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Results for CNB 501415_5-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


501415_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_374_1002/1-682 AGCATCCAGGGGTCCTCATAGTCACTACAAGGGCTATGAGATGGTGAC-----GTGGAGG
501415_SINFRUG00000136522_FUGU_3947_4616/1-682     AAGAGCCAGGGGTCATCATAGTCGCTGCTGGGGCTGTGAGACGGCGA-GGAAGGCGATGC
501415_ENSMUSG00000039825_MOUSE_129_716/1-682      GGGAGCCAGGGTTCCTCAAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGA------GC--TGC
501415_ENSG00000135540_HUMAN_9399_10000/1-682      GGCAGCCAGGGCTCTTCCAAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAGGGCGA------GC--TGC
501415_ENSRNOG00000011386_RAT_130_730/1-682        GGGAGCCAGGGTTCCTCACAGTCACTGCAGGGGCTCTGGGAAGGGGA------AC--CGC
                                                      * ****** ** **  **** ** *  ***** ** ** ** **           * 


501415_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_374_1002/1-682 A-----TCCTTTGCCT---TTAAGCCCATTCTGAAGTGACTGTTGGAGAGTGGCAATCAA
501415_SINFRUG00000136522_FUGU_3947_4616/1-682     CCCTTTTCCTTTCCCTCCCCCCAGACCCATCTGTAGACTCTGCTGCAGGCTGGCAATGAG
501415_ENSMUSG00000039825_MOUSE_129_716/1-682      C-----GCCCTTGCCA---GGGAGGCTTAGCTGCAGTGAATGCTGGAGCGAGGCGATCAG
501415_ENSG00000135540_HUMAN_9399_10000/1-682      C-----ACTCTTGCCT---GGGAGGCTCAGCTGCAGCGAGTGCTGGAGTGTGGCGATCAG
501415_ENSRNOG00000011386_RAT_130_730/1-682        T-----GCCTTGGCCA---GGGAGGCTTAGCTGCAGAGAATGCTGGAGTGAGGCGATCAG
                                                          *  *  **       ** *    *** **    ** ** **   *** ** * 


501415_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_374_1002/1-682 TGATTCATTGAGAAGAGAACCATTCCTAATATT-TGAC--TGCCCAATATTGGCAGAG-G
501415_SINFRUG00000136522_FUGU_3947_4616/1-682     CGTCTCACTGAGCATGGCTCCATTTGCATCGTTAGCTCCATTCACCGTGCTGACACCTCC
501415_ENSMUSG00000039825_MOUSE_129_716/1-682      GCTCTCATTGAGCACCTGACCGTTTGTCTGGTT-GTTC--TT---TTTGGGAATCCTTCG
501415_ENSG00000135540_HUMAN_9399_10000/1-682      GCTCTCGTTGAGCACCTGCCCGTTGCACTGGCT-GCTC--TT---CTTGGGAATCCTGCG
501415_ENSRNOG00000011386_RAT_130_730/1-682        GCTCTCGTTGAGCACCTGCCCATTTGTCTGGTT-GTTC--TT---CTTGGGAATCCTTCG
                                                       **  **** *     ** **        *    *  *      *            


501415_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_374_1002/1-682 GAGAGCTGTTTTTC--CCAGGCTTTCTCCGTAGAGAGTCTGTGCGTGCAGGTGGAAGGGG
501415_SINFRUG00000136522_FUGU_3947_4616/1-682     GACGGGCTTTTTCGGGCCTGGCTTGCGTCTGAGAGAGTCTGTTCGAGCCGGAGGCAGCGG
501415_ENSMUSG00000039825_MOUSE_129_716/1-682      CAGAGAATCGGTCCGGGATGG-TGGCAGGGGTG-GTTTCTTTGCTTTCTTCAG--AGAGA
501415_ENSG00000135540_HUMAN_9399_10000/1-682      GAGGGAGTCTGTCCGGGAGGG-TGGCAGGGGAG-GCTTCTTTGCTTTCTTCAA--AGAGA
501415_ENSRNOG00000011386_RAT_130_730/1-682        CAGAGAATCTGTCCGGGATGG-TGGCGGTGGTG-GTTTTTTTGCTTTCTTCAG--AGAGA
                                                    *  *      *       ** *  *      * *  * * * *   *       ** * 


501415_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_374_1002/1-682 TGGTTTCTTAGGCTTGCGTAGAGAAATGGAACGAGATAGCGAGTGGTCGCTGCACAAGCT
501415_SINFRUG00000136522_FUGU_3947_4616/1-682     TGGCTTCTTAGACTTGCGGAGGGAGATGCTGCGTGACAGCGACTGGTCGCTGTACAGGCT
501415_ENSMUSG00000039825_MOUSE_129_716/1-682      T-GTTTCTC-GA-AAG-GAT--TTTATCCTG-GTGAGCG-GCCTGATCCCCTT---GGCT
501415_ENSG00000135540_HUMAN_9399_10000/1-682      T-GTTTCTT-GA-TAG-GGA--TTTATCCTG-GTAATTG-GACCGGTCCCCTT---GGTT
501415_ENSRNOG00000011386_RAT_130_730/1-682        T-GTTTCTT-GA-GAG-GAT--TCTATCCTG-CTGAGTG-GCCTGATCCCCTT---GGCT
                                                   * * ****  *    * *       **        *  * *   * ** *       * *

