Index >

Results for CNB 373196-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


373196_ENSMUSG00000025571_MOUSE_2793_2925/1-135     GTGGGCAATGGCTGGCCTCTCTTTAACAGCTGCTTCTGTTCTTGCTGGCGAAAGCGTGGA
373196_ENSDARG00000024012_ZEBRAFISH_2724_2855/1-135 -TAGGTAAAGGTCGACCCTCGTTCAGTAGCTGCCTCTGCTTCTGCTGTCGGAAGCGTGGA
373196_SINFRUG00000147686_FUGU_3670_3799/1-135      ACAGGGAGCGGCTGGCCTCTCTTCAGTAGCTGCTTGTGCTCCTGCTGGCGGAAGCGTGGG
373196_ENSRNOG00000022395_RAT_1796_1927/1-135       GTGGGCAATGGCTGGCCTCTCTTTAACAGCTGCTTCTGTTCTTGCTGGCGAAAGCGTGGA
                                                       ** *  **  * **    ** *  ****** * ** *  ***** ** ******** 


373196_ENSMUSG00000025571_MOUSE_2793_2925/1-135     GGCACCTCCCGAGGCAGGTAACG-GGATGCAGCTG-GCTGCTGGCCACAGGCAGATGCAC
373196_ENSDARG00000024012_ZEBRAFISH_2724_2855/1-135 GGAACCTCTCTTGGCACATATCGAGGACTGAGCTGCTGTAATGGAGGTA-ACTGCTG-TT
373196_SINFRUG00000147686_FUGU_3670_3799/1-135      GGTACCTCTCTGGGTGGGTAGCGAGCACTG-GCAG-AGGACAACTGG-C-ACGGCTG-CT
373196_ENSRNOG00000022395_RAT_1796_1927/1-135       GGCACCTCCCGAGGCAGGTAACG-GGATGCAGCTG-GCTGCTGGCCACAGGCAGATGCAC
                                                    ** ***** *  **    ** ** * *    ** *                * * **   


373196_ENSMUSG00000025571_MOUSE_2793_2925/1-135     GTTTGCCATTGCTGC
373196_ENSDARG00000024012_ZEBRAFISH_2724_2855/1-135 GTAGGGCAATACAAG
373196_SINFRUG00000147686_FUGU_3670_3799/1-135      GAGGGGGAGTCTGAG
373196_ENSRNOG00000022395_RAT_1796_1927/1-135       GTTTGCCATTGCTG-
                                                    *   *  * *     

373196-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 135
 Mean pairwise identity:  66.04
 Mean single sequence MFE: -59.48
 Consensus MFE: -33.15
 Energy contribution: -34.40
 Covariance contribution:   1.25
 Mean z-score:  -2.59
 Structure conservation index:   0.56
 SVM decision value:   3.62
 SVM RNA-class probability: 0.999461
 Prediction: RNA

######################################################################

>373196_ENSMUSG00000025571_MOUSE_2793_2925/1-135
GUGGGCAAUGGCUGGCCUCUCUUUAACAGCUGCUUCUGUUCUUGCUGGCGAAAGCGUGGAGGCACCUCCCGAGGCAGGUAACGGGAUGCAGCUGGCUGCUGGCCACAGGCAGAUGCACGUUUGCCAUUGCUGC
...(((((((((..((..........((((((((((((((((((((.((....))(.((((....)))))..)))))).))))))).)))))))...))..)))...(((((((....))))))))))))).. ( -66.02)
>373196_ENSDARG00000024012_ZEBRAFISH_2724_2855/1-135
UAGGUAAAGGUCGACCCUCGUUCAGUAGCUGCCUCUGCUUCUGCUGUCGGAAGCGUGGAGGAACCUCUCUUGGCACAUAUCGAGGACUGAGCUGCUGUAAUGGAGGUAACUGCUGUUGUAGGGCAAUACAAG
...(((...(((.(((..((((((((((((.((((.(((((((....)))))))((.((((......)))).)).......))))....)))))))).))))..)))..((((....)))))))..)))... ( -49.00)
>373196_SINFRUG00000147686_FUGU_3670_3799/1-135
ACAGGGAGCGGCUGGCCUCUCUUCAGUAGCUGCUUGUGCUCCUGCUGGCGGAAGCGUGGGGGUACCUCUCUGGGUGGGUAGCGAGCACUGGCAGAGGACAACUGGCACGGCUGCUGAGGGGGAGUCUGAG
.............(((..((((((((((((((...(((((((((((.((....)).......(((((....)))))))))).))))))((.(((.......))).))))))))))))))))..))).... ( -56.90)
>373196_ENSRNOG00000022395_RAT_1796_1927/1-135
GUGGGCAAUGGCUGGCCUCUCUUUAACAGCUGCUUCUGUUCUUGCUGGCGAAAGCGUGGAGGCACCUCCCGAGGCAGGUAACGGGAUGCAGCUGGCUGCUGGCCACAGGCAGAUGCACGUUUGCCAUUGCUG
...(((((((((..((..........((((((((((((((((((((.((....))(.((((....)))))..)))))).))))))).)))))))...))..)))...(((((((....))))))))))))). ( -66.02)
>consensus
GUAGGCAAUGGCUGGCCUCUCUUCAACAGCUGCUUCUGCUCCUGCUGGCGAAAGCGUGGAGGCACCUCCCGAGGCAGGUAACG_GGACGCAGCUG_GCUACUGGCCACA_ACAGAUG_ACGUUGGCCAUUGCUAG
....((((((((((((..........(((((((.((((((((((((.((....))(.((((....)))))..)))))).)))..))).))))))).((.....))...............))))))))))))... (-33.15 = -34.40 +   1.25) 

373196-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

PS | PDF	PS | PDF