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Results for CNB 501416_6-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


501416_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_713/1-680      GTCAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCTGGACCTGGGGAGCCAGGGTT
501416_ENSRNOG00000011386_RAT_133_729/1-680        GTCAAGC--TACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCTGGACCTGGGGAGCCAGGGTT
501416_ENSG00000135540_HUMAN_9403_9999/1-680       GTCATGC--TGCTGCCAGCACTAACTGTGCTCTGGCTCCGGGAGCGGGGCAGCCAGGGCT
501416_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4614/1-680     AGACCACCGAGCTCCCTGCACTGATGCTGCTCTGACTGCGAGGCCTTAAGAGCCAGGGGT
501416_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1001/1-680 ACACCAC--TACTACTTGCACTGATGCTGCTCTGGCTCCTTGGACGAAGCATCCAGGGGT
                                                   . .. .*  :.** *   *.**.*   *******.** *  *. *  .. * ****** *


501416_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_713/1-680      CCTCAAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGAGCTGCCG------CCCTTGCCAGG--
501416_ENSRNOG00000011386_RAT_133_729/1-680        CCTCACAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGAACCGCTG------CCTTGGCCAGG--
501416_ENSG00000135540_HUMAN_9403_9999/1-680       CTTCCAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAGGGCGAGCTGCCA------CTCTTGCCTGG--
501416_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4614/1-680     CATCATAGTCGCTGCTGGGGCTGTGAGACGGCGAGGAAGGCGATGCCCCTTTTCCTTTCC
501416_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1001/1-680 CCTCATAGTCACTACAAGGGCTATGAGATGGTGACGTGGAGGAT---CCTTTGCCTTT--
                                                   * **. ****.**.*:.***** **.** ** **   .         *  *  **:    


501416_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_713/1-680      -------GAGGCTTAGCTGCAGTGAATGCTGGAGCGAGGCGATCAGGCTCTCATT-----
501416_ENSRNOG00000011386_RAT_133_729/1-680        -------GAGGCTTAGCTGCAGAGAATGCTGGAGTGAGGCGATCAGGCTCTCGTT-----
501416_ENSG00000135540_HUMAN_9403_9999/1-680       -------GAGGCTCAGCTGCAGCGAGTGCTGGAGTGTGGCGATCAGGCTCTCGTT-----
501416_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4614/1-680     CTCCCCCCAGACCCATCTGTAGACTCTGCTGCAGGCTGGCAATGAGCGTCTCACTGAGCA
501416_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1001/1-680 -------AAGCCCATTCTGAAGTGACTGTTGGAGAGTGGCAATCAATGATTCATTGAGAA
                                                           ** *  : *** **  : ** ** **  :***.** *.  : **. *     


501416_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_713/1-680      GAGCAC--------------------CTGACC-GT--TT-GT-CTG-------GTTGTTC
501416_ENSRNOG00000011386_RAT_133_729/1-680        GAGCAC--------------------CTGCCC-AT--TT-GT-CTG-------GTTGTTC
501416_ENSG00000135540_HUMAN_9403_9999/1-680       GAGCAC--------------------CTGCCC-GT--TG-CA-CTG-------GCTGCTC
501416_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4614/1-680     TGGCTCCATTTGCATCGTTAGCTCCATTCACC-GTGCTGACACCTCCGACGGGCTTTTTC
501416_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1001/1-680 GAGAACCATTCCTAATATTTG----ACTGCCCAAT-ATT-GG-CAGAGGGAGAGCTGTTT
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501416_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_713/1-680      TTTTTGGGAATCCTTCGCAGAGAATCGGTCCGGGATGGTGGCAGGGGTGGTTTCTTTGCT
501416_ENSRNOG00000011386_RAT_133_729/1-680        TTCTTGGGAATCCTTCGCAGAGAATCTGTCCGGGATGGTGGCGGTGGTGGTTTTTTTGCT
501416_ENSG00000135540_HUMAN_9403_9999/1-680       TTCTTGGGAATCCTGCGGAGGGAGTCTGTCCGGGAGGGTGGCAGGGGAGGCTTCTTTGCT
501416_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4614/1-680     GGGCCTGGCTTGCGTCTGAGAGAGTCTGTTCGAGCCGGAGGCAGCGGTGGCTTCTTAGAC
501416_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1001/1-680 TTCCCAGGCTTTCTCCGTAGAGAGTCTGTGCGTGCAGGTGGAAGGGGTGGTTTCTTAGGC
                                                         **.:* *  *  **.**.** ** ** *. **:**..* **:** ** **:*  

