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Results for CNB 291558-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


291558_ENSMUSG00000024206_MOUSE_3692_3899/1-218     -AAAACACATGCAGATGCTGGATGGGAACCGGGCGCCGGC-CTC-TGGCGC-CGCGTG-C
291558_ENSRNOG00000017626_RAT_1660_1867/1-218       -AAAACACATGCAGATGCTGGATGGGAACCCGGCGCAGGC-CTC-TGGCGC-CGCGTG-C
291558_SINFRUG00000129155_FUGU_972_1187/1-218       -AAAACACATACAGATGTTCAATTAAAAACAGGAGCCTACAGTCTTGGCTCGTGTTTGAA
291558_ENSDARG00000013575_ZEBRAFISH_1284_1497/1-218 CAAAGCACATGCAGATGTTCAATTAAAAACAGGAGCCCACAGTCTTGGCTCTTGTTTGCA
                                                     *** ***** ****** *  **   ** * ** **   *  ** **** *  *  **  


291558_ENSMUSG00000024206_MOUSE_3692_3899/1-218     CCAGCCCTCATTGTTTGCTGAGTAACAACGGTTGCCAGGGGCGACGCAGTCCACTCCCGT
291558_ENSRNOG00000017626_RAT_1660_1867/1-218       CCAGCCCTCATTGTTTGCTGAGTAACAACGGTTGCCAGGGGCGACGCAGTCCACTCCCGT
291558_SINFRUG00000129155_FUGU_972_1187/1-218       CTGGCCCACATTGTTTGCAGAGCAACAACCGTTGCTATGGGCAACACTGTCCACTCCCGT
291558_ENSDARG00000013575_ZEBRAFISH_1284_1497/1-218 CTGGCCCACATTGTTTGCAGAGCAACAACGGTTGCTAGTGGCAACACCGTCCACTCCCGT
                                                    *  **** ********** *** ****** ***** *  *** ** * ************


291558_ENSMUSG00000024206_MOUSE_3692_3899/1-218     TTCCAAGCGCCCGTTGCCCAGCAACCCAGAGAATACTTCCCAAACCAAACAATGTCATCC
291558_ENSRNOG00000017626_RAT_1660_1867/1-218       TTCCAAGCGCCCGTTGCCCAGCAACCCGTAGAATACTTCCCAAACCAAACAATGTCATCC
291558_SINFRUG00000129155_FUGU_972_1187/1-218       TTCCAGGAGCCTGTTGCTAGGCGACCAACAGAATACTTCCCAAACCAAACAATGCCACCC
291558_ENSDARG00000013575_ZEBRAFISH_1284_1497/1-218 TTCCAGGAGCCTGTTGCCATGCAACCAACAGAATACTTCCCAAACCAAACAATGCCATCC
                                                    ***** * *** *****   ** ***   ************************* ** **


291558_ENSMUSG00000024206_MOUSE_3692_3899/1-218     CCGGGGCAAC----TTCTCTATCTCACGTTAAGCAGA-
291558_ENSRNOG00000017626_RAT_1660_1867/1-218       CCGGGGCAAC----TTCTCTATCTCACGTTAAGCAGA-
291558_SINFRUG00000129155_FUGU_972_1187/1-218       CCCTCCCCACCTGATCCTCTGTTACACGCTAAGTAGA-
291558_ENSDARG00000013575_ZEBRAFISH_1284_1497/1-218 CCCAAGTGAT----CCTTCTATCTCACATTAACCAGAA
                                                    **      *        *** *  ***  ***  *** 

291558-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 218
 Mean pairwise identity:  79.32
 Mean single sequence MFE: -64.02
 Consensus MFE: -40.03
 Energy contribution: -42.97
 Covariance contribution:   2.94
 Mean z-score:  -2.11
 Structure conservation index:   0.63
 SVM decision value:   0.95
 SVM RNA-class probability: 0.887716
 Prediction: RNA

######################################################################

>291558_ENSMUSG00000024206_MOUSE_3692_3899/1-218
AAAACACAUGCAGAUGCUGGAUGGGAACCGGGCGCCGGCCUCUGGCGCCGCGUGCCCAGCCCUCAUUGUUUGCUGAGUAACAACGGUUGCCAGGGGCGACGCAGUCCACUCCCGUUUCCAAGCGCCCGUUGCCCAGCAACCCAGAGAAUACUUCCCAAACCAAACAAUGUCAUCCCCGGGGCAACUUCUCUAUCUCACGUUAAGCAGA
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>291558_ENSRNOG00000017626_RAT_1660_1867/1-218
AAAACACAUGCAGAUGCUGGAUGGGAACCCGGCGCAGGCCUCUGGCGCCGCGUGCCCAGCCCUCAUUGUUUGCUGAGUAACAACGGUUGCCAGGGGCGACGCAGUCCACUCCCGUUUCCAAGCGCCCGUUGCCCAGCAACCCGUAGAAUACUUCCCAAACCAAACAAUGUCAUCCCCGGGGCAACUUCUCUAUCUCACGUUAAGCAGA
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>291558_SINFRUG00000129155_FUGU_972_1187/1-218
AAAACACAUACAGAUGUUCAAUUAAAAACAGGAGCCUACAGUCUUGGCUCGUGUUUGAACUGGCCCACAUUGUUUGCAGAGCAACAACCGUUGCUAUGGGCAACACUGUCCACUCCCGUUUCCAGGAGCCUGUUGCUAGGCGACCAACAGAAUACUUCCCAAACCAAACAAUGCCACCCCCCUCCCCACCUGAUCCUCUGUUACACGCUAAGUAGA
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>291558_ENSDARG00000013575_ZEBRAFISH_1284_1497/1-218
CAAAGCACAUGCAGAUGUUCAAUUAAAAACAGGAGCCCACAGUCUUGGCUCUUGUUUGCACUGGCCCACAUUGUUUGCAGAGCAACAACGGUUGCUAGUGGCAACACCGUCCACUCCCGUUUCCAGGAGCCUGUUGCCAUGCAACCAACAGAAUACUUCCCAAACCAAACAAUGCCAUCCCCCAAGUGAUCCUUCUAUCUCACAUUAACCAGAA
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>consensus
_AAAACACAUGCAGAUGCUCAAUGAAAAACAGGAGCCGAC_CUC_UGGCGC_CGCGUG_ACCAGCCCACAUUGUUUGCAGAGCAACAACGGUUGCCAGGGGCAACACAGUCCACUCCCGUUUCCAAGAGCCCGUUGCCAAGCAACCAACAGAAUACUUCCCAAACCAAACAAUGCCAUCCCCCGGGCAAC____UCCUCUAUCUCACGUUAAGCAGA_
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291558-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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