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Results for CNB 406997_1

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


406997_ENSDARG00000010275_ZEBRAFISH_7208_7547/1-353      AACGCTCAGATTCTCTGTCATTAATTTTTATTCCCTTAAATGTAGTTT--GGCAGCGGCT
406997_ENSRNOG00000006908_RAT_1091_1431/1-353            AACGCTCAAATTCTCAGTCATTAATTTTTATTCTCTTAAATGCAGTTT--GGCAGGGGCC
406997_ENSG00000184486_HUMAN_1476_1817/1-353             AACGCTCAAATTCTCAGTCATTAAATTTTATTCTCTTAAATGTAGTTT--GGCATGGGCC
406997_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1401_1741/1-353          AACGCTCAAATTCTCAGTCATTAATTTTTATTCTCTTAAATGCAGTTT--GGCAGGGGCC
406997_SINFRUG00000138620_FUGU_8265_8616/1-353           AACACTCAGATTCTCCATCATTAACTCCCACTCTTGAATGCAAAATAACAGGCACAGAAA


406997_ENSDARG00000010275_ZEBRAFISH_7208_7547/1-353      CCCGGAGCTC--A-GAAATAGATTTCACTGTATTT-GAGAGCGCGCTGGCCCTTCCAAAT
406997_ENSRNOG00000006908_RAT_1091_1431/1-353            TCTGATCCAG--G-GCAATGGCTTTTACTGGATGT-GAGAGCACTCTTGGTATTAGGAGT
406997_ENSG00000184486_HUMAN_1476_1817/1-353             CCTGATCCAT--G-GCAATGGATTTTACTGGATGT-GAGAGCGCTCTTGGTCTTAGGAGT
406997_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1401_1741/1-353          TCTGATCCAG--G-GCAATGGATTTTACTGGATGT-GAGAGCACTCTTGGTATTAGGAGC
406997_SINFRUG00000138620_FUGU_8265_8616/1-353           CGTAGACAGTACGAGCGTCGGAGCACAACATGTGTTGACAGCACATCCGTCCCTTTTACT


406997_ENSDARG00000010275_ZEBRAFISH_7208_7547/1-353      GAATTACCGTAGACCCCACAGTCCA--AATAACAAGACTCGCATCATTTATGCGTTGTTA
406997_ENSRNOG00000006908_RAT_1091_1431/1-353            GACTCACTGAAAACCTTCCTAACCC--AATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTA
406997_ENSG00000184486_HUMAN_1476_1817/1-353             GACTCACCACAAACCCACCCTTCCC--AATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTA
406997_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1401_1741/1-353          GACTCACTGCAAACCTTCCTATCCC--AATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTA
406997_SINFRUG00000138620_FUGU_8265_8616/1-353           GAATTAACAGCGACCTCTTCATCTTGTAAGAACAGGACTCGCATCGTTTATGCGTTATTA


406997_ENSDARG00000010275_ZEBRAFISH_7208_7547/1-353      AGCCATGTAATTGAACGATCCATAGTTTGCATATTATACCATTAAAGTAATGTGCTTTGG
406997_ENSRNOG00000006908_RAT_1091_1431/1-353            AGCTACATAATTGAACAGTCTATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGC
406997_ENSG00000184486_HUMAN_1476_1817/1-353             AGCCACATAATTGAACGGTCCATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGC
406997_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1401_1741/1-353          AGCTACATAATTGAACAGTCTATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGC
406997_SINFRUG00000138620_FUGU_8265_8616/1-353           AGTCCCGCAATTGGGCAGCCAGTAGTTTGCATATTAGTCTATTAAGGTAATATGTTTTGC


406997_ENSDARG00000010275_ZEBRAFISH_7208_7547/1-353      TTTTCTCCCAACACGACTATTT-AAGCTTCTGTGGCGT--TGTGGTAATTCTCTGAATTA
406997_ENSRNOG00000006908_RAT_1091_1431/1-353            TTTTCTCTGAACACGTATTGTTCAAGCCTCTG-CGAAT-ATGTGGTGATTCTGATAATTA
406997_ENSG00000184486_HUMAN_1476_1817/1-353             TTTTCTCTGAACACGTATTGTTCAAGCCTCTG-CGAGT-ATGTAGTGATTCTGATAATTA
406997_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1401_1741/1-353          TTTTCTCTGAACACGTATTGTTCAAGCCTCTG-CGAAT-ATGTGGTGATTCTGATAATTA
406997_SINFRUG00000138620_FUGU_8265_8616/1-353           CTGTCTCAACACACGGCTAGCCAGAGCCCCTGGCGACACATTTGGCAATTCTCAGAATTA

