Index >

Results for CNB 501416_8-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


501416_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_713/1-680      -CTTGTGTCGCTCTGGGACGGAGTGACCCCACACAGAGAATACACGT-TGGGAGT--GG-
501416_ENSRNOG00000011386_RAT_133_729/1-680        GCTTGTGTCGCTCTGAGATGGAGTGAGCCCGCACAGAGAATACACGT-TGGGAGT--GG-
501416_ENSG00000135540_HUMAN_9403_9999/1-680       GCTTGTGTCACTCTGCGATGGCGTGGCCCCGCACAGGGAGTAGACAT-TGGGGGT--GG-
501416_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4614/1-680     GCTGGTCTCACTGTGAGTGGGGGTCACGTGGCACAGAGAGTAAACATTAGAGACACCAGC
501416_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1001/1-680 ACTTGTGTCACTATGAGATGGTGTGACGGGACAGATGGAGTATACATGAGCCATTCCTG-
                                                    ** ** **.** ** *: ** ** .    .** * .**.** **.* :*  . :   * 


501416_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_713/1-680      --------TGGTG--GAG--GTCAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCT
501416_ENSRNOG00000011386_RAT_133_729/1-680        --------TGGTG--GAG--GTCAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCT
501416_ENSG00000135540_HUMAN_9403_9999/1-680       --------TGGCG--GAA--GTCATGC--TGCTGCCAGCACTAACTGTGCTCTGGCTCCG
501416_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4614/1-680     GCAAGCATTAGCTCCTATCGAGACCACCGAGCTCCCTGCACTGATGCTGCTCTGACTGCG
501416_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1001/1-680 --------TAGCT--GAT--ACACCAC--TACTACTTGCACTGATGCTGCTCTGGCTCCT
                                                           *.*     *   . .. .*  :.** *   *.**.*   *******.** * 


501416_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_713/1-680      GGACCTGGGGAGCCAGGGTTCCTCAAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGAGCTGCC
501416_ENSRNOG00000011386_RAT_133_729/1-680        GGACCTGGGGAGCCAGGGTTCCTCACAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGAACCGCT
501416_ENSG00000135540_HUMAN_9403_9999/1-680       GGAGCGGGGCAGCCAGGGCTCTTCCAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAGGGCGAGCTGCC
501416_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4614/1-680     AGGCCTTAAGAGCCAGGGGTCATCATAGTCGCTGCTGGGGCTGTGAGACGGCGAGGAAGG
501416_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1001/1-680 TGGACGAAGCATCCAGGGGTCCTCATAGTCACTACAAGGGCTATGAGATGGTGACGTGGA
                                                    *. *  .. * ****** ** **. ****.**.*:.***** **.** ** **   .  


501416_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_713/1-680      G------CCCTTGCCAGG---------GAGGCTTAGCTGCAGTGAATGCTGGAGCGAGGC
501416_ENSRNOG00000011386_RAT_133_729/1-680        G------CCTTGGCCAGG---------GAGGCTTAGCTGCAGAGAATGCTGGAGTGAGGC
501416_ENSG00000135540_HUMAN_9403_9999/1-680       A------CTCTTGCCTGG---------GAGGCTCAGCTGCAGCGAGTGCTGGAGTGTGGC
501416_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4614/1-680     CGATGCCCCTTTTCCTTTCCCTCCCCCCAGACCCATCTGTAGACTCTGCTGCAGGCTGGC
501416_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1001/1-680 GGAT---CCTTTGCCTTT---------AAGCCCATTCTGAAGTGACTGTTGGAGAGTGGC
                                                          *  *  **:            ** *  : *** **  : ** ** **  :***


501416_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_713/1-680      GATCAGGCTCTCATT-----GAGCAC--------------
501416_ENSRNOG00000011386_RAT_133_729/1-680        GATCAGGCTCTCGTT-----GAGCAC--------------
501416_ENSG00000135540_HUMAN_9403_9999/1-680       GATCAGGCTCTCGTT-----GAGCAC--------------
501416_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4614/1-680     AATGAGCGTCTCACTGAGCATGGCTCCATTTGCATCGTTA
501416_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1001/1-680 AATCAATGATTCATTGAGAAGAGAACCATTCCTAATATTT
                                                   .** *.  : **. *      .*.:*              

501416_8-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 280
 Mean pairwise identity:  62.78
 Mean single sequence MFE: -101.28
 Consensus MFE: -39.96
 Energy contribution: -39.92
 Covariance contribution:  -0.04
 Mean z-score:  -1.78
 Structure conservation index:   0.39
 SVM decision value:   0.02
 SVM RNA-class probability: 0.542661
 Prediction: RNA

