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Results for CNB 467045_3-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


467045_ENSMUSG00000041730_MOUSE_457_903/1-449       -TTTGATTTTGTTCTCAGCAAGGGGTCCCTGAATTTATGTTCGCTTCTCCCTGCAAATGA
467045_ENSG00000165606_HUMAN_8456_8903/1-449        GTTTGATTTTGTTCTCAGCAAGGGGTCCCTGAATTTATGTTCGCTTCTCGATGCAAATGA
467045_ENSRNOG00000020045_RAT_7890_8336/1-449       -TTTGATTTTGTTCTCAGCAAGGGGTCCCTGAATTTATGTTCGCTTCTCCCTGCAAATGA
467045_SINFRUG00000142795_FUGU_773_1208/1-449       -TTTGATTTTGTTCACAGCAAGGGGTCCCGCGATTTAT-TTCGCTTCCTCAGATAAATGA
467045_ENSDARG00000011919_ZEBRAFISH_2244_2674/1-449 TTTTGATTTTGTTCACAGCAAGGGGTCCGAGGATTTAT-TTCCCACTCTCGCGTAAATGA
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467045_ENSMUSG00000041730_MOUSE_457_903/1-449       TATGCAGTGGGACCCTTCGCAATTACTTTTAAAATGCATCCGAGGCAGACACTCAGCGGA
467045_ENSG00000165606_HUMAN_8456_8903/1-449        TATGCGGTGGGACCCTTTGCAATTACTTTTAAAATGCATCCGAGGCAGACACTCAACGGA
467045_ENSRNOG00000020045_RAT_7890_8336/1-449       TATGCAGTGGGACCCTTCGCAATTATTTTTAAAATGCATCCGAGGCAGACACTCAGCGGA
467045_SINFRUG00000142795_FUGU_773_1208/1-449       TCTGCTGCGGGACCCTTT-CAATTAGTTTTAAAGCGCATC--AGG--GAC-GTCAGAGCG
467045_ENSDARG00000011919_ZEBRAFISH_2244_2674/1-449 TATGCAGCGGGACCCTTT-CAATTACTTTTAAAACGCACG--CGG--GAC-G-CCGCGCG
                                                    * *** * *********  ****** *******  ***     **  ***   *   *  


467045_ENSMUSG00000041730_MOUSE_457_903/1-449       GAGAGACCGCCCTTCTCTCTGCCTGGGTGAAAATTAAACTCTAAAGTACCGGGTTGAAAT
467045_ENSG00000165606_HUMAN_8456_8903/1-449        GAGAGACCGCCCTTCTCTCTGCCTGGGTGAAAATTAAACTCTAAAGTACCGGGCTGAAAT
467045_ENSRNOG00000020045_RAT_7890_8336/1-449       GAGAGACCGCCCTTCTCTCTGCCTGGGTGAAAATTAAACTCTAAAGTACCGGGTTGAAAT
467045_SINFRUG00000142795_FUGU_773_1208/1-449       CAGACGCCATGCGTCTCTGAGGTGTAGGCAAAATGAGGCT-TCGAGAAGC-AACTGAAAT
467045_ENSDARG00000011919_ZEBRAFISH_2244_2674/1-449 CAGACACCGCCGCTC-CTCTG-CT-GCTGGAAATGAGGCT-CCGAGTAGC-AGCTGAAAT
                                                     ***  **     ** **  *         **** *  **    ** * *    ******


467045_ENSMUSG00000041730_MOUSE_457_903/1-449       TTTCAAGTCAGGGGCGCGGGATTGGATCAAATCACATAAACTGCAAAAAAAGCAAGTCTA
467045_ENSG00000165606_HUMAN_8456_8903/1-449        TTTCAAGTCAGGGGCGCGGGATTGGATCAAATCACATAAACTGCAAAAAAAGCAAGTCTA
467045_ENSRNOG00000020045_RAT_7890_8336/1-449       TTTCAAGTCAGGGGCGCGGGATTGGATCAAATCACATAAACTGCAAAAAAAGCAAGTCTA
467045_SINFRUG00000142795_FUGU_773_1208/1-449       TTAGAAG--AGGAGTGCGGGATTGGACTAAACCACATAAAGTGC-AGAAAATCCCTTCTA
467045_ENSDARG00000011919_ZEBRAFISH_2244_2674/1-449 TTTGAAG--TGCGGGACGGTATTGGATGAAATCACATAAACTGC-AAAAAAGCAAGTGTA
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467045_ENSMUSG00000041730_MOUSE_457_903/1-449       ATGGCGCATAATTGGTTCTGTAATAGCATTACACCAGGATAATAGCCCGTTACGGCCCC
467045_ENSG00000165606_HUMAN_8456_8903/1-449        ATGGCGCATAATTGGTTCTGTAATAGCATTACACCAGGATAATAGCCCGTTACGGCCCC
467045_ENSRNOG00000020045_RAT_7890_8336/1-449       ATGGCGCATAATTGGTTCTGTAATAGCATTACACCAGGATAATAGCCCGTTACGGCCCC
467045_SINFRUG00000142795_FUGU_773_1208/1-449       ATGGCGCGTAATTGGTTCTGTAATATCATTACAGGCGGATAATGGCCAGTTACAGGGCC
467045_ENSDARG00000011919_ZEBRAFISH_2244_2674/1-449 ATGGTGCATAATTGGTTCTCTAATAGCATTACACAAGGATAATAGCCTGTTATGGCCCC
                                                    **** ** *********** ***** *******   ******* *** ****  *  **

