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Results for CNB 406996_3

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


406996_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             CTGA-----TCCA-----------------------TGGCAATGGA------TTTTA-CT
406996_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            CTGA-----TCCA-----------------------GGGCAATGGC------TTTTA-CT
406996_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      CCGG-----AGCT-----------------------CAGAAATAGA------TTTCA-CT
406996_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          CTGA-----TCCA-----------------------GGGCAATGGA------TTTTA-CT
406996_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           TCGGCTCACAGCTCTCTGCTTTCTTTCTTTTTTTTCGGGAAGGGGGGGGGGGTTTCAGCT


406996_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             GGATGTGAG-----AGCG----CTCT------TGGTCTTAGGAGTGA----CTCACCACA
406996_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            GGATGTGAG-----AGCA----CTCT------TGGTATTAGGAGTGA----CTCACTGAA
406996_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      GTATTTGAG-----AGCG----CGCT------GGCCCTTCCAAATGA----ATTACCGTA
406996_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          GGATGTGAG-----AGCA----CTCT------TGGTATTAGGAGCGA----CTCACTGCA
406996_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           GCACAAGAGGAGGCAGCGTGGCCCCTAACATTGGCCCCTCTGAGTGATTGAATAACTGAG


406996_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             AACCCACCCTTCCCAATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTAAGCCACATAATTG
406996_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            AACCTTCCTAACCCAATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTAAGCTACATAATTG
406996_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      GACCCCACAGTCCAAATAACAAGACTCGCATCATTTATGCGTTGTTAAGCCATGTAATTG
406996_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          AACCTTCCTATCCCAATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTAAGCTACATAATTG
406996_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           GACCCCGCAGTCCAAATAACAAGGCTCGCATCATTTATGCATTGTTAAGCCATGTAATTG


406996_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             AA-CGGTCCATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGCTTTTCTCTGAAC
406996_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            AA-CAGTCTATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGCTTTTCTCTGAAC
406996_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      AA-CGATCCATAGTTTGCATATTATACCATTAAAGTAATGTGCTTTGGTTTTCTCCCAAC
406996_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          AA-CAGTCTATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGCTTTTCTCTGAAC
406996_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           AAACCAGCCATAGTTTGCATATTACACCATTAAAATAATGTGCTTTGCGTTTCTCCCAAC


406996_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             ACGTATTGTTCAAGCCTCTGCGAGTATGTAGTGATTCTGATAATTACCTCCA-AACTACT
406996_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            ACGTATTGTTCAAGCCTCTGCGAATATGTGGTGATTCTGATAATTATCACCA-AATTACA
406996_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      ACG-ACTATTTAAGCTTCTGTGGCGTTGTGGTAATTCTCTGAATTACAACCTTAATTGCC
406996_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          ACGTATTGTTCAAGCCTCTGCGAATATGTGGTGATTCTGATAATTATCACCA-AATTACA
406996_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           ACG-ACTATTTAAGCCTGTGTGGCGATGTGGTAATTCCTTGAATTACTGCCT-AATTACC

406996_3.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  72.33
 Mean single sequence MFE: -66.34
 Consensus MFE: -17.72
 Energy contribution: -19.60
 Covariance contribution:   1.88
 Mean z-score:  -1.86
 Structure conservation index:   0.27
 SVM decision value:   0.70
 SVM RNA-class probability: 0.825636
 Prediction: RNA

######################################################################

>406996_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455
CUGAUCCAUGGCAAUGGAUUUUACUGGAUGUGAGAGCGCUCUUGGUCUUAGGAGUGACUCACCACAAACCCACCCUUCCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCCACAUAAUUGAACGGUCCAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAGUAUGUAGUGAUUCUGAUAAUUACCUCCAAACUACU
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>406996_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455
CUGAUCCAGGGCAAUGGCUUUUACUGGAUGUGAGAGCACUCUUGGUAUUAGGAGUGACUCACUGAAAACCUUCCUAACCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCUACAUAAUUGAACAGUCUAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUAUCACCAAAUUACA
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>406996_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455
CCGGAGCUCAGAAAUAGAUUUCACUGUAUUUGAGAGCGCGCUGGCCCUUCCAAAUGAAUUACCGUAGACCCCACAGUCCAAAUAACAAGACUCGCAUCAUUUAUGCGUUGUUAAGCCAUGUAAUUGAACGAUCCAUAGUUUGCAUAUUAUACCAUUAAAGUAAUGUGCUUUGGUUUUCUCCCAACACGACUAUUUAAGCUUCUGUGGCGUUGUGGUAAUUCUCUGAAUUACAACCUUAAUUGCC
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>406996_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455
CUGAUCCAGGGCAAUGGAUUUUACUGGAUGUGAGAGCACUCUUGGUAUUAGGAGCGACUCACUGCAAACCUUCCUAUCCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCUACAUAAUUGAACAGUCUAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUAUCACCAAAUUACA
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>406996_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455
UCGGCUCACAGCUCUCUGCUUUCUUUCUUUUUUUUCGGGAAGGGGGGGGGGGUUUCAGCUGCACAAGAGGAGGCAGCGUGGCCCCUAACAUUGGCCCCUCUGAGUGAUUGAAUAACUGAGGACCCCGCAGUCCAAAUAACAAGGCUCGCAUCAUUUAUGCAUUGUUAAGCCAUGUAAUUGAAACCAGCCAUAGUUUGCAUAUUACACCAUUAAAAUAAUGUGCUUUGCGUUUCUCCCAACACGACUAUUUAAGCCUGUGUGGCGAUGUGGUAAUUCCUUGAAUUACUGCCUAAUUACC
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>consensus
CUGA_____UCCA_______________________GGGCAAUGGA______UUUUA_CUGGAUGUGAG_____AGCG____CUCU______UGGUCUUAGGAGUGA____CUCACUGAAAACCCCCCAAUCCCAAUAACAAGA_UCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCCACAUAAUUGAA_CAGUCCAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUACCACCA_AAUUACA
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406996_3.rnaz

RNAalifold consensus structure

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