######################################################################

>501416_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_713/1-680
CUUGUGUCGCUCUGGGACGGAGUGACCCCACACAGAGAAUACACGUUGGGAGUGGUGGUGGAGGUCAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAGCUGCCGCCCUUGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGUGAAUGCUGGAGCGAGGCGAUCAGGCUCUCAUUGAGCAC
.((((.(((((((((..(((((((....))).(((((.......((((((((.((((((((........))))))))))).)))))....)))))...))))..))((((((((....))))))))...(((((((((.((((((.......))))))(((.((((....)))).)))....))))))))).....))))))).))))....((((.....)))).. ( -106.20)
>501416_ENSRNOG00000011386_RAT_133_729/1-680
GCUUGUGUCGCUCUGAGAUGGAGUGAGCCCGCACAGAGAAUACACGUUGGGAGUGGUGGUGGAGGUCAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCACAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAACCGCUGCCUUGGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGAGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCAC
(.((((.(((((((.((.((.((((((((.((.(((((.......((((((((.((((((((........))))))))))).)))))....)))))))((((((.((.(((.(((((((((((((..(((...))).))))))))))....((....))))).))).)))))))).)))))).)).)).......))))))))).)))).)..((((.....)))).. ( -99.50)
>501416_ENSG00000135540_HUMAN_9403_9999/1-680
GCUUGUGUCACUCUGCGAUGGCGUGGCCCCGCACAGGGAGUAGACAUUGGGGGUGGUGGCGGAAGUCAUGCUGCUGCCAGCACUAACUGUGCUCUGGCUCCGGGAGCGGGGCAGCCAGGGCUCUUCCAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAGGGCGAGCUGCCACUCUUGCCUGGGAGGCUCAGCUGCAGCGAGUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCAC
..........(((((((.((((...(((((((.(..(((((((((((.(..((((.((((((.((.....)).)))))).))))..).))).))).)))))..).))))))).)))).((((......))))..)))))))((((.(.((((((((..((((((....(((.....)))...(((.((((....)))).))))))))).))..)))))).).)))).. ( -112.10)
>501416_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4614/1-680
GCUGGUCUCACUGUGAGUGGGGGUCACGUGGCACAGAGAGUAAACAUUAGAGACACCAGCGCAAGCAUUAGCUCCUAUCGAGACCACCGAGCUCCCUGCACUGAUGCUGCUCUGACUGCGAGGCCUUAAGAGCCAGGGGUCAUCAUAGUCGCUGCUGGGGCUGUGAGACGGCGAGGAAGGCGAUGCCCCUUUUCCUUUCCCUCCCCCCAGACCCAUCUGUAGACUCUGCUGCAGGCUGGCAAUGAGCGUCUCACUGAGCAUGGCUCCAUUUGCAUCGUUA
(((((((((.(((((.(((.....)))....)))))...(....)....))))..)))))(((.((((((((((.....)))........((.....)).))))))))))...((.((((((((((((...((((((((((.((((((((.(....).))))))))((.((.(((((((((...)))....)))))).)).))......))))).(((((((......))))))))))))..)))).)))))...((((...)))).....))))).... ( -103.00)
>501416_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1001/1-680
ACUUGUGUCACUAUGAGAUGGUGUGACGGGACAGAUGGAGUAUACAUGAGCCAUUCCUGUAGCUGAUACACCACUACUACUUGCACUGAUGCUGCUCUGGCUCCUUGGACGAAGCAUCCAGGGGUCCUCAUAGUCACUACAAGGGCUAUGAGAUGGUGACGUGGAGGAUCCUUUGCCUUUAAGCCCAUUCUGAAGUGACUGUUGGAGAGUGGCAAUCAAUGAUUCAUUGAGAAGAGAACCAUUCCUAAUAUUU
.(((.(.(((..(((((.(((((((.(((.((((((((..((....))..))))..))))..))).)))))))..........((.((((((..(((((((.(((((((.......))))))))))((.(((((((((.((.(((((..(((..(....)(..(((....)))..))))..)))))....)).))))))))).))))))..)).)))).)).)))))))).).)))................. ( -85.60)
>consensus
GCUUGUGUCACUCUGAGAUGGAGUGACCCCGCACAGAGAGUACACAU_UGGGAGU__GG_________UGGCG__GAG__GUCAAGC__UACUACCCGCACUAACAAUGCUCUGGCUCCUGGACCUGGGGAGCCAGGGGUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGCGAGCUGCCG______CCUUUGCCUGG_________GAGGCUCAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCAUU_____GAGCAC______________
((((((((((((((.....)))))))...))).................((((((.............((((((((..........))))))))..(((..........((((((((((((....)))).))))))))(((.(((.((((........)))).)))))).))).....................................((((.(((.(((......))).))).))))......))))))........))))................ (-39.96 = -39.92 +  -0.04) 

501416_8-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

PS | PDF	PS | PDF