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Results for CNB 458276-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


458276_ENSG00000112245_HUMAN_7737_7838/1-102        ACAGTTCACTTGTCTGCATAGAGGTCGTGCTGTGCCTGGCAGTAATCTCCACTGCCCTTC
458276_SINFRUG00000146964_FUGU_4046_4146/1-102      -CAGTTCACTCGTCTGCATAGACAGCGTGCTGAGCCTGGCAGTAGTCTCCACTGCCCTTC
458276_ENSDARG00000006242_ZEBRAFISH_6072_6173/1-102 GCCGTTCACTTCTCTGCATAAACGCCGTGCTGAGCCTGGCAGTAATCCCCACTGCCCTTC
458276_ENSMUSG00000046524_MOUSE_9044_9143/1-102     ACAGTTCACTTGTCTGCATAGAGGTCGTGCTGTGCCTGGCAGTAATCTCCACTGCCCTTC
458276_ENSRNOG00000011771_RAT_9394_9495/1-102       ACAGTTCACTTGTCTGCATAGAGGTCGTGCTGTGCCTGGCAGTAGTCTCCACTGCCCTTC
                                                     * *******  ******** *   ******* *********** ** ************


458276_ENSG00000112245_HUMAN_7737_7838/1-102        AGAAACTCCATAAATGTGTGACCAAGAACACCACAGAATTGC
458276_SINFRUG00000146964_FUGU_4046_4146/1-102      AGAAACTCCATAAATGTGTGACCCAGAACACCACAGAACTGC
458276_ENSDARG00000006242_ZEBRAFISH_6072_6173/1-102 AGAAACTCCATAAATGTGTGACCCAAAACACCACAGAACTGC
458276_ENSMUSG00000046524_MOUSE_9044_9143/1-102     AGAAACTCCATAAATGTG-GACCGAGAACACCACAGAACTG-
458276_ENSRNOG00000011771_RAT_9394_9495/1-102       AGAAACTCCATAAATGTGTGACCGAGAACACCACAGAACTGC
                                                    ****************** **** * ************ ** 

458276-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 102
 Mean pairwise identity:  92.16
 Mean single sequence MFE: -26.44
 Consensus MFE: -21.50
 Energy contribution: -22.34
 Covariance contribution:   0.84
 Mean z-score:  -1.33
 Structure conservation index:   0.81
 SVM decision value:  -0.02
 SVM RNA-class probability: 0.523322
 Prediction: RNA

######################################################################

>458276_ENSG00000112245_HUMAN_7737_7838/1-102
ACAGUUCACUUGUCUGCAUAGAGGUCGUGCUGUGCCUGGCAGUAAUCUCCACUGCCCUUCAGAAACUCCAUAAAUGUGUGACCAAGAACACCACAGAAUUGC
.((((((.....(((((((((........))))))..((((((.......))))))....)))............((((........))))....)))))). ( -24.40)
>458276_SINFRUG00000146964_FUGU_4046_4146/1-102
CAGUUCACUCGUCUGCAUAGACAGCGUGCUGAGCCUGGCAGUAGUCUCCACUGCCCUUCAGAAACUCCAUAAAUGUGUGACCCAGAACACCACAGAACUGC
((((((....((((....))))...((((((((...((((((.......)))))).))))).............((((........))))))).)))))). ( -28.80)
>458276_ENSDARG00000006242_ZEBRAFISH_6072_6173/1-102
GCCGUUCACUUCUCUGCAUAAACGCCGUGCUGAGCCUGGCAGUAAUCCCCACUGCCCUUCAGAAACUCCAUAAAUGUGUGACCCAAAACACCACAGAACUGC
((.((((........((......)).((((((((...((((((.......)))))).))))).............((((........))))))).)))).)) ( -24.20)
>458276_ENSMUSG00000046524_MOUSE_9044_9143/1-102
ACAGUUCACUUGUCUGCAUAGAGGUCGUGCUGUGCCUGGCAGUAAUCUCCACUGCCCUUCAGAAACUCCAUAAAUGUGGACCGAGAACACCACAGAACUG
.((((((.....(((((((((........))))))..((((((.......))))))....)))...........(((((..........))))))))))) ( -28.10)
>458276_ENSRNOG00000011771_RAT_9394_9495/1-102
ACAGUUCACUUGUCUGCAUAGAGGUCGUGCUGUGCCUGGCAGUAGUCUCCACUGCCCUUCAGAAACUCCAUAAAUGUGUGACCGAGAACACCACAGAACUGC
.((((((.....(((((((((........))))))..((((((.......))))))....)))............((((........))))....)))))). ( -26.70)
>consensus
ACAGUUCACUUGUCUGCAUAGAGGUCGUGCUGUGCCUGGCAGUAAUCUCCACUGCCCUUCAGAAACUCCAUAAAUGUGUGACCCAGAACACCACAGAACUGC
.((((((.....(((((((((........))))))..((((((.......))))))....)))............((((........))))....)))))). (-21.50 = -22.34 +   0.84) 

458276-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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