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Results for CNB 391315

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

391315_ENSG00000180806_HUMAN_1467_1572/1-107        -GCTCAGCTGATCTGTGGCTTAGGTAGTTTCATGTTGTTGGGATTGAGTTTTGAACTCGG
391315_ENSDARG00000013621_ZEBRAFISH_1726_1831/1-107 -GCGCGGCTGGTGCGTGGTTTAGGTAGTTTCATGTTGTTGGGATTGGCTTCCTGGCTCGA
391315_ENSMUSG00000036139_MOUSE_1607_1713/1-107     TGCTCAGCTGATCTGTGGCTTAGGTAGTTTCATGTTGTTGGGATTGAGTTTTGAACTCGG
391315_SINFRUG00000146331_FUGU_1344_1448/1-107      -GCGAAGCTGGAGCGTGGTTTAGGTAGTTTCATGTTGTTGGGGATGGCTTCCTGGCTCGG
                                                     **   ****    **** ***********************  **  **     **** 


391315_ENSG00000180806_HUMAN_1467_1572/1-107        CAACAAGAAACTGCCTGAGTTACATCAGTCGGTTTTCGTCGAGGGCC
391315_ENSDARG00000013621_ZEBRAFISH_1726_1831/1-107 CAACAAGAAACTGCCTTGATTACGTCAGTTCGTCTTCATCAAGGGCG
391315_ENSMUSG00000036139_MOUSE_1607_1713/1-107     CAACAAGAAACTGCCTGAGTTACATCAGTCGGTTTTCGTCGAGGGCC
391315_SINFRUG00000146331_FUGU_1344_1448/1-107      CAACAAGAAACTGCCTTGATTACGTCAGTTCGTCTTCATCAAGGGC-
                                                    ****************   **** *****  ** *** ** ***** 


//

391315.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 107
 Mean pairwise identity:  82.79
 Mean single sequence MFE: -48.03
 Consensus MFE: -47.61
 Energy contribution: -46.05
 Covariance contribution:  -1.56
 Mean z-score:  -5.16
 Structure conservation index:   0.99
 SVM decision value:   2.68
 SVM RNA-class probability: 0.996294
 Prediction: RNA

######################################################################

>391315_ENSG00000180806_HUMAN_1467_1572/1-107
GCUCAGCUGAUCUGUGGCUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUGAGUUUUGAACUCGGCAACAAGAAACUGCCUGAGUUACAUCAGUCGGUUUUCGUCGAGGGCC
((((..((((..((((((((((((((((((.((((((((((.(..(...)..).)))))))))).))))))))))))))))))))))((((......)))))))). ( -50.40)
>391315_ENSDARG00000013621_ZEBRAFISH_1726_1831/1-107
GCGCGGCUGGUGCGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUGGCUUCCUGGCUCGACAACAAGAAACUGCCUUGAUUACGUCAGUUCGUCUUCAUCAAGGGCG
....(((((..((((((((.((((((((((.((((((((((...((...))...)))))))))).)))))))))).)))))))))))))((((((.....)))))) ( -46.70)
>391315_ENSMUSG00000036139_MOUSE_1607_1713/1-107
UGCUCAGCUGAUCUGUGGCUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUGAGUUUUGAACUCGGCAACAAGAAACUGCCUGAGUUACAUCAGUCGGUUUUCGUCGAGGGCC
.((((..((((..((((((((((((((((((.((((((((((.(..(...)..).)))))))))).))))))))))))))))))))))((((......)))))))). ( -50.40)
>391315_SINFRUG00000146331_FUGU_1344_1448/1-107
GCGAAGCUGGAGCGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGGAUGGCUUCCUGGCUCGGCAACAAGAAACUGCCUUGAUUACGUCAGUUCGUCUUCAUCAAGGGC
(((((.(((..((((((((.((((((((((.((((((((((...((...))...)))))))))).)))))))))).))))))))))))))))............. ( -44.60)
>consensus
_GCGCAGCUGAUCCGUGGCUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUGACUUCCGAACUCGGCAACAAGAAACUGCCUGAAUUACAUCAGUCCGUCUUCAUCAAGGGCC
......(((((..((((((((((((((((((.((((((((((.((((...)))).)))))))))).))))))))))))))))))))))).((((((.....)))))) (-47.61 = -46.05 +  -1.56) 

391315.rnaz

RNAalifold consensus structure

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