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Results for CNB 291556-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


291556_ENSMUSG00000024206_MOUSE_3691_3899/1-218     -AAAACACATGCAGATGCTGGATGGGAACCGGGCGCCGGC-CTC-TGGCGC-CGCGTGC-
291556_ENSDARG00000013575_ZEBRAFISH_1285_1497/1-218 CAAAGCACATGCAGATGTTCAATTAAAAACAGGAGCCCACAGTCTTGGCTCTTGTTTGCA
291556_SINFRUG00000129155_FUGU_972_1188/1-218       AAAAACACATACAGATGTTCAATTAAAAACAGGAGCCTACAGTCTTGGCTCGTGTTTGAA
291556_ENSRNOG00000017626_RAT_1660_1867/1-218       -AAAACACATGCAGATGCTGGATGGGAACCCGGCGCAGGC-CTC-TGGCGC-CGCGTGC-
                                                     *** ***** ****** *  **   ** * ** **   *  ** **** *  *  **  


291556_ENSMUSG00000024206_MOUSE_3691_3899/1-218     CCAGCCCTCATTGTTTGCTGAGTAACAACGGTTGCCAGGGGCGACGCAGTCCACTCCCGT
291556_ENSDARG00000013575_ZEBRAFISH_1285_1497/1-218 CTGGCCCACATTGTTTGCAGAGCAACAACGGTTGCTAGTGGCAACACCGTCCACTCCCGT
291556_SINFRUG00000129155_FUGU_972_1188/1-218       CTGGCCCACATTGTTTGCAGAGCAACAACCGTTGCTATGGGCAACACTGTCCACTCCCGT
291556_ENSRNOG00000017626_RAT_1660_1867/1-218       CCAGCCCTCATTGTTTGCTGAGTAACAACGGTTGCCAGGGGCGACGCAGTCCACTCCCGT
                                                    *  **** ********** *** ****** ***** *  *** ** * ************


291556_ENSMUSG00000024206_MOUSE_3691_3899/1-218     TTCCAAGCGCCCGTTGCCCAGCAACCCAGAGAATACTTCCCAAACCAAACAATGTCATCC
291556_ENSDARG00000013575_ZEBRAFISH_1285_1497/1-218 TTCCAGGAGCCTGTTGCCATGCAACCAACAGAATACTTCCCAAACCAAACAATGCCATCC
291556_SINFRUG00000129155_FUGU_972_1188/1-218       TTCCAGGAGCCTGTTGCTAGGCGACCAACAGAATACTTCCCAAACCAAACAATGCCACCC
291556_ENSRNOG00000017626_RAT_1660_1867/1-218       TTCCAAGCGCCCGTTGCCCAGCAACCCGTAGAATACTTCCCAAACCAAACAATGTCATCC
                                                    ***** * *** *****   ** ***   ************************* ** **


291556_ENSMUSG00000024206_MOUSE_3691_3899/1-218     CCGGGGCAAC----TTCTCTATCTCACGTTAAGCAGAT
291556_ENSDARG00000013575_ZEBRAFISH_1285_1497/1-218 CCCAAGTGAT----CCTTCTATCTCACATTAACCAGA-
291556_SINFRUG00000129155_FUGU_972_1188/1-218       CCCTCCCCACCTGATCCTCTGTTACACGCTAAGTAGA-
291556_ENSRNOG00000017626_RAT_1660_1867/1-218       CCGGGGCAAC----TTCTCTATCTCACGTTAAGCAGA-
                                                    **      *        *** *  ***  ***  *** 

291556-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 218
 Mean pairwise identity:  79.35
 Mean single sequence MFE: -64.02
 Consensus MFE: -40.03
 Energy contribution: -42.97
 Covariance contribution:   2.94
 Mean z-score:  -2.11
 Structure conservation index:   0.63
 SVM decision value:   0.94
 SVM RNA-class probability: 0.886496
 Prediction: RNA

######################################################################

>291556_ENSMUSG00000024206_MOUSE_3691_3899/1-218
AAAACACAUGCAGAUGCUGGAUGGGAACCGGGCGCCGGCCUCUGGCGCCGCGUGCCCAGCCCUCAUUGUUUGCUGAGUAACAACGGUUGCCAGGGGCGACGCAGUCCACUCCCGUUUCCAAGCGCCCGUUGCCCAGCAACCCAGAGAAUACUUCCCAAACCAAACAAUGUCAUCCCCGGGGCAACUUCUCUAUCUCACGUUAAGCAGAU
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>291556_ENSDARG00000013575_ZEBRAFISH_1285_1497/1-218
CAAAGCACAUGCAGAUGUUCAAUUAAAAACAGGAGCCCACAGUCUUGGCUCUUGUUUGCACUGGCCCACAUUGUUUGCAGAGCAACAACGGUUGCUAGUGGCAACACCGUCCACUCCCGUUUCCAGGAGCCUGUUGCCAUGCAACCAACAGAAUACUUCCCAAACCAAACAAUGCCAUCCCCCAAGUGAUCCUUCUAUCUCACAUUAACCAGA
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>291556_SINFRUG00000129155_FUGU_972_1188/1-218
AAAAACACAUACAGAUGUUCAAUUAAAAACAGGAGCCUACAGUCUUGGCUCGUGUUUGAACUGGCCCACAUUGUUUGCAGAGCAACAACCGUUGCUAUGGGCAACACUGUCCACUCCCGUUUCCAGGAGCCUGUUGCUAGGCGACCAACAGAAUACUUCCCAAACCAAACAAUGCCACCCCCCUCCCCACCUGAUCCUCUGUUACACGCUAAGUAGA
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>291556_ENSRNOG00000017626_RAT_1660_1867/1-218
AAAACACAUGCAGAUGCUGGAUGGGAACCCGGCGCAGGCCUCUGGCGCCGCGUGCCCAGCCCUCAUUGUUUGCUGAGUAACAACGGUUGCCAGGGGCGACGCAGUCCACUCCCGUUUCCAAGCGCCCGUUGCCCAGCAACCCGUAGAAUACUUCCCAAACCAAACAAUGUCAUCCCCGGGGCAACUUCUCUAUCUCACGUUAAGCAGA
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>consensus
_AAAACACAUGCAGAUGCUCAAUGAAAAACAGGAGCCGAC_CUC_UGGCGC_CGCGUGC_CCAGCCCACAUUGUUUGCAGAGCAACAACGGUUGCCAGGGGCAACACAGUCCACUCCCGUUUCCAAGAGCCCGUUGCCAAGCAACCAACAGAAUACUUCCCAAACCAAACAAUGCCAUCCCCCGGGCAAC____UCCUCUAUCUCACGUUAAGCAGA_
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291556-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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