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Results for CNB 473677

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

473677_ENSG00000177669_HUMAN_4164_4404/1-245        -CTTCTCTT-TCAGGTACCTCTTTCTCCTGACTGGAGGAGGTGCCCTGGCCGTGGCTGCC
473677_ENSRNOG00000013246_RAT_7392_7632/1-245       -CCTTTCTT-TCAGGTACCTCTTTCTCCTGGCTGGAGGAGGTGTCCTGGCTTTGGCCGCC
473677_ENSDARG00000022302_ZEBRAFISH_7796_8038/1-245 TCATCTCTTGTAAGGTATGTCTATTTGGCGATGGGAGGATTCATGCTGGCTATTGCAACA
473677_ENSMUSG00000042953_MOUSE_6061_6301/1-245     -CCTTTCTT-TCAGGTACCTCTTTCTCCTGGCTGGAGGAGGTGTCCTGGCTTTTGCTGCC
                                                     * * **** * *****  *** * *   *   ******      *****  * **  * 


473677_ENSG00000177669_HUMAN_4164_4404/1-245        ATGGGTTCCTACGCCGTGCTCGTCTTCACCCCTGCTGTCTGCGCTGTGGCT-CTCCTCTG
473677_ENSRNOG00000013246_RAT_7392_7632/1-245       ATGGGTCCCTACGCTCTGCTCATTTTCATCCCTGCTCTCTGTGCCGTGGCT-ATGATCTC
473677_ENSDARG00000022302_ZEBRAFISH_7796_8038/1-245 ATGGGTCCATATAGCTCACTGCTGTTCCTGAGTGCTAT-TAAACTGCTGTTACTGATCCA
473677_ENSMUSG00000042953_MOUSE_6061_6301/1-245     ATGGGTCCCTACTCTCTGCTCATCTTCATCCCTGCGCTCTGCGCTGTGGCT-CTGGTCTC
                                                    ****** * **       **  * ***     ***  * *   * *  * *  *  **  


473677_ENSG00000177669_HUMAN_4164_4404/1-245        TTCCCTGGCTCCTCAGCAAGTCCACAGGTGGACCTTCTGCTTTCAGATGAGCTGGCAGAC
473677_ENSRNOG00000013246_RAT_7392_7632/1-245       CTCCCTCAGTCCACAGGAAGTCCATGGGCTGACTTTCTTCTTTCAGATGGGTTGGCAAAC
473677_ENSDARG00000022302_ZEBRAFISH_7796_8038/1-245 CTATATACATCCAATGCATCTTCATCGGTGGATTCTGGGACTGCAGATGTTTTGGCAAAC
473677_ENSMUSG00000042953_MOUSE_6061_6301/1-245     CTTCCTCAGTCCACAGGAAGTCCATAGGCTGACCTTCTTCTTTCAGATGGGCTGGCAGAC
                                                     *   *   ***   * *  * **  **  **   *     * ******   ***** **


473677_ENSG00000177669_HUMAN_4164_4404/1-245        CTTGTGTCACCTAGGTCTGCACTACACTGAGTATTATCTGCATGAGCCTCCTTCTGTGAG
473677_ENSRNOG00000013246_RAT_7392_7632/1-245       CCTGTGCCACCTGGGTCTTCACTACAAGGAGTACTACCTGTGTGAGCCTCCCCCTGTGAG
473677_ENSDARG00000022302_ZEBRAFISH_7796_8038/1-245 CTGCTGGCATTTGTACGTCCAGTACCAGATATACTGGCTTCAAGAGGCACCAGACTCAAG
473677_ENSMUSG00000042953_MOUSE_6061_6301/1-245     CCTGTGCCATCTGGGTCTTCACTACACCGAATACTACCTGGGTGAGCCTCCACCCGTGAG
                                                    *   ** **  *     * ** ***      ** *  **    *** * **       **


473677_ENSG00000177669_HUMAN_4164_4404/1-245        GTAA-
473677_ENSRNOG00000013246_RAT_7392_7632/1-245       GTAA-
473677_ENSDARG00000022302_ZEBRAFISH_7796_8038/1-245 GTA-T
473677_ENSMUSG00000042953_MOUSE_6061_6301/1-245     GTAA-
                                                    ***  


