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Results for CNB 300387

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

300387_ENSG00000130477_HUMAN_8509_8743/1-236        -CAGGGGCTGCGGAGAAGAGCTCCAAGCACGGGGCGGAGGACCGGACACAGAACATCATC
300387_SINFRUG00000142610_FUGU_8110_8343/1-236      -CAGGAGCTGCTGAGAAGAGTTCCAAGACGGGGGCTGAGGACCGGACACAGCACATCATC
300387_ENSMUSG00000028456_MOUSE_9113_9347/1-236     -TAGGGGCTGCTGAAAAGAGCTCTAAGCATGGAGCTGAGGACCGAACTCAGAACATTATC
300387_ENSRNOG00000008237_RAT_9090_9325/1-236       TCAGGGGCCGCTGAAAAGAGCTCTAAGCACGGAGCTGAGGACCGGACTCAGAACATTATC
300387_ENSDARG00000028370_ZEBRAFISH_9575_9808/1-236 -CAGGGGCGGCAGAAAAGAGCTCTAAACATGGAGCTGAAGATCGCACACAGAACATTATT
                                                      *** ** ** ** ***** ** **    ** ** ** ** ** ** *** **** ** 


300387_ENSG00000130477_HUMAN_8509_8743/1-236        ATGGTGCTCAAGGACCGCATGAAGATCCGGGAGCGCAACAAGCCCGAGATCTTCGAGCTC
300387_SINFRUG00000142610_FUGU_8110_8343/1-236      ATGGCCATGAAGGACAGGATGAAGATCCGCGAGAGGAACAAGCCGGAGATCTTCGAGGAG
300387_ENSMUSG00000028456_MOUSE_9113_9347/1-236     ATGGCCATGAAGGACCGTATGAAGATCCGAGAACGGAATAAACCAGAGATCTTTGAGGTT
300387_ENSRNOG00000008237_RAT_9090_9325/1-236       ATGGCCATGAAGGACCGTATGAAGATCCGAGAACGGAATAAACCAGAGATCTTTGAGGTT
300387_ENSDARG00000028370_ZEBRAFISH_9575_9808/1-236 ATGGTGCTAAAAGACCGCATGAAGATCCGTGAACGGAATAAGCCTGAGATATTTGAGTTG
                                                    ****   * ** *** * *********** **  * ** ** ** ***** ** ***   


300387_ENSG00000130477_HUMAN_8509_8743/1-236        ATCCAGGAGATCTTCGCGGTGACCAAGACGGCGCACACGCAGCAGATGAAGGCGGTCAAG
300387_SINFRUG00000142610_FUGU_8110_8343/1-236      ATCCGGAGGATCTTCAACATCACCAAGATGATCCACGTCCAACACATGAAGAGCATCAAA
300387_ENSMUSG00000028456_MOUSE_9113_9347/1-236     ATCCGGGATGTGTTCACAGTGAGCAAAGTTGCGCATGTGCAGCAGATGAAAACAGTAAAG
300387_ENSRNOG00000008237_RAT_9090_9325/1-236       ATCCGGGATGTGTTCACAGTGAGCAAAGTTGCCCACGTGCAGCAGATGAAAACAGTAAAG
300387_ENSDARG00000028370_ZEBRAFISH_9575_9808/1-236 ATTCAGGATGTGTTTGCAGTCATTAAGGCCACACATGTGGCACAGATGAAGCAGATTAAG
                                                    ** * *    * **     * *  **       **       ** *****     * ** 


300387_ENSG00000130477_HUMAN_8509_8743/1-236        CAGAGCGTGCTGGACGGCACGTCCAAGTGGTCCGCCAAGATCAGCATCACCGGTGA
300387_SINFRUG00000142610_FUGU_8110_8343/1-236      CAAAATGTCCTCGACGGCTCGTCCAAGTGGTCGGCTAAGATTGCCATCAATGGTG-
300387_ENSMUSG00000028456_MOUSE_9113_9347/1-236     CAGAGTGTCCTGGATGGCACCTCCAAGTGGTCAGCCAAAATTACCATCACGGGTAA
300387_ENSRNOG00000008237_RAT_9090_9325/1-236       CAGAGTGTCCTGGATGGCACCTCCAAGTGGTCGGCCAAAATTACCATCACGGGTAA
300387_ENSDARG00000028370_ZEBRAFISH_9575_9808/1-236 CAAAGTGTCCTGGATGGAACGTCTAAGTGGTCGGCCAAGATCAGCATCACCGGTA-
                                                    ** *  ** ** ** **  * ** ******** ** ** **   *****  ***  