406997_1.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  74.22
 Mean single sequence MFE: -74.24
 Consensus MFE: -22.67
 Energy contribution: -24.79
 Covariance contribution:   2.12
 Mean z-score:  -1.74
 Structure conservation index:   0.31
 SVM decision value:   0.20
 SVM RNA-class probability: 0.631380
 Prediction: RNA

######################################################################

>406997_ENSDARG00000010275_ZEBRAFISH_7208_7547/1-353
AACGCUCAGAUUCUCUGUCAUUAAUUUUUAUUCCCUUAAAUGUAGUUUGGCAGCGGCUCCCGGAGCUCAGAAAUAGAUUUCACUGUAUUUGAGAGCGCGCUGGCCCUUCCAAAUGAAUUACCGUAGACCCCACAGUCCAAAUAACAAGACUCGCAUCAUUUAUGCGUUGUUAAGCCAUGUAAUUGAACGAUCCAUAGUUUGCAUAUUAUACCAUUAAAGUAAUGUGCUUUGGUUUUCUCCCAACACGACUAUUUAAGCUUCUGUGGCGUUGUGGUAAUUCUCUGAAUUA
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>406997_ENSRNOG00000006908_RAT_1091_1431/1-353
AACGCUCAAAUUCUCAGUCAUUAAUUUUUAUUCUCUUAAAUGCAGUUUGGCAGGGGCCUCUGAUCCAGGGCAAUGGCUUUUACUGGAUGUGAGAGCACUCUUGGUAUUAGGAGUGACUCACUGAAAACCUUCCUAACCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCUACAUAAUUGAACAGUCUAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUA
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>406997_ENSG00000184486_HUMAN_1476_1817/1-353
AACGCUCAAAUUCUCAGUCAUUAAAUUUUAUUCUCUUAAAUGUAGUUUGGCAUGGGCCCCUGAUCCAUGGCAAUGGAUUUUACUGGAUGUGAGAGCGCUCUUGGUCUUAGGAGUGACUCACCACAAACCCACCCUUCCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCCACAUAAUUGAACGGUCCAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAGUAUGUAGUGAUUCUGAUAAUUA
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>406997_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1401_1741/1-353
AACGCUCAAAUUCUCAGUCAUUAAUUUUUAUUCUCUUAAAUGCAGUUUGGCAGGGGCCUCUGAUCCAGGGCAAUGGAUUUUACUGGAUGUGAGAGCACUCUUGGUAUUAGGAGCGACUCACUGCAAACCUUCCUAUCCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCUACAUAAUUGAACAGUCUAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUA
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>406997_SINFRUG00000138620_FUGU_8265_8616/1-353
AACACUCAGAUUCUCCAUCAUUAACUCCCACUCUUGAAUGCAAAAUAACAGGCACAGAAACGUAGACAGUACGAGCGUCGGAGCACAACAUGUGUUGACAGCACAUCCGUCCCUUUUACUGAAUUAACAGCGACCUCUUCAUCUUGUAAGAACAGGACUCGCAUCGUUUAUGCGUUAUUAAGUCCCGCAAUUGGGCAGCCAGUAGUUUGCAUAUUAGUCUAUUAAGGUAAUAUGUUUUGCCUGUCUCAACACACGGCUAGCCAGAGCCCCUGGCGACACAUUUGGCAAUUCUCAGAAUUA
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>consensus
AACGCUCAAAUUCUCAGUCAUUAAUUUUUAUUCUCUUAAAUGCAGUUU__GGCAGGGGCCCCUGAUCCAG__G_GCAAUGGAUUUUACUGGAUGU_GAGAGCACUCUUGGUCUUAGGAGUGACUCACCGCAAACCUCCCCAUCCC__AAUAACAAGA_UCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCCACAUAAUUGAACAGUCCAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUG_CGAAU_AUGUGGUGAUUCUGAUAAUUA
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406997_1.rnaz

RNAalifold consensus structure

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