequence MFE: -109.80
 Consensus MFE: -41.08
 Energy contribution: -42.08
 Covariance contribution:   1.00
 Mean z-score:  -1.95
 Structure conservation index:   0.37
 SVM decision value:   0.24
 SVM RNA-class probability: 0.652539
 Prediction: RNA

######################################################################

>501427_ENSMUSG00000039825_MOUSE_10_714/1-814
UGGUGGAGGUCAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAGCUGCCGCCCUUGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGUGAAUGCUGGAGCGAGGCGAUCAGGCUCUCAUUGAGCACCUGACCGUUUGUCUGGUUGUUCUUUUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAAUCGGUCCGGGAUGGUGGCAG
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>501427_ENSRNOG00000011386_RAT_10_729/1-814
UGGUGGAGGUCAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCACAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAACCGCUGCCUUGGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGAGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCACCUGCCCAUUUGUCUGGUUGUUCUUCUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAAUCUGUCCGGGAUGGUGGCGG
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>501427_SINFRUG00000136522_FUGU_3814_4614/1-814
GCAUUAGCUCCUAUCGAGACCACCGAGCUCCCUGCACUGAUGCUGCUCUGACUGCGAGGCCUUAAGAGCCAGGGGUCAUCAUAGUCGCUGCUGGGGCUGUGAGACGGCGAGGAAGGCGAUGCCCCUUUUCCUUUCCCUCCCCCCAGACCCAUCUGUAGACUCUGCUGCAGGCUGGCAAUGAGCGUCUCACUGAGCAUGGCUCCAUUUGCAUCGUUAGCUCCAUUCACCGUGCUGACACCUCCGACGGGCUUUUUCGGGCCUGGCUUGCGUCUGAGAGAGUCUGUUCGAGCCGGAGGCAG
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>501427_ENSG00000135540_HUMAN_9280_9998/1-814
UGGCGGAAGUCAUGCUGCUGCCAGCACUAACUGUGCUCUGGCUCCGGGAGCGGGGCAGCCAGGGCUCUUCCAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAGGGCGAGCUGCCACUCUUGCCUGGGAGGCUCAGCUGCAGCGAGUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCACCUGCCCGUUGCACUGGCUGCUCUUCUUGGGAAUCCUGCGGAGGGAGUCUGUCCGGGAGGGUGGCAG
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>501427_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_250_1001/1-814
UAGCUGAUACACCACUACUACUUGCACUGAUGCUGCUCUGGCUCCUUGGACGAAGCAUCCAGGGGUCCUCAUAGUCACUACAAGGGCUAUGAGAUGGUGACGUGGAGGAUCCUUUGCCUUUAAGCCCAUUCUGAAGUGACUGUUGGAGAGUGGCAAUCAAUGAUUCAUUGAGAAGAGAACCAUUCCUAAUAUUUGACUGCCCAAUAUUGGCAGAGGGAGAGCUGUUUUUCCCAGGCUUUCUCCGUAGAGAGUCUGUGCGUGCAGGUGGAAG
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>consensus
____UGGCG__GAG__GUCAAGC__UACUACCCGCACUAACAAUGCUCUGGCUCCUGGACCUGGGGAGCCAGGGGUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGCGAGCUGCCG______CCUUUGCCUGG_________GAGGCUCAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCAUU_____GAGCAC____________________CUGCCC_GU__UU_GA_CUG_______GUUGUUCUUCUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAGUCUGUCCGGGAUGGUGGCAG
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501427_9-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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