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Results for CNB 292681

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

292681_ENSG00000181200_HUMAN_9325_9452/1-129        CAGGGCTTTAGTTCAGCAGATGAGCTGCTTGGCTATATTCATACATCTGCTTGCCTGCTG
292681_ENSMUSG00000045383_MOUSE_9441_9561/1-129     ------TTTAGCCCAGCAGATGGGCTGCC-GGCTATATTCATACATCTGCTTGCCTGCTG
292681_ENSDARG00000013366_ZEBRAFISH_9455_9570/1-129 ------TTGGCTTCAGCAGGTGGGCCGCCTGCTTGTGTTCCTACATCTGCCTGCCTGGTC
292681_ENSRNOG00000006531_RAT_9436_9560/1-129       -AGGGCTTGAGCCCTGCAGATGGGCTGCT-GGCTATATTCATACATCTGCTTGCCTGCTG
                                                          **     * **** ** ** **  *  * * *** ********* ****** * 


292681_ENSG00000181200_HUMAN_9325_9452/1-129        TGGCAGCTGCTGCTGCTTCACGTTGTGTTCTTTTGTT-CTGTTTCATCCAAGAATGGAAC
292681_ENSMUSG00000045383_MOUSE_9441_9561/1-129     TGGCAGCTGCTGCTGCTTCACGTTGTGTCCTTTTGTT-CTGTTCCATCCAAGAACGGAAT
292681_ENSDARG00000013366_ZEBRAFISH_9455_9570/1-129 TGGCAGCTGCTGTTGTTTAACAACCACTGCTTCCACTGCTGCCTCACTCCAAACTCCTTT
292681_ENSRNOG00000006531_RAT_9436_9560/1-129       TGGCAGCTGCTGCCGCCTCACGTTGTGTCCTTTTGTT-CTGTTCCGTCCAAGAACGGAAT
                                                    ************  *  * **      * ***    * ***   *   * * *       


292681_ENSG00000181200_HUMAN_9325_9452/1-129        GCTAGGAAG
292681_ENSMUSG00000045383_MOUSE_9441_9561/1-129     GTGAGGAAG
292681_ENSDARG00000013366_ZEBRAFISH_9455_9570/1-129 GT-------
292681_ENSRNOG00000006531_RAT_9436_9560/1-129       GCGGGGAA-
                                                    *        


//

292681.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 129
 Mean pairwise identity:  71.75
 Mean single sequence MFE: -40.53
 Consensus MFE: -24.35
 Energy contribution: -24.47
 Covariance contribution:   0.12
 Mean z-score:  -1.48
 Structure conservation index:   0.60
 SVM decision value:   0.06
 SVM RNA-class probability: 0.564901
 Prediction: RNA

######################################################################

>292681_ENSG00000181200_HUMAN_9325_9452/1-129
CAGGGCUUUAGUUCAGCAGAUGAGCUGCUUGGCUAUAUUCAUACAUCUGCUUGCCUGCUGUGGCAGCUGCUGCUGCUUCACGUUGUGUUCUUUUGUUCUGUUUCAUCCAAGAAUGGAACGCUAGGAAG
((.(((....((..((((((((((((....)))).........)))))))).))..))).))(((((....)))))(((.(...(((((((...(((((..........))))))))))))..)))). ( -39.30)
>292681_ENSMUSG00000045383_MOUSE_9441_9561/1-129
UUUAGCCCAGCAGAUGGGCUGCCGGCUAUAUUCAUACAUCUGCUUGCCUGCUGUGGCAGCUGCUGCUGCUUCACGUUGUGUCCUUUUGUUCUGUUCCAUCCAAGAACGGAAUGUGAGGAAG
...((((((.....))))))((.(((...................))).))((.((((((....)))))).)).......(((((.((((((((((.......)))))))))).))))).. ( -42.81)
>292681_ENSDARG00000013366_ZEBRAFISH_9455_9570/1-129
UUGGCUUCAGCAGGUGGGCCGCCUGCUUGUGUUCCUACAUCUGCCUGCCUGGUCUGGCAGCUGCUGUUGUUUAACAACCACUGCUUCCACUGCUGCCUCACUCCAAACUCCUUUGU
..(((..(((((((..(((.(.......((((....))))).)))..))))...(((.(((.(..((((.....))))..).))).))))))..)))................... ( -33.41)
>292681_ENSRNOG00000006531_RAT_9436_9560/1-129
AGGGCUUGAGCCCUGCAGAUGGGCUGCUGGCUAUAUUCAUACAUCUGCUUGCCUGCUGUGGCAGCUGCUGCCGCCUCACGUUGUGUCCUUUUGUUCUGUUCCGUCCAAGAACGGAAUGCGGGGAA
(((((....)))))((((((((((.....))).........)))))))...(((((.(((((((...)))))))..................(((((((((.......))))))))))))))... ( -46.60)
>consensus
______UUGAGCCCAGCAGAUGGGCUGCC_GGCUAUAUUCAUACAUCUGCUUGCCUGCUGUGGCAGCUGCUGCUGCUUCACGUUGUGUCCUUUUGUU_CUGUUCCAUCCAAGAACGGAAUGCGAGGAA_
........((((.(((((((((((((....)))).........))))))).))...)))).((((((....))))))..........(((((.((((.((((((.......)))))))))).))))).. (-24.35 = -24.47 +   0.12) 

292681.rnaz

RNAalifold consensus structure

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