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Results for CNB 376858_9-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


376858_SINFRUG00000142471_FUGU_3228_3898/1-798     ATCACAGACTCCTGAGTGATCTTCAGGTCTCCCTCCAGCTTCCTCTTGGCTCGCTCCAGG
376858_ENSRNOG00000002987_RAT_2681_3395/1-798      ATTGTGGACTCTTGGGCCAGTTTCAGGTCCCCCTCCAGTTTCCTCTTGGCTCTTTCCAGA
376858_ENSDARG00000014514_ZEBRAFISH_217_1012/1-798 ATAATAGACTCTTGGGCCAATTTCAAATCTCCTTCAAGCTTTCTCTTGGCTCTCTCCAGG
376858_ENSMUSG00000055724_MOUSE_2723_3438/1-798    ATTGTGGACTCTTGGGCCAGTTTCAGGTCCCCCTCCAGTTTCCTCTTGGCTCTTTCTAAG
                                                   **    ***** ** *  *  ****  ** ** ** ** ** **********  ** *  


376858_SINFRUG00000142471_FUGU_3228_3898/1-798     TCCATCCGAATCTTCTTCTCCTGCTCCAGTGAACCTTCAAGCT-TGGTGGCAA-ATCAAA
376858_ENSRNOG00000002987_RAT_2681_3395/1-798      TCCATCCTCAGCTTCTTTTCTTGCTCTAGCGATCCTTCAAGCTGATGATAGAAGAGAAAG
376858_ENSDARG00000014514_ZEBRAFISH_217_1012/1-798 TCCATACGAAGCTTCTTTTCTTGTTCAAGGGAACCCTCAAGCTGTGGGACAATGATATTT
376858_ENSMUSG00000055724_MOUSE_2723_3438/1-798    TCCATCCTCAGCTTCTTTTCTTGCTCTAGCGATCCCTCAAGCTGATGGGGAAAGAGAAAC
                                                   ***** *  * ****** ** ** ** ** ** ** *******   *    *  *     


376858_SINFRUG00000142471_FUGU_3228_3898/1-798     CAGTGATGT--GAGATGCCAAACATG-GCCGTTGCTTCCCGGCAGC-AA-CAGATACTCA
376858_ENSRNOG00000002987_RAT_2681_3395/1-798      CCATTAAAATCGAAATTCACTTAAAGAAATGTTTCAGGAGGGCATTTGA-AACATGCTCA
376858_ENSDARG00000014514_ZEBRAFISH_217_1012/1-798 AAAATATGTTCG-AAGTAAAAAAGGTAAATAATTTACTTCCATGTTTAATGAAGAGCTCA
376858_ENSMUSG00000055724_MOUSE_2723_3438/1-798    CTGTTAAAATCGAAATGCACTTAAAGAAATACTTCAGAAGGCCATCTGA-ACCGTGCTTA
                                                        *     *  *                 *               *       ** *


376858_SINFRUG00000142471_FUGU_3228_3898/1-798     CGTCATTCACTTGCTGTTCCAGTTTGGACTTGGCTTTGGTCAAGGTGTTGACCTTATCTT
376858_ENSRNOG00000002987_RAT_2681_3395/1-798      CATCATCCACTTGCTGTTCGAGCTTGGTTTTGGCTTTGGTCAGGGTGTTGACTTTGTCCT
376858_ENSDARG00000014514_ZEBRAFISH_217_1012/1-798 CATCATCAACTTGCTGCTCAAGCTTTGTCTTGGATTTGGTCAGGGTGTTGACTTTGTCCT
376858_ENSMUSG00000055724_MOUSE_2723_3438/1-798    CGTCATCCACTTGCTGTTCCAGCTTGGTTTTGGCTTTGGTCAGGGTGTTGACTTTGTCCT
                                                   * ****  ******** ** ** ** *  **** ******** ********* ** ** *


