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Results for CNB 501415_6-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


501415_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_374_1002/1-682 -------------ACTACTTGCACTGATGCTGCTCTGGCTCCTTGGACGAAGCATCCAGG
501415_SINFRUG00000136522_FUGU_3947_4616/1-682     TCGAGACCACCGAGCTCCCTGCACTGATGCTGCTCTGACTGCGAGGCCTTAAGAGCCAGG
501415_ENSMUSG00000039825_MOUSE_129_716/1-682      -------------ACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCTGGACCTGGGGAGCCAGG
501415_ENSG00000135540_HUMAN_9399_10000/1-682      -------------GCTGCCAGCACTAACTGTGCTCTGGCTCCGGGAGCGGGGCAGCCAGG
501415_ENSRNOG00000011386_RAT_130_730/1-682        -------------ACTACCCTCGCTAACAATGCTCTGGCTTCTGGACCTGGGGAGCCAGG
                                                                 ** *   * ** *   ******* ** *  *  *     * *****


501415_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_374_1002/1-682 GGTCCTCATAGTCACTACAAGGGCTATGAGATGGTGAC-----GTGGAGGA-----TCCT
501415_SINFRUG00000136522_FUGU_3947_4616/1-682     GGTCATCATAGTCGCTGCTGGGGCTGTGAGACGGCGA-GGAAGGCGATGCCCCTTTTCCT
501415_ENSMUSG00000039825_MOUSE_129_716/1-682      GTTCCTCAAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGA------GC--TGCC-----GCCC
501415_ENSG00000135540_HUMAN_9399_10000/1-682      GCTCTTCCAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAGGGCGA------GC--TGCC-----ACTC
501415_ENSRNOG00000011386_RAT_130_730/1-682        GTTCCTCACAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGA------AC--CGCT-----GCCT
                                                   * ** **  **** ** *  ***** ** ** ** **           *        *  


501415_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_374_1002/1-682 TTGCCT---TTAAGCCCATTCTGAAGTGACTGTTGGAGAGTGGCAATCAATGATTCATTG
501415_SINFRUG00000136522_FUGU_3947_4616/1-682     TTCCCTCCCCCCAGACCCATCTGTAGACTCTGCTGCAGGCTGGCAATGAGCGTCTCACTG
501415_ENSMUSG00000039825_MOUSE_129_716/1-682      TTGCCA---GGGAGGCTTAGCTGCAGTGAATGCTGGAGCGAGGCGATCAGGCTCTCATTG
501415_ENSG00000135540_HUMAN_9399_10000/1-682      TTGCCT---GGGAGGCTCAGCTGCAGCGAGTGCTGGAGTGTGGCGATCAGGCTCTCGTTG
501415_ENSRNOG00000011386_RAT_130_730/1-682        TGGCCA---GGGAGGCTTAGCTGCAGAGAATGCTGGAGTGAGGCGATCAGGCTCTCGTTG
                                                   *  **       ** *    *** **    ** ** **   *** ** *     **  **


501415_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_374_1002/1-682 AGAAGAGAACCATTCCTAATATT-TGAC--TGCCCAATATTGGCAGAG-GGAGAGCTGTT
501415_SINFRUG00000136522_FUGU_3947_4616/1-682     AGCATGGCTCCATTTGCATCGTTAGCTCCATTCACCGTGCTGACACCTCCGACGGGCTTT
501415_ENSMUSG00000039825_MOUSE_129_716/1-682      AGCACCTGACCGTTTGTCTGGTT-GTTC--TT---TTTGGGAATCCTTCGCAGAGAATCG
501415_ENSG00000135540_HUMAN_9399_10000/1-682      AGCACCTGCCCGTTGCACTGGCT-GCTC--TT---CTTGGGAATCCTGCGGAGGGAGTCT
501415_ENSRNOG00000011386_RAT_130_730/1-682        AGCACCTGCCCATTTGTCTGGTT-GTTC--TT---CTTGGGAATCCTTCGCAGAGAATCT
                                                   ** *     ** **        *    *  *      *             *  *     