501415_5-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  62.65
 Mean single sequence MFE: -115.18
 Consensus MFE: -37.56
 Energy contribution: -34.80
 Covariance contribution:  -2.76
 Mean z-score:  -2.12
 Structure conservation index:   0.33
 SVM decision value:   0.11
 SVM RNA-class probability: 0.586649
 Prediction: RNA

######################################################################

>501415_ENSDARG00000026402_ZEBRAFISH_374_1002/1-682
AGCAUCCAGGGGUCCUCAUAGUCACUACAAGGGCUAUGAGAUGGUGACGUGGAGGAUCCUUUGCCUUUAAGCCCAUUCUGAAGUGACUGUUGGAGAGUGGCAAUCAAUGAUUCAUUGAGAAGAGAACCAUUCCUAAUAUUUGACUGCCCAAUAUUGGCAGAGGGAGAGCUGUUUUUCCCAGGCUUUCUCCGUAGAGAGUCUGUGCGUGCAGGUGGAAGGGGUGGUUUCUUAGGCUUGCGUAGAGAAAUGGAACGAGAUAGCGAGUGGUCGCUGCACAAGCU
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>501415_SINFRUG00000136522_FUGU_3947_4616/1-682
AAGAGCCAGGGGUCAUCAUAGUCGCUGCUGGGGCUGUGAGACGGCGAGGAAGGCGAUGCCCCUUUUCCUUUCCCUCCCCCCAGACCCAUCUGUAGACUCUGCUGCAGGCUGGCAAUGAGCGUCUCACUGAGCAUGGCUCCAUUUGCAUCGUUAGCUCCAUUCACCGUGCUGACACCUCCGACGGGCUUUUUCGGGCCUGGCUUGCGUCUGAGAGAGUCUGUUCGAGCCGGAGGCAGCGGUGGCUUCUUAGACUUGCGGAGGGAGAUGCUGCGUGACAGCGACUGGUCGCUGUACAGGCU
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>501415_ENSMUSG00000039825_MOUSE_129_716/1-682
GGGAGCCAGGGUUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAGCUGCCGCCCUUGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGUGAAUGCUGGAGCGAGGCGAUCAGGCUCUCAUUGAGCACCUGACCGUUUGUCUGGUUGUUCUUUUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAAUCGGUCCGGGAUGGUGGCAGGGGUGGUUUCUUUGCUUUCUUCAGAGAGAUGUUUCUCGAAAGGAUUUUAUCCUGGUGAGCGGCCUGAUCCCCUUGGCU
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>501415_ENSG00000135540_HUMAN_9399_10000/1-682
GGCAGCCAGGGCUCUUCCAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAGGGCGAGCUGCCACUCUUGCCUGGGAGGCUCAGCUGCAGCGAGUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCACCUGCCCGUUGCACUGGCUGCUCUUCUUGGGAAUCCUGCGGAGGGAGUCUGUCCGGGAGGGUGGCAGGGGAGGCUUCUUUGCUUUCUUCAAAGAGAUGUUUCUUGAUAGGGAUUUAUCCUGGUAAUUGGACCGGUCCCCUUGGUU
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>501415_ENSRNOG00000011386_RAT_130_730/1-682
GGGAGCCAGGGUUCCUCACAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGGGAACCGCUGCCUUGGCCAGGGAGGCUUAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGAGGCGAUCAGGCUCUCGUUGAGCACCUGCCCAUUUGUCUGGUUGUUCUUCUUGGGAAUCCUUCGCAGAGAAUCUGUCCGGGAUGGUGGCGGUGGUGGUUUUUUUGCUUUCUUCAGAGAGAUGUUUCUUGAGAGGAUUCUAUCCUGCUGAGUGGCCUGAUCCCCUUGGCU
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>consensus
GGGAGCCAGGGGUCCUCAAAGUCACUGCAGGGGCUCUGGGAAGGCGA______GC__UGCC_____GCCUUUGCCU___GGGAGGCUCAGCUGCAGAGAAUGCUGGAGUGUGGCGAUCAGGCUCUCAUUGAGCACCUGACCAUUUGUCUGGUU_GCUC__UU___CUUGGGAAUCCUUCGGAGAGAAUCUGUCCGGGAUGG_UGGCAGCGGAG_GAUUCUUUGCUUUCUUCAG__AGAGAU_GUUUCUU_GA_UAG_GAA__UAUAUCCUG_GUGAGAG_GACUGGUCCCCUU___GGCU
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501415_5-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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