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Results for CNB 391314

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

391314_ENSG00000180806_HUMAN_1476_1572/1-105      A--------TCTGTGGCTTAGGTAGTTTCATGTTGTTGGGATTGAGTTTTGAACTCGGCA
391314_ENSDARG00000013621_ZEBRAFISH_639_740/1-105 -TAGCACTTTCAGTATGAGTGGGAGACCCATAACGTTG--ATTTAAATATTATCCAGGTG
391314_ENSMUSG00000036139_MOUSE_299_399/1-105     -TGGCGGGTTTAATGTAAGTGAGAGACC-ATAACGTTG--ATTTAAATATTATCCAGGTG
391314_SINFRUG00000146331_FUGU_1353_1448/1-105    G--------AGCGTGGTTTAGGTAGTTTCATGTTGTTGGGGATGGCTTCCTGGCTCGGCA
                                                               *      *  **    **   ****    *    *     *  **  


391314_ENSG00000180806_HUMAN_1476_1572/1-105      ACAAGAAACTGCCTGAGTTACATCAGTCGGTTTTCGTCGAGGGCC
391314_ENSDARG00000013621_ZEBRAFISH_639_740/1-105 ACCACAGTAAGTCAAGGTCATAAAATTGTAATGTCATGACGGTCC
391314_ENSMUSG00000036139_MOUSE_299_399/1-105     ACCACAATAAGTCAAGGTCATAAAACAGTAATGTCAGGACGGTCT
391314_SINFRUG00000146331_FUGU_1353_1448/1-105    ACAAGAAACTGCCTTGATTACGTCAGTTCGTCTTCATCAAGGGC-
                                                  ** * *    * *    * *    *        **     ** * 


//

391314.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 105
 Mean pairwise identity:  51.37
 Mean single sequence MFE: -30.51
 Consensus MFE: -11.74
 Energy contribution: -16.80
 Covariance contribution:   5.06
 Mean z-score:  -2.34
 Structure conservation index:   0.38
 SVM decision value:   1.64
 SVM RNA-class probability: 0.969223
 Prediction: RNA

######################################################################

>391314_ENSG00000180806_HUMAN_1476_1572/1-105
AUCUGUGGCUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUGAGUUUUGAACUCGGCAACAAGAAACUGCCUGAGUUACAUCAGUCGGUUUUCGUCGAGGGCC
...((((((((((((((((((.((((((((((.(..(...)..).)))))))))).))))))))))))))))))......(((((((...))))))) ( -44.50)
>391314_ENSDARG00000013621_ZEBRAFISH_639_740/1-105
UAGCACUUUCAGUAUGAGUGGGAGACCCAUAACGUUGAUUUAAAUAUUAUCCAGGUGACCACAGUAAGUCAAGGUCAUAAAAUUGUAAUGUCAUGACGGUCC
...(((((.......)))))...(((((((.((((((.................((((((............)))))).......)))))).)))..)))). ( -19.15)
>391314_ENSMUSG00000036139_MOUSE_299_399/1-105
UGGCGGGUUUAAUGUAAGUGAGAGACCAUAACGUUGAUUUAAAUAUUAUCCAGGUGACCACAAUAAGUCAAGGUCAUAAAACAGUAAUGUCAGGACGGUCU
.(((.(..(((((((..(((......))).)))))))...........(((..((((((............))))))...(((....)))..)))).))). ( -19.30)
>391314_SINFRUG00000146331_FUGU_1353_1448/1-105
GAGCGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGGAUGGCUUCCUGGCUCGGCAACAAGAAACUGCCUUGAUUACGUCAGUUCGUCUUCAUCAAGGGC
((.(((((((.((((((((((.((((((((((...((...))...)))))))))).)))))))))).))))))))).....(((((.....))))) ( -39.10)
>consensus
_________UCAGUGGAAGAGGGAGACCCAUAACGUUG__AUUGAAAUAUUAUCCAGGCAACAACAAAAAGCCAAGGUCACAAAAGUGUAAUGUCAUCAAGGGCC
............((((((.((((((((((.((((((((((((.........)))))))))))).)))))))))).))))))........................ (-11.74 = -16.80 +   5.06) 

391314.rnaz

RNAalifold consensus structure

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