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Results for CNB 300319_1-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


300319_SINFRUG00000145103_FUGU_7631_7985/1-365      TTTAAATCTGATTATCAAATTAGGAGACTTTGAGACAAATCCTCTTAGATCTGATACTGT
300319_ENSG00000108001_HUMAN_7069_7424/1-365        TTTAAATCTGATTACCAAATTAGAAGGTTTAAAAACAAATCCTTCTAAATCTGATACTGT
300319_ENSMUSG00000010476_MOUSE_7037_7393/1-365     TTTAAATCTGATTACCAAATTAGAAGGTTTAAAAGCAAATCCTTCTAAATCTGATACTGT
300319_ENSDARG00000003613_ZEBRAFISH_7458_7781/1-365 TTTCAATCTGATTACCAAATTAG--GGTTTTAGTCTAAATCCCTTTAAATCTGATACTGT
                                                    *** ********** ********  *  **      ******   ** ************


300319_SINFRUG00000145103_FUGU_7631_7985/1-365      TGACTGGAGA--GG-GA-AAATGGATCTCCACAGCCGTCACGT-AGGTAACGATGCTG-T
300319_ENSG00000108001_HUMAN_7069_7424/1-365        TGACTAAAGA--GGNNN-NNNNNGTTCTATAAGCCCATCACATAAGGTAACGATCCTGCC
300319_ENSMUSG00000010476_MOUSE_7037_7393/1-365     TGACTAAAGAGGGG-GAGAAAAAGTTCCATAAGCCCATCACATAAGGTAACGATCCTGCC
300319_ENSDARG00000003613_ZEBRAFISH_7458_7781/1-365 TGACT--AGA-----GA-A----GTTCAACAATCCCATCGCGT-AGGTAACGATCCCG-T
                                                    *****  ***             * **   *   ** ** * * ********** * *  


300319_SINFRUG00000145103_FUGU_7631_7985/1-365      CCTGAAAG----GGAGTTTTAAACCGTATTTGACAACAAATGCAGCTGCCCCGCTATTTC
300319_ENSG00000108001_HUMAN_7069_7424/1-365        CCAGAAAGAAAAGGGGTTTTAAACC-TTTTTGACAACAAATGCAGCTGCCCCACTATTTT
300319_ENSMUSG00000010476_MOUSE_7037_7393/1-365     CCAGAAAGAAAGGGGGTTTTAAACC-TTTTTGACAACAAATGCAGCTGCCCCGCTATTTT
300319_ENSDARG00000003613_ZEBRAFISH_7458_7781/1-365 CCTAAAAA----GGAGTTTTAAACCTTATTTGACAACAAATGCAGCTGCCCCTCTATTTT
                                                    **  ***     ** ********** * ************************ ****** 


300319_SINFRUG00000145103_FUGU_7631_7985/1-365      TGAAGATATTAGAGGAAAATGAATGCAAATCTGTGTGCAGGAGCCATCTGGACGTGGAGA
300319_ENSG00000108001_HUMAN_7069_7424/1-365        GGACGATATTAAGCGAAAATGAATGCAAATCTGTGTTCAGCAGCCATCTGG-CCCGAAAT
300319_ENSMUSG00000010476_MOUSE_7037_7393/1-365     GGACGATATTAAGCGAAAATGAATGCAAATCTGTGTTCGGCAGCCATCTGG-CCCGAAAT
300319_ENSDARG00000003613_ZEBRAFISH_7458_7781/1-365 GGAAGATATTAGGCGAAAATGAATGCAAATCTGTGTTCAGAAGCCATCTGG-CCGGAGAC
                                                     ** *******   ********************** * * ********** *  *    