501416_6-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  62.99
 Mean single sequence MFE: -114.96
 Consensus MFE: -44.57
 Energy contribution: -46.17
 Covariance contribution:   1.60
 Mean z-score:  -2.42
 Structure conservation index:   0.39
 SVM decision value:   1.50
 SVM RNA-class probability: 0.960532
 Prediction: RNA

######################################################################

>501416_ENSMUSG00000039825_MOUSE_133_713/1-680
GUCAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAGCUGCCGCCCUUGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGUGAAUGCUGGAGCGAGGCGAUCAGGCUCUCAUUGAGCACCUGACCGUUUGUCUGGUUGUUCUUUUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAAUCGGUCCGGGAUGGUGGCAGGGGUGGUUUCUUUGCU
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>501416_ENSRNOG00000011386_RAT_133_729/1-680
GUCAAGCUACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCACAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAACCGCUGCCUUGGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGAGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCACCUGCCCAUUUGUCUGGUUGUUCUUCUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAAUCUGUCCGGGAUGGUGGCGGUGGUGGUUUUUUUGCU
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>501416_ENSG00000135540_HUMAN_9403_9999/1-680
GUCAUGCUGCUGCCAGCACUAACUGUGCUCUGGCUCCGGGAGCGGGGCAGCCAGGGCUCUUCCAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAGGGCGAGCUGCCACUCUUGCCUGGGAGGCUCAGCUGCAGCGAGUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCACCUGCCCGUUGCACUGGCUGCUCUUCUUGGGAAUCCUGCGGAGGGAGUCUGUCCGGGAGGGUGGCAGGGGAGGCUUCUUUGCU
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>501416_SINFRUG00000136522_FUGU_3948_4614/1-680
AGACCACCGAGCUCCCUGCACUGAUGCUGCUCUGACUGCGAGGCCUUAAGAGCCAGGGGUCAUCAUAGUCGCUGCUGGGGCUGUGAGACGGCGAGGAAGGCGAUGCCCCUUUUCCUUUCCCUCCCCCCAGACCCAUCUGUAGACUCUGCUGCAGGCUGGCAAUGAGCGUCUCACUGAGCAUGGCUCCAUUUGCAUCGUUAGCUCCAUUCACCGUGCUGACACCUCCGACGGGCUUUUUCGGGCCUGGCUUGCGUCUGAGAGAGUCUGUUCGAGCCGGAGGCAGCGGUGGCUUCUUAGAC
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>501416_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_375_1001/1-680
ACACCACUACUACUUGCACUGAUGCUGCUCUGGCUCCUUGGACGAAGCAUCCAGGGGUCCUCAUAGUCACUACAAGGGCUAUGAGAUGGUGACGUGGAGGAUCCUUUGCCUUUAAGCCCAUUCUGAAGUGACUGUUGGAGAGUGGCAAUCAAUGAUUCAUUGAGAAGAGAACCAUUCCUAAUAUUUGACUGCCCAAUAUUGGCAGAGGGAGAGCUGUUUUUCCCAGGCUUUCUCCGUAGAGAGUCUGUGCGUGCAGGUGGAAGGGGUGGUUUCUUAGGC
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>consensus
GUCAAGC__UACUACCCGCACUAACAAUGCUCUGGCUCCUGGACCUGGGGAGCCAGGGGUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGCGAGCUGCCG______CCUUUGCCUGG_________GAGGCUCAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCAUU_____GAGCAC____________________CUGCCC_GU__UU_GA_CUG_______GUUGUUCUUCUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAGUCUGUCCGGGAUGGUGGCAGGGGUGGUUUCUUUGCU
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501416_6-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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