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Results for CNB 501424_6-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


501424_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_368_1002/1-684 ACCAC--TACTACTTGCACTGATGCTGCTCTGGCTCCTTGGACGAAGCATCCAGGGGTCC
501424_ENSMUSG00000039825_MOUSE_135_716/1-684      CAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCTGGACCTGGGGAGCCAGGGTTCC
501424_ENSRNOG00000011386_RAT_135_730/1-684        CAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCTGGACCTGGGGAGCCAGGGTTCC
501424_SINFRUG00000136522_FUGU_3941_4616/1-684     ACCACCGAGCTCCCTGCACTGATGCTGCTCTGACTGCGAGGCCTTAAGAGCCAGGGGTCA
501424_ENSG00000135540_HUMAN_9405_10000/1-684      CATGC--TGCTGCCAGCACTAACTGTGCTCTGGCTCCGGGAGCGGGGCAGCCAGGGCTCT
                                                       *    ** *   * ** *   ******* ** *  *  *     * ****** ** 


501424_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_368_1002/1-684 TCATAGTCACTACAAGGGCTATGAGATGGTGACGTGGAGGAT---CCTTTGCCTTT----
501424_ENSMUSG00000039825_MOUSE_135_716/1-684      TCAAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGG---GGAGCTGCCG---CCCTTGCCAGG----
501424_ENSRNOG00000011386_RAT_135_730/1-684        TCACAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGG---GGAACCGCTG---CCTTGGCCAGG----
501424_SINFRUG00000136522_FUGU_3941_4616/1-684     TCATAGTCGCTGCTGGGGCTGTGAGACGGCGAGGAAGGCGATGCCCCTTTTCCTTTCCCT
501424_ENSG00000135540_HUMAN_9405_10000/1-684      TCCAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAGGG---CGAGCTGCCA---CTCTTGCCTGG----
                                                   **  **** ** *  ***** ** ** **    *           *  *  **       


501424_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_368_1002/1-684 -----AAGCCCATTCTGAAGTGACTGTTGGAGAGTGGCAATCAATGATTCATTGAGAAGA
501424_ENSMUSG00000039825_MOUSE_135_716/1-684      -----GAGGCTTAGCTGCAGTGAATGCTGGAGCGAGGCGATCAGGCTCTCATT-----GA
501424_ENSRNOG00000011386_RAT_135_730/1-684        -----GAGGCTTAGCTGCAGAGAATGCTGGAGTGAGGCGATCAGGCTCTCGTT-----GA
501424_SINFRUG00000136522_FUGU_3941_4616/1-684     CCCCCCAGACCCATCTGTAGACTCTGCTGCAGGCTGGCAATGAGCGTCTCACTGAGCATG
501424_ENSG00000135540_HUMAN_9405_10000/1-684      -----GAGGCTCAGCTGCAGCGAGTGCTGGAGTGTGGCGATCAGGCTCTCGTT-----GA
                                                         ** *    *** **    ** ** **   *** ** *     **  *       


501424_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_368_1002/1-684 GAACCATT--CCT-AATATTTGACTGCCCAATATTGGCA-GAGGGA-GAGC-TGTTTTTC
501424_ENSMUSG00000039825_MOUSE_135_716/1-684      GCAC-------------------CTGACC---GTT-TGT-CTG------GT-TGTTCTTT
501424_ENSRNOG00000011386_RAT_135_730/1-684        GCAC-------------------CTGCCC---ATT-TGT-CTG------GT-TGTTCTTC
501424_SINFRUG00000136522_FUGU_3941_4616/1-684     GCTCCATTTGCATCGTTAGCTCCATTCACCGTGCTGACACCTCCGACGGGCTTTTTCGGG
501424_ENSG00000135540_HUMAN_9405_10000/1-684      GCAC-------------------CTGCCC---GTT-GCA-CTG------GC-TGCTCTTC
                                                   *  *                    *   *     *              *  *  *    