300319_SINFRUG00000145103_FUGU_7631_7985/1-365      GAGGGAGTCAGCTGCTGCACACACTGAGGCTCGGAGCCTGAATCCGTCTCAGCTCATTCT
300319_ENSG00000108001_HUMAN_7069_7424/1-365        GGGGGAATCAGCTGCT-CTCACA-ACAGGCTCGGAGGCTGAATCCATTTCAGCTCATTTT
300319_ENSMUSG00000010476_MOUSE_7037_7393/1-365     GGGGGAATCAGCTG-T-CTCACA-ACAGGCTCGGGGGCTGAATCCATTTCAGCTCATTTT
300319_ENSDARG00000003613_ZEBRAFISH_7458_7781/1-365 TGGAGAATCAGCTGCT-C-----------------GCCTGAATCCATCTCGGCTCATTTC
                                                      * ** ******* * *                 * ******** * ** *******  

300319_1-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  79.29
 Mean single sequence MFE: -81.88
 Consensus MFE: -43.67
 Energy contribution: -47.05
 Covariance contribution:   3.38
 Mean z-score:  -2.28
 Structure conservation index:   0.53
 SVM decision value:   0.44
 SVM RNA-class probability: 0.738632
 Prediction: RNA

######################################################################

>300319_SINFRUG00000145103_FUGU_7631_7985/1-365
UUUAAAUCUGAUUAUCAAAUUAGGAGACUUUGAGACAAAUCCUCUUAGAUCUGAUACUGUUGACUGGAGAGGGAAAAUGGAUCUCCACAGCCGUCACGUAGGUAACGAUGCUGUCCUGAAAGGGAGUUUUAAACCGUAUUUGACAACAAAUGCAGCUGCCCCGCUAUUUCUGAAGAUAUUAGAGGAAAAUGAAUGCAAAUCUGUGUGCAGGAGCCAUCUGGACGUGGAGAGAGGGAGUCAGCUGCUGCACACACUGAGGCUCGGAGCCUGAAUCCGUCUCAGCUCAUUCU
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>300319_ENSG00000108001_HUMAN_7069_7424/1-365
UUUAAAUCUGAUUACCAAAUUAGAAGGUUUAAAAACAAAUCCUUCUAAAUCUGAUACUGUUGACUAAAGAGGNNNNNNNNGUUCUAUAAGCCCAUCACAUAAGGUAACGAUCCUGCCCCAGAAAGAAAAGGGGUUUUAAACCUUUUUGACAACAAAUGCAGCUGCCCCACUAUUUUGGACGAUAUUAAGCGAAAAUGAAUGCAAAUCUGUGUUCAGCAGCCAUCUGGCCCGAAAUGGGGGAAUCAGCUGCUCUCACAACAGGCUCGGAGGCUGAAUCCAUUUCAGCUCAUUUU
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>300319_ENSMUSG00000010476_MOUSE_7037_7393/1-365
UUUAAAUCUGAUUACCAAAUUAGAAGGUUUAAAAGCAAAUCCUUCUAAAUCUGAUACUGUUGACUAAAGAGGGGGAGAAAAAGUUCCAUAAGCCCAUCACAUAAGGUAACGAUCCUGCCCCAGAAAGAAAGGGGGUUUUAAACCUUUUUGACAACAAAUGCAGCUGCCCCGCUAUUUUGGACGAUAUUAAGCGAAAAUGAAUGCAAAUCUGUGUUCGGCAGCCAUCUGGCCCGAAAUGGGGGAAUCAGCUGUCUCACAACAGGCUCGGGGGCUGAAUCCAUUUCAGCUCAUUUU
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>300319_ENSDARG00000003613_ZEBRAFISH_7458_7781/1-365
UUUCAAUCUGAUUACCAAAUUAGGGUUUUAGUCUAAAUCCCUUUAAAUCUGAUACUGUUGACUAGAGAAGUUCAACAAUCCCAUCGCGUAGGUAACGAUCCCGUCCUAAAAAGGAGUUUUAAACCUUAUUUGACAACAAAUGCAGCUGCCCCUCUAUUUUGGAAGAUAUUAGGCGAAAAUGAAUGCAAAUCUGUGUUCAGAAGCCAUCUGGCCGGAGACUGGAGAAUCAGCUGCUCGCCUGAAUCCAUCUCGGCUCAUUUC
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>consensus
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300319_1-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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