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Results for CNB 501427_11-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


501427_ENSMUSG00000039825_MOUSE_10_714/1-814       ACTTGTGTCGCTCTGGGACGGAGTGACCCCACACAGAGAATACACGT-TGGGAGT--GG-
501427_ENSRNOG00000011386_RAT_10_729/1-814         GCTTGTGTCGCTCTGAGATGGAGTGAGCCCGCACAGAGAATACACGT-TGGGAGT--GG-
501427_SINFRUG00000136522_FUGU_3814_4614/1-814     GCTGGTCTCACTGTGAGTGGGGGTCACGTGGCACAGAGAGTAAACATTAGAGACACCAGC
501427_ENSG00000135540_HUMAN_9280_9998/1-814       -CTTGTGTCACTCTGCGATGGCGTGGCCCCGCACAGGGAGTAGACAT-TGGGGGT--GG-
501427_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_250_1001/1-814 ACTTGTGTCACTATGAGATGGTGTGACGGGACAGATGGAGTATACATGAGCCATTCCTG-
                                                    ** ** ** ** ** *  ** **       ** *  ** ** ** *  *        * 


501427_ENSMUSG00000039825_MOUSE_10_714/1-814       --------TGGTG--GAG--GTCAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCT
501427_ENSRNOG00000011386_RAT_10_729/1-814         --------TGGTG--GAG--GTCAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCT
501427_SINFRUG00000136522_FUGU_3814_4614/1-814     GCAAGCATTAGCTCCTATCGAGACCACCGAGCTCCCTGCACTGATGCTGCTCTGACTGCG
501427_ENSG00000135540_HUMAN_9280_9998/1-814       --------TGGCG--GAA--GTCATGC--TGCTGCCAGCACTAACTGTGCTCTGGCTCCG
501427_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_250_1001/1-814 --------TAGCT--GAT--ACACCAC--TACTACTTGCACTGATGCTGCTCTGGCTCCT
                                                           * *     *         *    ** *   * ** *   ******* ** * 


501427_ENSMUSG00000039825_MOUSE_10_714/1-814       GGACCTGGGGAGCCAGGGTTCCTCAAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGAGCTGCC
501427_ENSRNOG00000011386_RAT_10_729/1-814         GGACCTGGGGAGCCAGGGTTCCTCACAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGAACCGCT
501427_SINFRUG00000136522_FUGU_3814_4614/1-814     AGGCCTTAAGAGCCAGGGGTCATCATAGTCGCTGCTGGGGCTGTGAGACGGCGAGGAAGG
501427_ENSG00000135540_HUMAN_9280_9998/1-814       GGAGCGGGGCAGCCAGGGCTCTTCCAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAGGGCGAGCTGCC
501427_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_250_1001/1-814 TGGACGAAGCATCCAGGGGTCCTCATAGTCACTACAAGGGCTATGAGATGGTGACGTGGA
                                                    *  *     * ****** ** **  **** ** *  ***** ** ** ** **      


501427_ENSMUSG00000039825_MOUSE_10_714/1-814       G------CCCTTGCCAGG---------GAGGCTTAGCTGCAGTGAATGCTGGAGCGAGGC
501427_ENSRNOG00000011386_RAT_10_729/1-814         G------CCTTGGCCAGG---------GAGGCTTAGCTGCAGAGAATGCTGGAGTGAGGC
501427_SINFRUG00000136522_FUGU_3814_4614/1-814     CGATGCCCCTTTTCCTTTCCCTCCCCCCAGACCCATCTGTAGACTCTGCTGCAGGCTGGC
501427_ENSG00000135540_HUMAN_9280_9998/1-814       A------CTCTTGCCTGG---------GAGGCTCAGCTGCAGCGAGTGCTGGAGTGTGGC
501427_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_250_1001/1-814 GGAT---CCTTTGCCTTT---------AAGCCCATTCTGAAGTGACTGTTGGAGAGTGGC
                                                          *  *  **             ** *    *** **    ** ** **   ***