501424_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_368_1002/1-684 CCAGGCTTTCTCCGTAGAGAGTCTGTGCGTGCAGGTGGAAGGGGTGGTTTCTTAGGCTTG
501424_ENSMUSG00000039825_MOUSE_135_716/1-684      TTGGGAATCCTTCGCAGAGAATCGGTCCGGGATGGTGGCAGGGGTGGTTTCTTTGCTTTC
501424_ENSRNOG00000011386_RAT_135_730/1-684        TTGGGAATCCTTCGCAGAGAATCTGTCCGGGATGGTGGCGGTGGTGGTTTTTTTGCTTTC
501424_SINFRUG00000136522_FUGU_3941_4616/1-684     CCTGGCTTGCGTCTGAGAGAGTCTGTTCGAGCCGGAGGCAGCGGTGGCTTCTTAGACTTG
501424_ENSG00000135540_HUMAN_9405_10000/1-684      TTGGGAATCCTGCGGAGGGAGTCTGTCCGGGAGGGTGGCAGGGGAGGCTTCTTTGCTTTC
                                                      **  * *  *  ** ** ** ** ** *  ** **  * ** ** ** ** *  ** 

501424_6-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  63.14
 Mean single sequence MFE: -114.56
 Consensus MFE: -41.91
 Energy contribution: -43.55
 Covariance contribution:   1.64
 Mean z-score:  -2.35
 Structure conservation index:   0.37
 SVM decision value:   1.15
 SVM RNA-class probability: 0.922539
 Prediction: RNA

######################################################################

>501424_ENSDARG00000025235_ZEBRAFISH_368_1002/1-684
ACCACUACUACUUGCACUGAUGCUGCUCUGGCUCCUUGGACGAAGCAUCCAGGGGUCCUCAUAGUCACUACAAGGGCUAUGAGAUGGUGACGUGGAGGAUCCUUUGCCUUUAAGCCCAUUCUGAAGUGACUGUUGGAGAGUGGCAAUCAAUGAUUCAUUGAGAAGAGAACCAUUCCUAAUAUUUGACUGCCCAAUAUUGGCAGAGGGAGAGCUGUUUUUCCCAGGCUUUCUCCGUAGAGAGUCUGUGCGUGCAGGUGGAAGGGGUGGUUUCUUAGGCUUG
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>501424_ENSMUSG00000039825_MOUSE_135_716/1-684
CAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAGCUGCCGCCCUUGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGUGAAUGCUGGAGCGAGGCGAUCAGGCUCUCAUUGAGCACCUGACCGUUUGUCUGGUUGUUCUUUUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAAUCGGUCCGGGAUGGUGGCAGGGGUGGUUUCUUUGCUUUC
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>501424_ENSRNOG00000011386_RAT_135_730/1-684
CAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCACAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAACCGCUGCCUUGGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGAGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCACCUGCCCAUUUGUCUGGUUGUUCUUCUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAAUCUGUCCGGGAUGGUGGCGGUGGUGGUUUUUUUGCUUUC
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>501424_SINFRUG00000136522_FUGU_3941_4616/1-684
ACCACCGAGCUCCCUGCACUGAUGCUGCUCUGACUGCGAGGCCUUAAGAGCCAGGGGUCAUCAUAGUCGCUGCUGGGGCUGUGAGACGGCGAGGAAGGCGAUGCCCCUUUUCCUUUCCCUCCCCCCAGACCCAUCUGUAGACUCUGCUGCAGGCUGGCAAUGAGCGUCUCACUGAGCAUGGCUCCAUUUGCAUCGUUAGCUCCAUUCACCGUGCUGACACCUCCGACGGGCUUUUUCGGGCCUGGCUUGCGUCUGAGAGAGUCUGUUCGAGCCGGAGGCAGCGGUGGCUUCUUAGACUUG
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>501424_ENSG00000135540_HUMAN_9405_10000/1-684
CAUGCUGCUGCCAGCACUAACUGUGCUCUGGCUCCGGGAGCGGGGCAGCCAGGGCUCUUCCAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAGGGCGAGCUGCCACUCUUGCCUGGGAGGCUCAGCUGCAGCGAGUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCACCUGCCCGUUGCACUGGCUGCUCUUCUUGGGAAUCCUGCGGAGGGAGUCUGUCCGGGAGGGUGGCAGGGGAGGCUUCUUUGCUUUC
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>consensus
CAAGC__UACUACCCGCACUAACAAUGCUCUGGCUCCUGGACCUGGGGAGCCAGGGGUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGG___GGAGCUGCAG___CCUUUGCCUGG_________GAGGCUCAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCAUU_____GAGCAC___________________CUGCCC___GUU_GCA_CUG______GC_UGUUCUUCUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAGUCUGUCCGGGAUGGUGGCAGGGGUGGUUUCUUUGCUUUC
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501424_6-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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