376858_SINFRUG00000142471_FUGU_3228_3898/1-798     CCTCAGCCTGAAGGTCATCCAGAACCTGCTGATGGGCTTCCTGAAGGGCTCTCTTTTCCT
376858_ENSRNOG00000002987_RAT_2681_3395/1-798      CCTCTGCCTGCAGGTCATCCAGGGTCTGCTGGTGGGCCTCCTGCAAGGCCTTCTTCTCCT
376858_ENSDARG00000014514_ZEBRAFISH_217_1012/1-798 CCTCAGCCTGAAGATCATCCAGAGTCTGCTGATGTGCCTCTTGGAGGGCTTTCTTCTCCT
376858_ENSMUSG00000055724_MOUSE_2723_3438/1-798    CCTCTGCCTGCAGGTCATCCAGGGTCTGCTGGTGGGCCTCCTGGAGGGCCTTCTTCTCCT
                                                   **** ***** ** ********   ****** ** ** ** ** * ***  **** ****

376858_9-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  74.51
 Mean single sequence MFE: -93.58
 Consensus MFE: -56.21
 Energy contribution: -56.65
 Covariance contribution:   0.44
 Mean z-score:  -2.53
 Structure conservation index:   0.60
 SVM decision value:   2.77
 SVM RNA-class probability: 0.996946
 Prediction: RNA

######################################################################

>376858_SINFRUG00000142471_FUGU_3228_3898/1-798
AUCACAGACUCCUGAGUGAUCUUCAGGUCUCCCUCCAGCUUCCUCUUGGCUCGCUCCAGGUCCAUCCGAAUCUUCUUCUCCUGCUCCAGUGAACCUUCAAGCUUGGUGGCAAAUCAAACAGUGAUGUGAGAUGCCAAACAUGGCCGUUGCUUCCCGGCAGCAACAGAUACUCACGUCAUUCACUUGCUGUUCCAGUUUGGACUUGGCUUUGGUCAAGGUGUUGACCUUAUCUUCCUCAGCCUGAAGGUCAUCCAGAACCUGCUGAUGGGCUUCCUGAAGGGCUCUCUUUUCCU
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>376858_ENSRNOG00000002987_RAT_2681_3395/1-798
AUUGUGGACUCUUGGGCCAGUUUCAGGUCCCCCUCCAGUUUCCUCUUGGCUCUUUCCAGAUCCAUCCUCAGCUUCUUUUCUUGCUCUAGCGAUCCUUCAAGCUGAUGAUAGAAGAGAAAGCCAUUAAAAUCGAAAUUCACUUAAAGAAAUGUUUCAGGAGGGCAUUUGAAACAUGCUCACAUCAUCCACUUGCUGUUCGAGCUUGGUUUUGGCUUUGGUCAGGGUGUUGACUUUGUCCUCCUCUGCCUGCAGGUCAUCCAGGGUCUGCUGGUGGGCCUCCUGCAAGGCCUUCUUCUCCU
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>376858_ENSDARG00000014514_ZEBRAFISH_217_1012/1-798
AUAAUAGACUCUUGGGCCAAUUUCAAAUCUCCUUCAAGCUUUCUCUUGGCUCUCUCCAGGUCCAUACGAAGCUUCUUUUCUUGUUCAAGGGAACCCUCAAGCUGUGGGACAAUGAUAUUUAAAAUAUGUUCGAAGUAAAAAAGGUAAAUAAUUUACUUCCAUGUUUAAUGAAGAGCUCACAUCAUCAACUUGCUGCUCAAGCUUUGUCUUGGAUUUGGUCAGGGUGUUGACUUUGUCCUCCUCAGCCUGAAGAUCAUCCAGAGUCUGCUGAUGUGCCUCUUGGAGGGCUUUCUUCUCCU
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>376858_ENSMUSG00000055724_MOUSE_2723_3438/1-798
AUUGUGGACUCUUGGGCCAGUUUCAGGUCCCCCUCCAGUUUCCUCUUGGCUCUUUCUAAGUCCAUCCUCAGCUUCUUUUCUUGCUCUAGCGAUCCCUCAAGCUGAUGGGGAAAGAGAAACCUGUUAAAAUCGAAAUGCACUUAAAGAAAUACUUCAGAAGGCCAUCUGAACCGUGCUUACGUCAUCCACUUGCUGUUCCAGCUUGGUUUUGGCUUUGGUCAGGGUGUUGACUUUGUCCUCCUCUGCCUGCAGGUCAUCCAGGGUCUGCUGGUGGGCCUCCUGGAGGGCCUUCUUCUCCU
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>consensus
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376858_9-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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