467045_3-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 299
 Mean pairwise identity:  81.85
 Mean single sequence MFE: -92.66
 Consensus MFE: -50.44
 Energy contribution: -54.68
 Covariance contribution:   4.24
 Mean z-score:  -2.01
 Structure conservation index:   0.54
 SVM decision value:   0.07
 SVM RNA-class probability: 0.569489
 Prediction: RNA

######################################################################

>467045_ENSMUSG00000041730_MOUSE_457_903/1-449
UUUGAUUUUGUUCUCAGCAAGGGGUCCCUGAAUUUAUGUUCGCUUCUCCCUGCAAAUGAUAUGCAGUGGGACCCUUCGCAAUUACUUUUAAAAUGCAUCCGAGGCAGACACUCAGCGGAGAGAGACCGCCCUUCUCUCUGCCUGGGUGAAAAUUAAACUCUAAAGUACCGGGUUGAAAUUUUCAAGUCAGGGGCGCGGGAUUGGAUCAAAUCACAUAAACUGCAAAAAAAGCAAGUCUAAUGGCGCAUAAUUGGUUCUGUAAUAGCAUUACACCAGGAUAAUAGCCCGUUACGGCCCC
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>467045_ENSG00000165606_HUMAN_8456_8903/1-449
GUUUGAUUUUGUUCUCAGCAAGGGGUCCCUGAAUUUAUGUUCGCUUCUCGAUGCAAAUGAUAUGCGGUGGGACCCUUUGCAAUUACUUUUAAAAUGCAUCCGAGGCAGACACUCAACGGAGAGAGACCGCCCUUCUCUCUGCCUGGGUGAAAAUUAAACUCUAAAGUACCGGGCUGAAAUUUUCAAGUCAGGGGCGCGGGAUUGGAUCAAAUCACAUAAACUGCAAAAAAAGCAAGUCUAAUGGCGCAUAAUUGGUUCUGUAAUAGCAUUACACCAGGAUAAUAGCCCGUUACGGCCCC
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>467045_ENSRNOG00000020045_RAT_7890_8336/1-449
UUUGAUUUUGUUCUCAGCAAGGGGUCCCUGAAUUUAUGUUCGCUUCUCCCUGCAAAUGAUAUGCAGUGGGACCCUUCGCAAUUAUUUUUAAAAUGCAUCCGAGGCAGACACUCAGCGGAGAGAGACCGCCCUUCUCUCUGCCUGGGUGAAAAUUAAACUCUAAAGUACCGGGUUGAAAUUUUCAAGUCAGGGGCGCGGGAUUGGAUCAAAUCACAUAAACUGCAAAAAAAGCAAGUCUAAUGGCGCAUAAUUGGUUCUGUAAUAGCAUUACACCAGGAUAAUAGCCCGUUACGGCCCC
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>467045_SINFRUG00000142795_FUGU_773_1208/1-449
UUUGAUUUUGUUCACAGCAAGGGGUCCCGCGAUUUAUUUCGCUUCCUCAGAUAAAUGAUCUGCUGCGGGACCCUUUCAAUUAGUUUUAAAGCGCAUCAGGGACGUCAGAGCGCAGACGCCAUGCGUCUCUGAGGUGUAGGCAAAAUGAGGCUUCGAGAAGCAACUGAAAUUUAGAAGAGGAGUGCGGGAUUGGACUAAACCACAUAAAGUGCAGAAAAUCCCUUCUAAUGGCGCGUAAUUGGUUCUGUAAUAUCAUUACAGGCGGAUAAUGGCCAGUUACAGGGCC
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>467045_ENSDARG00000011919_ZEBRAFISH_2244_2674/1-449
UUUUGAUUUUGUUCACAGCAAGGGGUCCGAGGAUUUAUUUCCCACUCUCGCGUAAAUGAUAUGCAGCGGGACCCUUUCAAUUACUUUUAAAACGCACGCGGGACGCCGCGCGCAGACACCGCCGCUCCUCUGCUGCUGGAAAUGAGGCUCCGAGUAGCAGCUGAAAUUUUGAAGUGCGGGACGGUAUUGGAUGAAAUCACAUAAACUGCAAAAAAGCAAGUGUAAUGGUGCAUAAUUGGUUCUCUAAUAGCAUUACACAAGGAUAAUAGCCUGUUAUGGCCCC
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>consensus
_UUUGAUUUUGUUCUCAGCAAGGGGUCCCUGAAUUUAUGUUCGCUUCUCCAUGCAAAUGAUAUGCAGUGGGACCCUUUGCAAUUACUUUUAAAAUGCAUCCGAGGCAGACACUCAGCGGAGAGAGACCGCCCUUCUCUCUGCCUGGGUGAAAAUUAAACUCUAAAGUACCGGGCUGAAAUUUUCAAGUCAGGGGCGCGGGAUUGGAUCAAAUCACAUAAACUGCAAAAAAAGCAAGUCUAAUGGCGCAUAAUUGGUUCUGUAAUAGCAUUACACCAGGAUAAUAGCCCGUUACGGCCCC
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467045_3-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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