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Results for CNB 388305-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


388305_ENSG00000130589_HUMAN_8665_8892/1-228        GGGCCTCCTCGCGACTGCGGGCAAAGGTGCACCGGTTTCGGTGGCGCCGGCAGCCGAGCC
388305_ENSRNOG00000013267_RAT_1103_1330/1-228       GTGCCTCCTCTGGGCTGCTGGCAAAAGTGCATCTGTTCCAGTGCCGCTTACAGCCCAACC
388305_ENSDARG00000012600_ZEBRAFISH_9662_9883/1-228 CAGCCTCTTCTGGACTGCTGGCAAACGTGCATCTGTCTCGATGTATACGGCACCCCACAT
388305_ENSMUSG00000027580_MOUSE_1064_1289/1-228     -TGCCTCCTCAGGGCTTCGGGCAAAGGTGCATCTATTCCAGTGACGCCTACAGCCCAACC
                                                      ***** **  * ** * ****** ***** *  *  *  **       ** ** *   


388305_ENSG00000130589_HUMAN_8665_8892/1-228        CAGGGCTGTAGTAGTGGCAGACTTGGTAGCACAGGGGCCTTGGGAAGGTGGGCCGGCAGC
388305_ENSRNOG00000013267_RAT_1103_1330/1-228       CTGGGCTATAATAGCGACAGACTTGATAGCGCACAGGTATTGGAAAGCTGGGCCTGAGGC
388305_ENSDARG00000012600_ZEBRAFISH_9662_9883/1-228 CCTCCTGAAAATACCAGCAAACCTCGTATCGTTGCGGTCGTGGGTGAGTGGGCCGCTGGA
388305_ENSMUSG00000027580_MOUSE_1064_1289/1-228     CTGGCCTATAGTAGTGACAGACTTGATAGCGCATAGGCGTTGGGAAGCTAGGCCTGCGGC
                                                    *        * **    ** ** *  ** *     **   ***     * ****    * 


388305_ENSG00000130589_HUMAN_8665_8892/1-228        CCACCACGCGCCAGACCTTGCTCTTGGTGGCCTGCTTAAAGCGGGCCAGCAGGATCTCGC
388305_ENSRNOG00000013267_RAT_1103_1330/1-228       CCACCTTACGCCAGACCTTGTTCTTGGCTGCTTGCTTGAAGCGGGCCAGCAAGATCTCCC
388305_ENSDARG00000012600_ZEBRAFISH_9662_9883/1-228 ACA-CACG-GCTCCATCTGGAACCT-CTGACCT--TTG-CTCTGGCTAGCAGGACATCAT
388305_ENSMUSG00000027580_MOUSE_1064_1289/1-228     CCACCTTACGCCAGATCTTGCTCTCTGCTGCTTGCTTGAAGCGGGCCAGCAAGATCTCCC
                                                     ** *    **   * ** *  *       * *  **    * *** **** **  **  


388305_ENSG00000130589_HUMAN_8665_8892/1-228        GGGAGCAGTCATGCTCCACCCTACGGAGGACGTAGGTGCTTTCATTGA
388305_ENSRNOG00000013267_RAT_1103_1330/1-228       TGGAGCAGGTATGCTCTACCTCACGTAGAATATAGGTGCTCTCATTGA
388305_ENSDARG00000012600_ZEBRAFISH_9662_9883/1-228 GAGAGCAACGGTGAGGTGTTGCAATGATGGTGTAGGAAATGTGAGAGT
388305_ENSMUSG00000027580_MOUSE_1064_1289/1-228     TGGGGCAGGTGTGCTCTACCTCACGCAGAATGTAGGTACTCTCATTG-
                                                      * ***    **         *   *     ****   * * *  * 

388305-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 228
 Mean pairwise identity:  66.37
 Mean single sequence MFE: -93.15
 Consensus MFE: -43.31
 Energy contribution: -48.50
 Covariance contribution:   5.19
 Mean z-score:  -1.81
 Structure conservation index:   0.46
 SVM decision value:   0.47
 SVM RNA-class probability: 0.750737
 Prediction: RNA

######################################################################

>388305_ENSG00000130589_HUMAN_8665_8892/1-228
GGGCCUCCUCGCGACUGCGGGCAAAGGUGCACCGGUUUCGGUGGCGCCGGCAGCCGAGCCCAGGGCUGUAGUAGUGGCAGACUUGGUAGCACAGGGGCCUUGGGAAGGUGGGCCGGCAGCCCACCACGCGCCAGACCUUGCUCUUGGUGGCCUGCUUAAAGCGGGCCAGCAGGAUCUCGCGGGAGCAGUCAUGCUCCACCCUACGGAGGACGUAGGUGCUUUCAUUGA
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>388305_ENSRNOG00000013267_RAT_1103_1330/1-228
GUGCCUCCUCUGGGCUGCUGGCAAAAGUGCAUCUGUUCCAGUGCCGCUUACAGCCCAACCCUGGGCUAUAAUAGCGACAGACUUGAUAGCGCACAGGUAUUGGAAAGCUGGGCCUGAGGCCCACCUUACGCCAGACCUUGUUCUUGGCUGCUUGCUUGAAGCGGGCCAGCAAGAUCUCCCUGGAGCAGGUAUGCUCUACCUCACGUAGAAUAUAGGUGCUCUCAUUGA
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>388305_ENSDARG00000012600_ZEBRAFISH_9662_9883/1-228
CAGCCUCUUCUGGACUGCUGGCAAACGUGCAUCUGUCUCGAUGUAUACGGCACCCCACAUCCUCCUGAAAAUACCAGCAAACCUCGUAUCGUUGCGGUCGUGGGUGAGUGGGCCGCUGGAACACACGGCUCCAUCUGGAACCUCUGACCUUUGCUCUGGCUAGCAGGACAUCAUGAGAGCAACGGUGAGGUGUUGCAAUGAUGGUGUAGGAAAUGUGAGAGU
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>388305_ENSMUSG00000027580_MOUSE_1064_1289/1-228
UGCCUCCUCAGGGCUUCGGGCAAAGGUGCAUCUAUUCCAGUGACGCCUACAGCCCAACCCUGGCCUAUAGUAGUGACAGACUUGAUAGCGCAUAGGCGUUGGGAAGCUAGGCCUGCGGCCCACCUUACGCCAGAUCUUGCUCUCUGCUGCUUGCUUGAAGCGGGCCAGCAAGAUCUCCCUGGGGCAGGUGUGCUCUACCUCACGCAGAAUGUAGGUACUCUCAUUG
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>consensus
GUGCCUCCUCUGGACUGCGGGCAAAGGUGCAUCUGUUCCAGUGACGCCGACAGCCCAACCCUGGCCUAUAAUAGCGACAGACUUGAUAGCGCAGAGGCCUUGGGAAGCUGGGCCGGCGGCCCACCACACGCCAGACCUUGCUCUUGGCGGCCUGCUUGAAGCGGGCCAGCAAGAUCUCCCGGGAGCAGGUAUGCUCUACCUCACGGAGAAUGUAGGUACUCUCAUUGA
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388305-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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