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Results for CNB 406996_4

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


406996_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             --TTTTA-CTGGATGTGAG-----AGCG----CTCT------TGGTCTTAGGAGTGA---
406996_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            --TTTTA-CTGGATGTGAG-----AGCA----CTCT------TGGTATTAGGAGTGA---
406996_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      --TTTCA-CTGTATTTGAG-----AGCG----CGCT------GGCCCTTCCAAATGA---
406996_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          --TTTTA-CTGGATGTGAG-----AGCA----CTCT------TGGTATTAGGAGCGA---
406996_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           GGTTTCAGCTGCACAAGAGGAGGCAGCGTGGCCCCTAACATTGGCCCCTCTGAGTGATTG


406996_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             -CTCACCACAAACCCACCCTTCCCAATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTAAGC
406996_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            -CTCACTGAAAACCTTCCTAACCCAATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTAAGC
406996_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      -ATTACCGTAGACCCCACAGTCCAAATAACAAGACTCGCATCATTTATGCGTTGTTAAGC
406996_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          -CTCACTGCAAACCTTCCTATCCCAATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTAAGC
406996_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           AATAACTGAGGACCCCGCAGTCCAAATAACAAGGCTCGCATCATTTATGCATTGTTAAGC


406996_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             CACATAATTGAA-CGGTCCATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGCTT
406996_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            TACATAATTGAA-CAGTCTATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGCTT
406996_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      CATGTAATTGAA-CGATCCATAGTTTGCATATTATACCATTAAAGTAATGTGCTTTGGTT
406996_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          TACATAATTGAA-CAGTCTATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGCTT
406996_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           CATGTAATTGAAACCAGCCATAGTTTGCATATTACACCATTAAAATAATGTGCTTTGCGT


406996_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             TTCTCTGAACACGTATTGTTCAAGCCTCTGCGAGTATGTAGTGATTCTGATAATTACCTC
406996_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            TTCTCTGAACACGTATTGTTCAAGCCTCTGCGAATATGTGGTGATTCTGATAATTATCAC
406996_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      TTCTCCCAACACG-ACTATTTAAGCTTCTGTGGCGTTGTGGTAATTCTCTGAATTACAAC
406996_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          TTCTCTGAACACGTATTGTTCAAGCCTCTGCGAATATGTGGTGATTCTGATAATTATCAC
406996_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           TTCTCCCAACACG-ACTATTTAAGCCTGTGTGGCGATGTGGTAATTCCTTGAATTACTGC


406996_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             CA-AACTACTGCAAA
406996_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            CA-AATTACAGCAAA
406996_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      CTTAATTGCCATAAA
406996_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          CA-AATTACAGCAAA
406996_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           CT-AATTACCACAA-

406996_4.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 255
 Mean pairwise identity:  77.02
 Mean single sequence MFE: -57.53
 Consensus MFE: -16.96
 Energy contribution: -18.64
 Covariance contribution:   1.68
 Mean z-score:  -2.00
 Structure conservation index:   0.29
 SVM decision value:   0.65
 SVM RNA-class probability: 0.811535
 Prediction: RNA

######################################################################

>406996_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455
UUUUACUGGAUGUGAGAGCGCUCUUGGUCUUAGGAGUGACUCACCACAAACCCACCCUUCCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCCACAUAAUUGAACGGUCCAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAGUAUGUAGUGAUUCUGAUAAUUACCUCCAAACUACUGCAAA
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>406996_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455
UUUUACUGGAUGUGAGAGCACUCUUGGUAUUAGGAGUGACUCACUGAAAACCUUCCUAACCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCUACAUAAUUGAACAGUCUAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUAUCACCAAAUUACAGCAAA
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>406996_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455
UUUCACUGUAUUUGAGAGCGCGCUGGCCCUUCCAAAUGAAUUACCGUAGACCCCACAGUCCAAAUAACAAGACUCGCAUCAUUUAUGCGUUGUUAAGCCAUGUAAUUGAACGAUCCAUAGUUUGCAUAUUAUACCAUUAAAGUAAUGUGCUUUGGUUUUCUCCCAACACGACUAUUUAAGCUUCUGUGGCGUUGUGGUAAUUCUCUGAAUUACAACCUUAAUUGCCAUAAA
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>406996_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455
UUUUACUGGAUGUGAGAGCACUCUUGGUAUUAGGAGCGACUCACUGCAAACCUUCCUAUCCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCUACAUAAUUGAACAGUCUAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUAUCACCAAAUUACAGCAAA
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>406996_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455
GGUUUCAGCUGCACAAGAGGAGGCAGCGUGGCCCCUAACAUUGGCCCCUCUGAGUGAUUGAAUAACUGAGGACCCCGCAGUCCAAAUAACAAGGCUCGCAUCAUUUAUGCAUUGUUAAGCCAUGUAAUUGAAACCAGCCAUAGUUUGCAUAUUACACCAUUAAAAUAAUGUGCUUUGCGUUUCUCCCAACACGACUAUUUAAGCCUGUGUGGCGAUGUGGUAAUUCCUUGAAUUACUGCCUAAUUACCACAA
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>consensus
__UUUUA_CUGGAUGUGAG_____AGCG____CUCU______UGGUCUUAGGAGUGA____CUCACUGAAAACCCCCCAAUCCCAAUAACAAGA_UCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCCACAUAAUUGAA_CAGUCCAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUACCACCA_AAUUACAGCAAA
.........................((..............................................................(((((..(((((((..(((((........))...)))..)))........((((((((.....))))))))........)))))))))........((((((.....)))))).))...........((((((((((.((...........)).)))))))))).. (-16.96 = -18.64 +   1.68) 

406996_4.rnaz

RNAalifold consensus structure

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