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Results for CNB 461739-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


461739_ENSMUSG00000034255_MOUSE_8785_8894/1-112     TACCAGCTCTGAGATGCCTTCGGCAATGGCTTTGTGCCAGGTGCTGATGATGGCTTCGGA
461739_SINFRUG00000131017_FUGU_9484_9593/1-112      -ACCAGTTGTCGTATGGTATCGGTCAGGACTCGGTGCCAGTCAACAATGATGCTTTCTGT
461739_ENSRNOG00000028569_RAT_8775_8884/1-112       TACCAGCTCCTCGATGCCTTCGGCAATGGCCTTGTGCCAGGTGCTGATGATGGCCTCTGA
461739_ENSDARG00000006344_ZEBRAFISH_6913_7022/1-112 -ACCAGCTGGTGTATGGTATCTAAGATAACTTTATGCCAGTCTTGGATGATGCTATCGGT
                                                     ***** *     ***   **    *   *    ******      ******   ** * 


461739_ENSMUSG00000034255_MOUSE_8785_8894/1-112     GTCGTGCTGGATCAGGTACTCC-GAGCCATCTCGGCTTCGAAGCTGGAGGG-
461739_SINFRUG00000131017_FUGU_9484_9593/1-112      GTCGTACTGTATCAGGAATTCCACCGCGTTCTTAGTTTTTAA-CTGGGGAGG
461739_ENSRNOG00000028569_RAT_8775_8884/1-112       GTCATGCTGGATCAGGTACTCT-GAGCCATCTCGGCTCCGGAGCTGGAGGG-
461739_ENSDARG00000006344_ZEBRAFISH_6913_7022/1-112 GTCGTACTGGATCAAGTATTCG-GCACCAGTCCGAGTCTTAAGCTGAATGAG
                                                    *** * *** **** * * **     *         *    * ***      

461739-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 112
 Mean pairwise identity:  65.37
 Mean single sequence MFE: -44.60
 Consensus MFE: -20.84
 Energy contribution: -23.40
 Covariance contribution:   2.56
 Mean z-score:  -2.78
 Structure conservation index:   0.47
 SVM decision value:   2.75
 SVM RNA-class probability: 0.996817
 Prediction: RNA

######################################################################

>461739_ENSMUSG00000034255_MOUSE_8785_8894/1-112
UACCAGCUCUGAGAUGCCUUCGGCAAUGGCUUUGUGCCAGGUGCUGAUGAUGGCUUCGGAGUCGUGCUGGAUCAGGUACUCCGAGCCAUCUCGGCUUCGAAGCUGGAGGG
..((((((.((((..(((.((((((.((((.....))))..)))))).(((((((.(((((((.((......)).).)))))))))))))..))))))).)))))).... ( -56.00)
>461739_SINFRUG00000131017_FUGU_9484_9593/1-112
ACCAGUUGUCGUAUGGUAUCGGUCAGGACUCGGUGCCAGUCAACAAUGAUGCUUUCUGUGUCGUACUGUAUCAGGAAUUCCACCGCGUUCUUAGUUUUUAACUGGGGAGG
.((.((((.....((((((((((....)).))))))))..)))).(((((((.....))))))).........))..........(.((((((((.....)))))))).) ( -30.50)
>461739_ENSRNOG00000028569_RAT_8775_8884/1-112
UACCAGCUCCUCGAUGCCUUCGGCAAUGGCCUUGUGCCAGGUGCUGAUGAUGGCCUCUGAGUCAUGCUGGAUCAGGUACUCUGAGCCAUCUCGGCUCCGGAGCUGGAGGG
..((((((((....((((...)))).((((.....))))((.(((((.((((((.((.((((...(((......))))))).))))))))))))).)))))))))).... ( -53.30)
>461739_ENSDARG00000006344_ZEBRAFISH_6913_7022/1-112
ACCAGCUGGUGUAUGGUAUCUAAGAUAACUUUAUGCCAGUCUUGGAUGAUGCUAUCGGUGUCGUACUGGAUCAAGUAUUCGGCACCAGUCCGAGUCUUAAGCUGAAUGAG
..(((((((((((.((((((...))).))).))))))((.((((((((((...)))(((((((((((......))))..))))))).))))))).))..)))))...... ( -38.60)
>consensus
_ACCAGCUCUUGGAUGCCAUCGGCAAUGACUUUGUGCCAGGCGCUGAUGAUGCCUUCGGAGUCGUACUGGAUCAGGUACUCC_GAGCCAUCUCGGCUCCGAAGCUGGAGGG_
..((((((.......((((((((((..(((.....)))...))))...)))))).(((((((((.(.(((.((.((....)).)).))).).)))))))))))))))..... (-20.84 = -23.40 +   2.56) 

461739-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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