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Results for CNB 467058_3-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


467058_ENSRNOG00000020045_RAT_7890_8393/1-507       GTTTGATTTTGTTCTCAGCAAGGGGTCCCTGAATTTATGTTCGCTTCTCCCTGCAAATGA
467058_ENSG00000165606_HUMAN_8456_8959/1-507        GTTTGATTTTGTTCTCAGCAAGGGGTCCCTGAATTTATGTTCGCTTCTCGATGCAAATGA
467058_SINFRUG00000142795_FUGU_775_1264/1-507       TTTTGATTTTGTTCACAGCAAGGGGTCCCGCGATTTA-TTTCGCTTCCTCAGATAAATGA
467058_ENSDARG00000011919_ZEBRAFISH_2243_2727/1-507 TTTTGATTTTGTTCACAGCAAGGGGTCCGAGGATTTATTTCCCACTCTCG-CGTAAATGA
467058_ENSMUSG00000041730_MOUSE_457_960/1-507       GTTTGATTTTGTTCTCAGCAAGGGGTCCCTGAATTTATGTTCGCTTCTCCCTGCAAATGA
                                                     ************* *************    *****  * *   **       ******


467058_ENSRNOG00000020045_RAT_7890_8393/1-507       TATGCAGTGGGACCCTTCGCAATTATTTTTAAAATGCATCCGAGGCAGACAC-TCAGCGG
467058_ENSG00000165606_HUMAN_8456_8959/1-507        TATGCGGTGGGACCCTTTGCAATTACTTTTAAAATGCATCCGAGGCAGACAC-TCAACGG
467058_SINFRUG00000142795_FUGU_775_1264/1-507       TCTGCTGCGGGACCCTTT-CAATTAGTTTTAAAGCGCA--TCAGG--G--ACGTCAGAGC
467058_ENSDARG00000011919_ZEBRAFISH_2243_2727/1-507 TATGCAGCGGGACCCTTT-CAATTACTTTTAAAACGCA--CGCGG--G--AC-GCCGCGC
467058_ENSMUSG00000041730_MOUSE_457_960/1-507       TATGCAGTGGGACCCTTCGCAATTACTTTTAAAATGCATCCGAGGCAGACAC-TCAGCGG
                                                    * *** * *********  ****** *******  ***     **  *  **  *   * 


467058_ENSRNOG00000020045_RAT_7890_8393/1-507       AGAGAGACCGCCCTTCTCTCTGCCTG-GGTGAAAATTAAACTCTAAAGTACCGGGTTGAA
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467058_SINFRUG00000142795_FUGU_775_1264/1-507       GCAGACGCCATGCGTCTCTGAG-GTGTAGGCAAAATGAGGCTT-CGAGAAGC-AACTGAA
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467058_ENSRNOG00000020045_RAT_7890_8393/1-507       TAATGGCGCATAATTGGTTCTGTAATAGCATTACACCAGGATAATAGCCCGTTACGGCCC
467058_ENSG00000165606_HUMAN_8456_8959/1-507        TAATGGCGCATAATTGGTTCTGTAATAGCATTACACCAGGATAATAGCCCGTTACGGCCC
467058_SINFRUG00000142795_FUGU_775_1264/1-507       TAATGGCGCGTAATTGGTTCTGTAATATCATTACAGGCGGATAATGGCCAGTTACAGGGC
467058_ENSDARG00000011919_ZEBRAFISH_2243_2727/1-507 TAATGGTGCATAATTGGTTCTCTAATAGCATTACACAAGGATAATAGCCTGTTATGGCCC
467058_ENSMUSG00000041730_MOUSE_457_960/1-507       TAATGGCGCATAATTGGTTCTGTAATAGCATTACACCAGGATAATAGCCCGTTACGGCCC
                                                    ****** ** *********** ***** *******   ******* *** ****  *  *

467058_3-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  81.82
 Mean single sequence MFE: -92.94
 Consensus MFE: -48.87
 Energy contribution: -51.88
 Covariance contribution:   3.01
 Mean z-score:  -2.06
 Structure conservation index:   0.53
 SVM decision value:   0.07
 SVM RNA-class probability: 0.570399
 Prediction: RNA

