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Results for CNB 453971-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


453971_ENSMUSG00000007817_MOUSE_796_1001/1-207      GTGTGTGCCAAAGGGGCTGATGCCGGGTGGTCGGGGCTGGTTCATGCCCATGGGAGGGCC
453971_SINFRUG00000145892_FUGU_8334_8523/1-207      -TGGGCACCAAAAGGCCCCATGCCTTGGCCCCTGGGCTGGTTCATTCCCATGGGAGGCCC
453971_ENSDARG00000013677_ZEBRAFISH_9793_9998/1-207 -TGGCCACCAAAGGGCCCCATGCCTGGGCCTCTGGGCTGGTTCATACCCATCGGTGGGCC
453971_ENSRNOG00000010488_RAT_796_1001/1-207        GTGTGTGCCAAAGGGGCTGATGCCAGGCGGTCGGGGCTGGTTCATGCCCATGGGAGGGCC
                                                     **    ***** ** *  *****  *    * ************ ***** ** ** **


453971_ENSMUSG00000007817_MOUSE_796_1001/1-207      GCTCATGCCCGAGGGTGTCATGCCAGCTGCCATGCCGGCAGGGTTCAGGCTGCCCCCCAT
453971_SINFRUG00000145892_FUGU_8334_8523/1-207      ACTCATGTTGGACGCATTCATGCCTGCGCCCAT-------GTTTCCAGGGAGC-------
453971_ENSDARG00000013677_ZEBRAFISH_9793_9998/1-207 GCTCATGTTGGAGCTATTCATTCCACCACCCATAGCAGCTGGGTTCATGCCTCCTGCCAT
453971_ENSRNOG00000010488_RAT_796_1001/1-207        GCTCATGCCCGAGGGTGTCATGCCAGCTGCCATGCTGGCAGGGTTCATGCTGCCCCCCAT
                                                     ******   **     **** **  *  ****       *  * ** *   *       


453971_ENSMUSG00000007817_MOUSE_796_1001/1-207      GGAGGCAGGCCCCCGAGGCCCGGGTTGGTTCATGAATTGGCTGTTATACGCCTGGGTGGG
453971_SINFRUG00000145892_FUGU_8334_8523/1-207      -GATGCGGGGCCGCGAGGCCCTGGCTGGTTCATGAACTGGCTGTTGTATGCCTGGTTTGG
453971_ENSDARG00000013677_ZEBRAFISH_9793_9998/1-207 GGATGGGGGTCCGCGAGGCCCTGGCTGGTTCATAAACTGGCTGTTGTAGCCTTGCGTAGG
453971_ENSRNOG00000010488_RAT_796_1001/1-207        GGAGGCAGGCCCCCGAGGCCCGGGTTGGTTCATGAATTGGCTGTTATACGCCTGGGTGGG
                                                     ** *  ** ** ******** ** ******** ** ******** **  * **  * **


453971_ENSMUSG00000007817_MOUSE_796_1001/1-207      ACCCATCTGGAAAGAGGAACACACCT-
453971_SINFRUG00000145892_FUGU_8334_8523/1-207      TGCCATCTGAAAAGAGGAGCTCATCT-
453971_ENSDARG00000013677_ZEBRAFISH_9793_9998/1-207 CCCCATCTGGAATGAGGAGCAAACCTG
453971_ENSRNOG00000010488_RAT_796_1001/1-207        ACCCATCTGGAAAGAGGAACACACCT-
                                                      ******* ** ***** *  * ** 

453971-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 207
 Mean pairwise identity:  75.61
 Mean single sequence MFE: -97.45
 Consensus MFE: -59.83
 Energy contribution: -60.83
 Covariance contribution:   1.00
 Mean z-score:  -2.79
 Structure conservation index:   0.61
 SVM decision value:   3.29
 SVM RNA-class probability: 0.998926
 Prediction: RNA

######################################################################

>453971_ENSMUSG00000007817_MOUSE_796_1001/1-207
GUGUGUGCCAAAGGGGCUGAUGCCGGGUGGUCGGGGCUGGUUCAUGCCCAUGGGAGGGCCGCUCAUGCCCGAGGGUGUCAUGCCAGCUGCCAUGCCGGCAGGGUUCAGGCUGCCCCCCAUGGAGGCAGGCCCCCGAGGCCCGGGUUGGUUCAUGAAUUGGCUGUUAUACGCCUGGGUGGGACCCAUCUGGAAAGAGGAACACACCU
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>453971_SINFRUG00000145892_FUGU_8334_8523/1-207
UGGGCACCAAAAGGCCCCAUGCCUUGGCCCCUGGGCUGGUUCAUUCCCAUGGGAGGCCCACUCAUGUUGGACGCAUUCAUGCCUGCGCCCAUGUUUCCAGGGAGCGAUGCGGGGCCGCGAGGCCCUGGCUGGUUCAUGAACUGGCUGUUGUAUGCCUGGUUUGGUGCCAUCUGAAAAGAGGAGCUCAUCU
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>453971_ENSDARG00000013677_ZEBRAFISH_9793_9998/1-207
UGGCCACCAAAGGGCCCCAUGCCUGGGCCUCUGGGCUGGUUCAUACCCAUCGGUGGGCCGCUCAUGUUGGAGCUAUUCAUUCCACCACCCAUAGCAGCUGGGUUCAUGCCUCCUGCCAUGGAUGGGGGUCCGCGAGGCCCUGGCUGGUUCAUAAACUGGCUGUUGUAGCCUUGCGUAGGCCCCAUCUGGAAUGAGGAGCAAACCUG
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>453971_ENSRNOG00000010488_RAT_796_1001/1-207
GUGUGUGCCAAAGGGGCUGAUGCCAGGCGGUCGGGGCUGGUUCAUGCCCAUGGGAGGGCCGCUCAUGCCCGAGGGUGUCAUGCCAGCUGCCAUGCUGGCAGGGUUCAUGCUGCCCCCCAUGGAGGCAGGCCCCCGAGGCCCGGGUUGGUUCAUGAAUUGGCUGUUAUACGCCUGGGUGGGACCCAUCUGGAAAGAGGAACACACCU
((((((.((...(((.((.((.(((((((...(.(((..(((((((.(((((((.((((.((....((((((.....)).(((((((......)))))))))))....)).))))))))))).....((((((((.....))))..)))))))))))..))).)....))))))))).)).))).(((....))))).)))))).. ( -107.60)
>consensus
_UGGGCACCAAAGGGCCCCAUGCCUGGGCCUCGGGGCUGGUUCAUGCCCAUGGGAGGGCCGCUCAUGCCCGAGGGAGUCAUGCCAGCUCCCAUGCCGGCAGGGUUCAGGCUGCCCCCCAUGGAGGCAGGCCCCCGAGGCCCGGGCUGGUUCAUGAACUGGCUGUUAUACGCCUGGGUGGGACCCAUCUGGAAAGAGGAACACACCU_
((((((.((....(((((.((.(((((((....(((((........((....)).(((((.(((......)))............(((.(((((..((...(((....)))..))..))))).))).)))))....))))).(((..(((....)))..)))......))))))))).)).))).(((....))))).))))))... (-59.83 = -60.83 +   1.00) 

453971-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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