//

473677.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 245
 Mean pairwise identity:  69.20
 Mean single sequence MFE: -81.26
 Consensus MFE: -36.48
 Energy contribution: -36.85
 Covariance contribution:   0.37
 Mean z-score:  -1.98
 Structure conservation index:   0.45
 SVM decision value:   0.31
 SVM RNA-class probability: 0.684389
 Prediction: RNA

######################################################################

>473677_ENSG00000177669_HUMAN_4164_4404/1-245
CUUCUCUUUCAGGUACCUCUUUCUCCUGACUGGAGGAGGUGCCCUGGCCGUGGCUGCCAUGGGUUCCUACGCCGUGCUCGUCUUCACCCCUGCUGUCUGCGCUGUGGCUCUCCUCUGUUCCCUGGCUCCUCAGCAAGUCCACAGGUGGACCUUCUGCUUUCAGAUGAGCUGGCAGACCUUGUGUCACCUAGGUCUGCACUACACUGAGUAUUAUCUGCAUGAGCCUCCUUCUGUGAGGUAA
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>473677_ENSRNOG00000013246_RAT_7392_7632/1-245
CCUUUCUUUCAGGUACCUCUUUCUCCUGGCUGGAGGAGGUGUCCUGGCUUUGGCCGCCAUGGGUCCCUACGCUCUGCUCAUUUUCAUCCCUGCUCUCUGUGCCGUGGCUAUGAUCUCCUCCCUCAGUCCACAGGAAGUCCAUGGGCUGACUUUCUUCUUUCAGAUGGGUUGGCAAACCCUGUGCCACCUGGGUCUUCACUACAAGGAGUACUACCUGUGUGAGCCUCCCCCUGUGAGGUAA
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>473677_ENSDARG00000022302_ZEBRAFISH_7796_8038/1-245
UCAUCUCUUGUAAGGUAUGUCUAUUUGGCGAUGGGAGGAUUCAUGCUGGCUAUUGCAACAAUGGGUCCAUAUAGCUCACUGCUGUUCCUGAGUGCUAUUAAACUGCUGUUACUGAUCCACUAUAUACAUCCAAUGCAUCUUCAUCGGUGGAUUCUGGGACUGCAGAUGUUUUGGCAAACCUGCUGGCAUUUGUACGUCCAGUACCAGAUAUACUGGCUUCAAGAGGCACCAGACUCAAGGUAU
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>473677_ENSMUSG00000042953_MOUSE_6061_6301/1-245
CCUUUCUUUCAGGUACCUCUUUCUCCUGGCUGGAGGAGGUGUCCUGGCUUUUGCUGCCAUGGGUCCCUACUCUCUGCUCAUCUUCAUCCCUGCGCUCUGCGCUGUGGCUCUGGUCUCCUUCCUCAGUCCACAGGAAGUCCAUAGGCUGACCUUCUUCUUUCAGAUGGGCUGGCAGACCCUGUGCCAUCUGGGUCUUCACUACACCGAAUACUACCUGGGUGAGCCUCCACCCGUGAGGUAA
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>consensus
_CCUCUCUU_UCAGGUACCUCUUUCUCCUGACUGGAGGAGGUGUCCUGGCUUUGGCUGCCAUGGGUCCCUACGCCCUGCUCAUCUUCAUCCCUGCUCUCUGCGCUGUGGCU_CUGAUCUCCUCCCUCAGUCCACAGCAAGUCCAUAGGCGGACCUUCUGCUUUCAGAUGGGCUGGCAAACCCUGUGCCACCUGGGUCUUCACUACAAGGAAUACUACCUGCAUGAGCCUCCACCCGUGAGGUAA_
...........((((((((((((((........)))))))))).))))((....)).(((((((.......................................))))))).......................((((..((((......))))........(((((((((...((....)).....))))))))).....................)))).....(((((.......)))))... (-36.48 = -36.85 +   0.37) 

473677.rnaz

RNAalifold consensus structure

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