######################################################################

>467058_ENSRNOG00000020045_RAT_7890_8393/1-507
GUUUGAUUUUGUUCUCAGCAAGGGGUCCCUGAAUUUAUGUUCGCUUCUCCCUGCAAAUGAUAUGCAGUGGGACCCUUCGCAAUUAUUUUUAAAAUGCAUCCGAGGCAGACACUCAGCGGAGAGAGACCGCCCUUCUCUCUGCCUGGGUGAAAAUUAAACUCUAAAGUACCGGGUUGAAAUUUUCAAGUCAGGGGCGCGGGAUUGGAUCAAAUCACAUAAACUGCAAAAAAAGCAAGUCUAAUGGCGCAUAAUUGGUUCUGUAAUAGCAUUACACCAGGAUAAUAGCCCGUUACGGCCC
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>467058_ENSG00000165606_HUMAN_8456_8959/1-507
GUUUGAUUUUGUUCUCAGCAAGGGGUCCCUGAAUUUAUGUUCGCUUCUCGAUGCAAAUGAUAUGCGGUGGGACCCUUUGCAAUUACUUUUAAAAUGCAUCCGAGGCAGACACUCAACGGAGAGAGACCGCCCUUCUCUCUGCCUGGGUGAAAAUUAAACUCUAAAGUACCGGGCUGAAAUUUUCAAGUCAGGGGCGCGGGAUUGGAUCAAAUCACAUAAACUGCAAAAAAAGCAAGUCUAAUGGCGCAUAAUUGGUUCUGUAAUAGCAUUACACCAGGAUAAUAGCCCGUUACGGCCC
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>467058_SINFRUG00000142795_FUGU_775_1264/1-507
UUUUGAUUUUGUUCACAGCAAGGGGUCCCGCGAUUUAUUUCGCUUCCUCAGAUAAAUGAUCUGCUGCGGGACCCUUUCAAUUAGUUUUAAAGCGCAUCAGGGACGUCAGAGCGCAGACGCCAUGCGUCUCUGAGGUGUAGGCAAAAUGAGGCUUCGAGAAGCAACUGAAAUUUAGAAGAGGAGUGCGGGAUUGGACUAAACCACAUAAAGUGCAGAAAAUCCCUUCUAAUGGCGCGUAAUUGGUUCUGUAAUAUCAUUACAGGCGGAUAAUGGCCAGUUACAGGGC
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>467058_ENSDARG00000011919_ZEBRAFISH_2243_2727/1-507
UUUUGAUUUUGUUCACAGCAAGGGGUCCGAGGAUUUAUUUCCCACUCUCGCGUAAAUGAUAUGCAGCGGGACCCUUUCAAUUACUUUUAAAACGCACGCGGGACGCCGCGCGCAGACACCGCCGCUCCUCUGCUGCUGGAAAUGAGGCUCCGAGUAGCAGCUGAAAUUUUGAAGUGCGGGACGGUAUUGGAUGAAAUCACAUAAACUGCAAAAAAGCAAGUGUAAUGGUGCAUAAUUGGUUCUCUAAUAGCAUUACACAAGGAUAAUAGCCUGUUAUGGCCC
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>467058_ENSMUSG00000041730_MOUSE_457_960/1-507
GUUUGAUUUUGUUCUCAGCAAGGGGUCCCUGAAUUUAUGUUCGCUUCUCCCUGCAAAUGAUAUGCAGUGGGACCCUUCGCAAUUACUUUUAAAAUGCAUCCGAGGCAGACACUCAGCGGAGAGAGACCGCCCUUCUCUCUGCCUGGGUGAAAAUUAAACUCUAAAGUACCGGGUUGAAAUUUUCAAGUCAGGGGCGCGGGAUUGGAUCAAAUCACAUAAACUGCAAAAAAAGCAAGUCUAAUGGCGCAUAAUUGGUUCUGUAAUAGCAUUACACCAGGAUAAUAGCCCGUUACGGCCC
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>consensus
GUUUGAUUUUGUUCUCAGCAAGGGGUCCCUGAAUUUAUGUUCGCUUCUCCAUGCAAAUGAUAUGCAGUGGGACCCUUUGCAAUUACUUUUAAAAUGCAUCCGAGGCAGACAC_UCAGCGGAGAGAGACCGCCCUUCUCUCUGCCUG_GGUGAAAAUUAAACUCUAAAGUACCGGGCUGAAAUUUUCAAGUCAGGGGCGCGGGAUUGGAUCAAAUCACAUAAACUGCAAAAAAAGCAAGUCUAAUGGCGCAUAAUUGGUUCUGUAAUAGCAUUACACCAGGAUAAUAGCCCGUUACGGCCC
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467058_3-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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