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Results for CNB 461749-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


461749_ENSMUSG00000034255_MOUSE_8785_8897/1-115     GCCTACCAGCTCTGAGATGCCTTCGGCAATGGCTTTGTGCCAGGTGCTGATGATGGCTTC
461749_SINFRUG00000131017_FUGU_9484_9597/1-115      TCTCACCAGTTGTCGTATGGTATCGGTCAGGACTCGGTGCCAGTCAACAATGATGCTTTC
461749_ENSRNOG00000028569_RAT_8775_8886/1-115       -CCTACCAGCTCCTCGATGCCTTCGGCAATGGCCTTGTGCCAGGTGCTGATGATGGCCTC
461749_ENSDARG00000006344_ZEBRAFISH_6914_7025/1-115 -CTCACCAGCTGGTGTATGGTATCTAAGATAACTTTATGCCAGTCTTGGATGATGCTATC
                                                     *  ***** *     ***   **    *   *    ******      ******   **


461749_ENSMUSG00000034255_MOUSE_8785_8897/1-115     GGAGTCGTGCTGGATCAGGTACTCC-GAGCCATCTCGGCTTCGAAGCTGGAGGG-
461749_SINFRUG00000131017_FUGU_9484_9597/1-115      TGTGTCGTACTGTATCAGGAATTCCACCGCGTTCTTAGTTTTTAA-CTGGGGAGG
461749_ENSRNOG00000028569_RAT_8775_8886/1-115       TGAGTCATGCTGGATCAGGTACTCT-GAGCCATCTCGGCTCCGGAGCTGGAGGG-
461749_ENSDARG00000006344_ZEBRAFISH_6914_7025/1-115 GGTGTCGTACTGGATCAAGTATTCG-GCACCAGTCCGAGTCTTAAGCTGAATGA-
                                                     * *** * *** **** * * **     *         *    * ***      

461749-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 115
 Mean pairwise identity:  65.01
 Mean single sequence MFE: -47.25
 Consensus MFE: -22.80
 Energy contribution: -25.30
 Covariance contribution:   2.50
 Mean z-score:  -3.15
 Structure conservation index:   0.48
 SVM decision value:   3.46
 SVM RNA-class probability: 0.999247
 Prediction: RNA

######################################################################

>461749_ENSMUSG00000034255_MOUSE_8785_8897/1-115
GCCUACCAGCUCUGAGAUGCCUUCGGCAAUGGCUUUGUGCCAGGUGCUGAUGAUGGCUUCGGAGUCGUGCUGGAUCAGGUACUCCGAGCCAUCUCGGCUUCGAAGCUGGAGGG
.(((.((((((.((((..(((.((((((.((((.....))))..)))))).(((((((.(((((((.((......)).).)))))))))))))..))))))).))))))))). ( -59.90)
>461749_SINFRUG00000131017_FUGU_9484_9597/1-115
UCUCACCAGUUGUCGUAUGGUAUCGGUCAGGACUCGGUGCCAGUCAACAAUGAUGCUUUCUGUGUCGUACUGUAUCAGGAAUUCCACCGCGUUCUUAGUUUUUAACUGGGGAGG
.(((.((((((((((........)))..(((((.(((((....((....(((((((.....))))))).(((...)))))....))))).))))).......))))))).))). ( -33.50)
>461749_ENSRNOG00000028569_RAT_8775_8886/1-115
CCUACCAGCUCCUCGAUGCCUUCGGCAAUGGCCUUGUGCCAGGUGCUGAUGAUGGCCUCUGAGUCAUGCUGGAUCAGGUACUCUGAGCCAUCUCGGCUCCGGAGCUGGAGGG
(((.((((((((....((((...)))).((((.....))))((.(((((.((((((.((.((((...(((......))))))).))))))))))))).))))))))))))). ( -57.00)
>461749_ENSDARG00000006344_ZEBRAFISH_6914_7025/1-115
CUCACCAGCUGGUGUAUGGUAUCUAAGAUAACUUUAUGCCAGUCUUGGAUGAUGCUAUCGGUGUCGUACUGGAUCAAGUAUUCGGCACCAGUCCGAGUCUUAAGCUGAAUGA
.....(((((((((((.((((((...))).))).))))))((.((((((((((...)))(((((((((((......))))..))))))).))))))).))..)))))..... ( -38.60)
>consensus
_CCCACCAGCUCUUGGAUGCCAUCGGCAAUGACUUUGUGCCAGGCGCUGAUGAUGCCUUCGGAGUCGUACUGGAUCAGGUACUCC_GAGCCAUCUCGGCUCCGAAGCUGGAGGG_
.(((.((((((.......((((((((((..(((.....)))...))))...)))))).(((((((((.(.(((.((.((....)).)).))).).))))))))))))))).))). (-22.80 = -25.30 +   2.50) 

461749-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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