501415_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_374_1002/1-682 TTTC--CCAGGCTTTCTCCGTAGAGAGTCTGTGCGTGCAGGTGGAAGGGGTGGTTTCTTA
501415_SINFRUG00000136522_FUGU_3947_4616/1-682     TTCGGGCCTGGCTTGCGTCTGAGAGAGTCTGTTCGAGCCGGAGGCAGCGGTGGCTTCTTA
501415_ENSMUSG00000039825_MOUSE_129_716/1-682      GTCCGGGATGG-TGGCAGGGGTG-GTTTCTTTGCTTTCTTCAG--AGAGAT-GTTTCTC-
501415_ENSG00000135540_HUMAN_9399_10000/1-682      GTCCGGGAGGG-TGGCAGGGGAG-GCTTCTTTGCTTTCTTCAA--AGAGAT-GTTTCTT-
501415_ENSRNOG00000011386_RAT_130_730/1-682        GTCCGGGATGG-TGGCGGTGGTG-GTTTTTTTGCTTTCTTCAG--AGAGAT-GTTTCTT-
                                                    *       ** *  *      * *  * * * *   *       ** * * * ****  

501415_6-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  63.22
 Mean single sequence MFE: -115.06
 Consensus MFE: -40.54
 Energy contribution: -37.62
 Covariance contribution:  -2.92
 Mean z-score:  -2.42
 Structure conservation index:   0.35
 SVM decision value:   1.16
 SVM RNA-class probability: 0.923727
 Prediction: RNA

######################################################################

>501415_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_374_1002/1-682
ACUACUUGCACUGAUGCUGCUCUGGCUCCUUGGACGAAGCAUCCAGGGGUCCUCAUAGUCACUACAAGGGCUAUGAGAUGGUGACGUGGAGGAUCCUUUGCCUUUAAGCCCAUUCUGAAGUGACUGUUGGAGAGUGGCAAUCAAUGAUUCAUUGAGAAGAGAACCAUUCCUAAUAUUUGACUGCCCAAUAUUGGCAGAGGGAGAGCUGUUUUUCCCAGGCUUUCUCCGUAGAGAGUCUGUGCGUGCAGGUGGAAGGGGUGGUUUCUUA
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>501415_SINFRUG00000136522_FUGU_3947_4616/1-682
UCGAGACCACCGAGCUCCCUGCACUGAUGCUGCUCUGACUGCGAGGCCUUAAGAGCCAGGGGUCAUCAUAGUCGCUGCUGGGGCUGUGAGACGGCGAGGAAGGCGAUGCCCCUUUUCCUUUCCCUCCCCCCAGACCCAUCUGUAGACUCUGCUGCAGGCUGGCAAUGAGCGUCUCACUGAGCAUGGCUCCAUUUGCAUCGUUAGCUCCAUUCACCGUGCUGACACCUCCGACGGGCUUUUUCGGGCCUGGCUUGCGUCUGAGAGAGUCUGUUCGAGCCGGAGGCAGCGGUGGCUUCUUA
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>501415_ENSMUSG00000039825_MOUSE_129_716/1-682
ACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAGCUGCCGCCCUUGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGUGAAUGCUGGAGCGAGGCGAUCAGGCUCUCAUUGAGCACCUGACCGUUUGUCUGGUUGUUCUUUUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAAUCGGUCCGGGAUGGUGGCAGGGGUGGUUUCUUUGCUUUCUUCAGAGAGAUGUUUCUC
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>501415_ENSG00000135540_HUMAN_9399_10000/1-682
GCUGCCAGCACUAACUGUGCUCUGGCUCCGGGAGCGGGGCAGCCAGGGCUCUUCCAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAGGGCGAGCUGCCACUCUUGCCUGGGAGGCUCAGCUGCAGCGAGUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCACCUGCCCGUUGCACUGGCUGCUCUUCUUGGGAAUCCUGCGGAGGGAGUCUGUCCGGGAGGGUGGCAGGGGAGGCUUCUUUGCUUUCUUCAAAGAGAUGUUUCUU
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>501415_ENSRNOG00000011386_RAT_130_730/1-682
ACUACCCUCGCUAACAAUGCUCUGGCUUCUGGACCUGGGGAGCCAGGGUUCCUCACAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAACCGCUGCCUUGGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGAGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCACCUGCCCAUUUGUCUGGUUGUUCUUCUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAAUCUGUCCGGGAUGGUGGCGGUGGUGGUUUUUUUGCUUUCUUCAGAGAGAUGUUUCUU
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>consensus
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501415_6-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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