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Results for CNB 407017_3

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


407017_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             CTGA-----TCCA-----------------------TGGCAATGGA------TTTTA-CT
407017_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            CTGA-----TCCA-----------------------GGGCAATGGC------TTTTA-CT
407017_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           TCGGCTCACAGCTCTCTGCTTTCTTTCTTTTTTTTCGGGAAGGGGGGGGGGGTTTCAGCT
407017_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          CTGA-----TCCA-----------------------GGGCAATGGA------TTTTA-CT
407017_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      CCGG-----AGCT-----------------------CAGAAATAGA------TTTCA-CT


407017_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             GGATGTGAG-----AGCG----CTCT------TGGTCTTAGGAGTGA----CTCACCACA
407017_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            GGATGTGAG-----AGCA----CTCT------TGGTATTAGGAGTGA----CTCACTGAA
407017_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           GCACAAGAGGAGGCAGCGTGGCCCCTAACATTGGCCCCTCTGAGTGATTGAATAACTGAG
407017_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          GGATGTGAG-----AGCA----CTCT------TGGTATTAGGAGCGA----CTCACTGCA
407017_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      GTATTTGAG-----AGCG----CGCT------GGCCCTTCCAAATGA----ATTACCGTA


407017_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             AACCCACCCTTCCCAATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTAAGCCACATAATTG
407017_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            AACCTTCCTAACCCAATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTAAGCTACATAATTG
407017_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           GACCCCGCAGTCCAAATAACAAGGCTCGCATCATTTATGCATTGTTAAGCCATGTAATTG
407017_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          AACCTTCCTATCCCAATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTAAGCTACATAATTG
407017_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      GACCCCACAGTCCAAATAACAAGACTCGCATCATTTATGCGTTGTTAAGCCATGTAATTG


407017_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             AA-CGGTCCATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGCTTTTCTCTGAAC
407017_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            AA-CAGTCTATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGCTTTTCTCTGAAC
407017_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           AAACCAGCCATAGTTTGCATATTACACCATTAAAATAATGTGCTTTGCGTTTCTCCCAAC
407017_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          AA-CAGTCTATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGCTTTTCTCTGAAC
407017_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      AA-CGATCCATAGTTTGCATATTATACCATTAAAGTAATGTGCTTTGGTTTTCTCCCAAC


407017_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             ACGTATTGTTCAAGCCTCTGCGAGTATGTAGTGATTCTGATAATTACCTCCA-AACTACT
407017_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            ACGTATTGTTCAAGCCTCTGCGAATATGTGGTGATTCTGATAATTATCACCA-AATTACA
407017_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           ACG-ACTATTTAAGCCTGTGTGGCGATGTGGTAATTCCTTGAATTACTGCCT-AATTACC
407017_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          ACGTATTGTTCAAGCCTCTGCGAATATGTGGTGATTCTGATAATTATCACCA-AATTACA
407017_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      ACG-ACTATTTAAGCTTCTGTGGCGTTGTGGTAATTCTCTGAATTACAACCTTAATTGCC

407017_3.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  72.33
 Mean single sequence MFE: -66.34
 Consensus MFE: -17.72
 Energy contribution: -19.60
 Covariance contribution:   1.88
 Mean z-score:  -1.86
 Structure conservation index:   0.27
 SVM decision value:   0.70
 SVM RNA-class probability: 0.825636
 Prediction: RNA

######################################################################

>407017_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455
CUGAUCCAUGGCAAUGGAUUUUACUGGAUGUGAGAGCGCUCUUGGUCUUAGGAGUGACUCACCACAAACCCACCCUUCCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCCACAUAAUUGAACGGUCCAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAGUAUGUAGUGAUUCUGAUAAUUACCUCCAAACUACU
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>407017_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455
CUGAUCCAGGGCAAUGGCUUUUACUGGAUGUGAGAGCACUCUUGGUAUUAGGAGUGACUCACUGAAAACCUUCCUAACCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCUACAUAAUUGAACAGUCUAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUAUCACCAAAUUACA
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>407017_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455
UCGGCUCACAGCUCUCUGCUUUCUUUCUUUUUUUUCGGGAAGGGGGGGGGGGUUUCAGCUGCACAAGAGGAGGCAGCGUGGCCCCUAACAUUGGCCCCUCUGAGUGAUUGAAUAACUGAGGACCCCGCAGUCCAAAUAACAAGGCUCGCAUCAUUUAUGCAUUGUUAAGCCAUGUAAUUGAAACCAGCCAUAGUUUGCAUAUUACACCAUUAAAAUAAUGUGCUUUGCGUUUCUCCCAACACGACUAUUUAAGCCUGUGUGGCGAUGUGGUAAUUCCUUGAAUUACUGCCUAAUUACC
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>407017_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455
CUGAUCCAGGGCAAUGGAUUUUACUGGAUGUGAGAGCACUCUUGGUAUUAGGAGCGACUCACUGCAAACCUUCCUAUCCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCUACAUAAUUGAACAGUCUAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUAUCACCAAAUUACA
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>407017_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455
CCGGAGCUCAGAAAUAGAUUUCACUGUAUUUGAGAGCGCGCUGGCCCUUCCAAAUGAAUUACCGUAGACCCCACAGUCCAAAUAACAAGACUCGCAUCAUUUAUGCGUUGUUAAGCCAUGUAAUUGAACGAUCCAUAGUUUGCAUAUUAUACCAUUAAAGUAAUGUGCUUUGGUUUUCUCCCAACACGACUAUUUAAGCUUCUGUGGCGUUGUGGUAAUUCUCUGAAUUACAACCUUAAUUGCC
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>consensus
CUGA_____UCCA_______________________GGGCAAUGGA______UUUUA_CUGGAUGUGAG_____AGCG____CUCU______UGGUCUUAGGAGUGA____CUCACUGAAAACCCCCCAAUCCCAAUAACAAGA_UCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCCACAUAAUUGAA_CAGUCCAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUACCACCA_AAUUACA
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407017_3.rnaz

RNAalifold consensus structure

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