//

300387.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 236
 Mean pairwise identity:  77.52
 Mean single sequence MFE: -79.48
 Consensus MFE: -36.62
 Energy contribution: -36.60
 Covariance contribution:  -0.02
 Mean z-score:  -1.84
 Structure conservation index:   0.46
 SVM decision value:  -0.01
 SVM RNA-class probability: 0.528351
 Prediction: RNA

######################################################################

>300387_ENSG00000130477_HUMAN_8509_8743/1-236
CAGGGGCUGCGGAGAAGAGCUCCAAGCACGGGGCGGAGGACCGGACACAGAACAUCAUCAUGGUGCUCAAGGACCGCAUGAAGAUCCGGGAGCGCAACAAGCCCGAGAUCUUCGAGCUCAUCCAGGAGAUCUUCGCGGUGACCAAGACGGCGCACACGCAGCAGAUGAAGGCGGUCAAGCAGAGCGUGCUGGACGGCACGUCCAAGUGGUCCGCCAAGAUCAGCAUCACCGGUGA
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>300387_SINFRUG00000142610_FUGU_8110_8343/1-236
CAGGAGCUGCUGAGAAGAGUUCCAAGACGGGGGCUGAGGACCGGACACAGCACAUCAUCAUGGCCAUGAAGGACAGGAUGAAGAUCCGCGAGAGGAACAAGCCGGAGAUCUUCGAGGAGAUCCGGAGGAUCUUCAACAUCACCAAGAUGAUCCACGUCCAACACAUGAAGAGCAUCAAACAAAAUGUCCUCGACGGCUCGUCCAAGUGGUCGGCUAAGAUUGCCAUCAAUGGUG
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>300387_ENSMUSG00000028456_MOUSE_9113_9347/1-236
UAGGGGCUGCUGAAAAGAGCUCUAAGCAUGGAGCUGAGGACCGAACUCAGAACAUUAUCAUGGCCAUGAAGGACCGUAUGAAGAUCCGAGAACGGAAUAAACCAGAGAUCUUUGAGGUUAUCCGGGAUGUGUUCACAGUGAGCAAAGUUGCGCAUGUGCAGCAGAUGAAAACAGUAAAGCAGAGUGUCCUGGAUGGCACCUCCAAGUGGUCAGCCAAAAUUACCAUCACGGGUAA
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>300387_ENSRNOG00000008237_RAT_9090_9325/1-236
UCAGGGGCCGCUGAAAAGAGCUCUAAGCACGGAGCUGAGGACCGGACUCAGAACAUUAUCAUGGCCAUGAAGGACCGUAUGAAGAUCCGAGAACGGAAUAAACCAGAGAUCUUUGAGGUUAUCCGGGAUGUGUUCACAGUGAGCAAAGUUGCCCACGUGCAGCAGAUGAAAACAGUAAAGCAGAGUGUCCUGGAUGGCACCUCCAAGUGGUCGGCCAAAAUUACCAUCACGGGUAA
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>300387_ENSDARG00000028370_ZEBRAFISH_9575_9808/1-236
CAGGGGCGGCAGAAAAGAGCUCUAAACAUGGAGCUGAAGAUCGCACACAGAACAUUAUUAUGGUGCUAAAAGACCGCAUGAAGAUCCGUGAACGGAAUAAGCCUGAGAUAUUUGAGUUGAUUCAGGAUGUGUUUGCAGUCAUUAAGGCCACACAUGUGGCACAGAUGAAGCAGAUUAAGCAAAGUGUCCUGGAUGGAACGUCUAAGUGGUCGGCCAAGAUCAGCAUCACCGGUA
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>consensus
_CAGGGGCUGCUGAAAAGAGCUCUAAGCACGGAGCUGAGGACCGGACACAGAACAUUAUCAUGGCCAUGAAGGACCGCAUGAAGAUCCGAGAACGGAAUAAGCCAGAGAUCUUUGAGGUGAUCCGGGAUGUGUUCACAGUGACCAAGGUGGCCCACGUGCAGCAGAUGAAGACAGUAAAGCAGAGUGUCCUGGAUGGCACGUCCAAGUGGUCGGCCAAGAUUACCAUCACCGGUAA
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300387.rnaz

RNAalifold consensus structure

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