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Results for CNB 453969-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


453969_ENSMUSG00000007817_MOUSE_796_1002/1-208       CGTGTGTGCCAAAGGGGCTGATGCCGGGTGGTCGGGGCTGGTTCATGCCCATGGGAGGGC
453969_ENSDARG00000013677_ZEBRAFISH_9793_10000/1-208 CATGGCCACCAAAGGGCCCCATGCCTGGGCCTCTGGGCTGGTTCATACCCATCGGTGGGC
453969_SINFRUG00000145892_FUGU_8334_8524/1-208       -ATGGGCACCAAAAGGCCCCATGCCTTGGCCCCTGGGCTGGTTCATTCCCATGGGAGGCC
453969_ENSRNOG00000010488_RAT_796_1002/1-208         CGTGTGTGCCAAAGGGGCTGATGCCAGGCGGTCGGGGCTGGTTCATGCCCATGGGAGGGC
                                                       **    ***** ** *  *****  *    * ************ ***** ** ** *


453969_ENSMUSG00000007817_MOUSE_796_1002/1-208       CGCTCATGCCCGAGGGTGTCATGCCAGCTGCCATGCCGGCAGGGTTCAGGCTGCCCCCCA
453969_ENSDARG00000013677_ZEBRAFISH_9793_10000/1-208 CGCTCATGTTGGAGCTATTCATTCCACCACCCATAGCAGCTGGGTTCATGCCTCCTGCCA
453969_SINFRUG00000145892_FUGU_8334_8524/1-208       CACTCATGTTGGACGCATTCATGCCTGCGCCCA-------TGTTTCCAGGGAGC------
453969_ENSRNOG00000010488_RAT_796_1002/1-208         CGCTCATGCCCGAGGGTGTCATGCCAGCTGCCATGCTGGCAGGGTTCATGCTGCCCCCCA
                                                     * ******   **     **** **  *  ***        *  * ** *   *      


453969_ENSMUSG00000007817_MOUSE_796_1002/1-208       TGGAGGCAGGCCCCCGAGGCCCGGGTTGGTTCATGAATTGGCTGTTATACGCCTGGGTGG
453969_ENSDARG00000013677_ZEBRAFISH_9793_10000/1-208 TGGATGGGGGTCCGCGAGGCCCTGGCTGGTTCATAAACTGGCTGTTGTAGCCTTGCGTAG
453969_SINFRUG00000145892_FUGU_8334_8524/1-208       --GATGCGGGGCCGCGAGGCCCTGGCTGGTTCATGAACTGGCTGTTGTATGCCTGGTTTG
453969_ENSRNOG00000010488_RAT_796_1002/1-208         TGGAGGCAGGCCCCCGAGGCCCGGGTTGGTTCATGAATTGGCTGTTATACGCCTGGGTGG
                                                       ** *  ** ** ******** ** ******** ** ******** **  * **  * *


453969_ENSMUSG00000007817_MOUSE_796_1002/1-208       GACCCATCTGGAAAGAGGAACACACCT-
453969_ENSDARG00000013677_ZEBRAFISH_9793_10000/1-208 GCCCCATCTGGAATGAGGAGCAAACCTG
453969_SINFRUG00000145892_FUGU_8334_8524/1-208       GTGCCATCTGAAAAGAGGAGCTCATCT-
453969_ENSRNOG00000010488_RAT_796_1002/1-208         GACCCATCTGGAAAGAGGAACACACCT-
                                                     *  ******* ** ***** *  * ** 

453969-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 208
 Mean pairwise identity:  75.34
 Mean single sequence MFE: -97.75
 Consensus MFE: -60.96
 Energy contribution: -61.27
 Covariance contribution:   0.31
 Mean z-score:  -2.75
 Structure conservation index:   0.62
 SVM decision value:   3.33
 SVM RNA-class probability: 0.999016
 Prediction: RNA

######################################################################

>453969_ENSMUSG00000007817_MOUSE_796_1002/1-208
CGUGUGUGCCAAAGGGGCUGAUGCCGGGUGGUCGGGGCUGGUUCAUGCCCAUGGGAGGGCCGCUCAUGCCCGAGGGUGUCAUGCCAGCUGCCAUGCCGGCAGGGUUCAGGCUGCCCCCCAUGGAGGCAGGCCCCCGAGGCCCGGGUUGGUUCAUGAAUUGGCUGUUAUACGCCUGGGUGGGACCCAUCUGGAAAGAGGAACACACCU
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>453969_ENSDARG00000013677_ZEBRAFISH_9793_10000/1-208
CAUGGCCACCAAAGGGCCCCAUGCCUGGGCCUCUGGGCUGGUUCAUACCCAUCGGUGGGCCGCUCAUGUUGGAGCUAUUCAUUCCACCACCCAUAGCAGCUGGGUUCAUGCCUCCUGCCAUGGAUGGGGGUCCGCGAGGCCCUGGCUGGUUCAUAAACUGGCUGUUGUAGCCUUGCGUAGGCCCCAUCUGGAAUGAGGAGCAAACCUG
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>453969_SINFRUG00000145892_FUGU_8334_8524/1-208
AUGGGCACCAAAAGGCCCCAUGCCUUGGCCCCUGGGCUGGUUCAUUCCCAUGGGAGGCCCACUCAUGUUGGACGCAUUCAUGCCUGCGCCCAUGUUUCCAGGGAGCGAUGCGGGGCCGCGAGGCCCUGGCUGGUUCAUGAACUGGCUGUUGUAUGCCUGGUUUGGUGCCAUCUGAAAAGAGGAGCUCAUCU
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>453969_ENSRNOG00000010488_RAT_796_1002/1-208
CGUGUGUGCCAAAGGGGCUGAUGCCAGGCGGUCGGGGCUGGUUCAUGCCCAUGGGAGGGCCGCUCAUGCCCGAGGGUGUCAUGCCAGCUGCCAUGCUGGCAGGGUUCAUGCUGCCCCCCAUGGAGGCAGGCCCCCGAGGCCCGGGUUGGUUCAUGAAUUGGCUGUUAUACGCCUGGGUGGGACCCAUCUGGAAAGAGGAACACACCU
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>consensus
CAUGGGCACCAAAGGGCCCCAUGCCUGGGCCUCGGGGCUGGUUCAUGCCCAUGGGAGGGCCGCUCAUGCCCGAGGGAGUCAUGCCAGCUCCCAUGCCGGCAGGGUUCAGGCUGCCCCCCAUGGAGGCAGGCCCCCGAGGCCCGGGCUGGUUCAUGAACUGGCUGUUAUACGCCUGGGUGGGACCCAUCUGGAAAGAGGAACACACCU_
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453969-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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