501427_ENSMUSG00000039825_MOUSE_10_714/1-814       GATCAGGCTCTCATT-----GAGC
501427_ENSRNOG00000011386_RAT_10_729/1-814         GATCAGGCTCTCGTT-----GAGC
501427_SINFRUG00000136522_FUGU_3814_4614/1-814     AATGAGCGTCTCACTGAGCATGGC
501427_ENSG00000135540_HUMAN_9280_9998/1-814       GATCAGGCTCTCGTT-----GAGC
501427_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_250_1001/1-814 AATCAATGATTCATTGAGAAGAGA
                                                    ** *     **  *       * 

501427_11-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 264
 Mean pairwise identity:  64.83
 Mean single sequence MFE: -99.72
 Consensus MFE: -38.42
 Energy contribution: -37.98
 Covariance contribution:  -0.44
 Mean z-score:  -1.82
 Structure conservation index:   0.39
 SVM decision value:   0.13
 SVM RNA-class probability: 0.595675
 Prediction: RNA

######################################################################

>501427_ENSMUSG00000039825_MOUSE_10_714/1-814
ACUUGUGUCGCUCUGGGACGGAGUGACCCCACACAGAGAAUACACGUUGGGAGUGGUGGUGGAGGUCAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAGCUGCCGCCCUUGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGUGAAUGCUGGAGCGAGGCGAUCAGGCUCUCAUUGAGC
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>501427_ENSRNOG00000011386_RAT_10_729/1-814
GCUUGUGUCGCUCUGAGAUGGAGUGAGCCCGCACAGAGAAUACACGUUGGGAGUGGUGGUGGAGGUCAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCACAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAACCGCUGCCUUGGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGAGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGC
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>501427_SINFRUG00000136522_FUGU_3814_4614/1-814
GCUGGUCUCACUGUGAGUGGGGGUCACGUGGCACAGAGAGUAAACAUUAGAGACACCAGCGCAAGCAUUAGCUCCUAUCGAGACCACCGAGCUCCCUGCACUGAUGCUGCUCUGACUGCGAGGCCUUAAGAGCCAGGGGUCAUCAUAGUCGCUGCUGGGGCUGUGAGACGGCGAGGAAGGCGAUGCCCCUUUUCCUUUCCCUCCCCCCAGACCCAUCUGUAGACUCUGCUGCAGGCUGGCAAUGAGCGUCUCACUGAGCAUGGC
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>501427_ENSG00000135540_HUMAN_9280_9998/1-814
CUUGUGUCACUCUGCGAUGGCGUGGCCCCGCACAGGGAGUAGACAUUGGGGGUGGUGGCGGAAGUCAUGCUGCUGCCAGCACUAACUGUGCUCUGGCUCCGGGAGCGGGGCAGCCAGGGCUCUUCCAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAGGGCGAGCUGCCACUCUUGCCUGGGAGGCUCAGCUGCAGCGAGUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGC
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>501427_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_250_1001/1-814
ACUUGUGUCACUAUGAGAUGGUGUGACGGGACAGAUGGAGUAUACAUGAGCCAUUCCUGUAGCUGAUACACCACUACUACUUGCACUGAUGCUGCUCUGGCUCCUUGGACGAAGCAUCCAGGGGUCCUCAUAGUCACUACAAGGGCUAUGAGAUGGUGACGUGGAGGAUCCUUUGCCUUUAAGCCCAUUCUGAAGUGACUGUUGGAGAGUGGCAAUCAAUGAUUCAUUGAGAAGAGA
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>consensus
ACUUGUGUCACUCUGAGAUGGAGUGACCCCGCACAGAGAGUACACAU_UGGGAGU__GG_________UGGCG__GAG__GUCAAGC__UACUACCCGCACUAACAAUGCUCUGGCUCCUGGACCUGGGGAGCCAGGGGUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGCGAGCUGCCG______CCUUUGCCUGG_________GAGGCUCAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCAUU_____GAGC
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501427_11-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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