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Results for CNB 268486-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


268486_ENSG00000171532_HUMAN_8474_8575/1-108        GGGG-----TACCAGCCTCTATGCCAGG-CCATATGGGCTTGGCACGTCACGGGCAGCAG
268486_ENSRNOG00000028417_RAT_8609_8710/1-108       GGGG-----TACCAGCCTCTATGCCAGG-CCATATGGGCTTGGCACGTCACGGGCAGCAG
268486_ENSDARG00000016854_ZEBRAFISH_8451_8554/1-108 AGGGTTACATACCTGCTCTTATGCCAAG-CCATATGG--TGGGCACGTCACTGGCAGGAG
268486_ENSMUSG00000038255_MOUSE_8602_8703/1-108     GGGG-----TACCAGCCTCTATGCCAGG-CCATATGGGCTTGGCACGTCACGGGCAGCAG
268486_SINFRUG00000148338_FUGU_7962_8066/1-108      -GGGTTACATACCAGCTCTGATGCCAGGCCCATATGG--CTGGCACGTCATTGGCAAGAG
                                                     ***     **** **    ****** * ********    *********  ****  **


268486_ENSG00000171532_HUMAN_8474_8575/1-108        CTATCACATGAGAGACGGTGATTGGCATGCGTCTGCACTGGGGGAGAG
268486_ENSRNOG00000028417_RAT_8609_8710/1-108       CTATCACATGAGAGACGGTGATTGGCATGCGTCTGCATTGGGGGAGAG
268486_ENSDARG00000016854_ZEBRAFISH_8451_8554/1-108 CCATCACATGAGAGCGGGTGATTGACACGCGCTCGCATTCGTAGAGA-
268486_ENSMUSG00000038255_MOUSE_8602_8703/1-108     CTATCACATGAGAGACGGTGATTGGCATGCGTCTGCATTGGGGGAGAG
268486_SINFRUG00000148338_FUGU_7962_8066/1-108      CCATCACATGAGAGCCGGTGATTGACATGCGGCCGCATTCACAGAGAC
                                                    * ************  ******** ** ***   *** *    **** 

268486-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 108
 Mean pairwise identity:  82.21
 Mean single sequence MFE: -40.26
 Consensus MFE: -28.44
 Energy contribution: -27.72
 Covariance contribution:  -0.72
 Mean z-score:  -1.64
 Structure conservation index:   0.71
 SVM decision value:   0.14
 SVM RNA-class probability: 0.602184
 Prediction: RNA

######################################################################

>268486_ENSG00000171532_HUMAN_8474_8575/1-108
GGGGUACCAGCCUCUAUGCCAGGCCAUAUGGGCUUGGCACGUCACGGGCAGCAGCUAUCACAUGAGAGACGGUGAUUGGCAUGCGUCUGCACUGGGGGAGAG
((....))..(((((((((((((((.....))))))))).....(((((.(((((((((((.(....)...)))).)))).))))))))...)))))).... ( -41.80)
>268486_ENSRNOG00000028417_RAT_8609_8710/1-108
GGGGUACCAGCCUCUAUGCCAGGCCAUAUGGGCUUGGCACGUCACGGGCAGCAGCUAUCACAUGAGAGACGGUGAUUGGCAUGCGUCUGCAUUGGGGGAGAG
((....))..(((((((((((((((.....))))))))).....(((((.(((((((((((.(....)...)))).)))).))))))))...)))))).... ( -41.90)
>268486_ENSDARG00000016854_ZEBRAFISH_8451_8554/1-108
AGGGUUACAUACCUGCUCUUAUGCCAAGCCAUAUGGUGGGCACGUCACUGGCAGGAGCCAUCACAUGAGAGCGGGUGAUUGACACGCGCUCGCAUUCGUAGAGA
...((((..((((((((((((((((..(((....))).)))..((...((((....))))..)))))))))))))))..))))..((....))........... ( -37.30)
>268486_ENSMUSG00000038255_MOUSE_8602_8703/1-108
GGGGUACCAGCCUCUAUGCCAGGCCAUAUGGGCUUGGCACGUCACGGGCAGCAGCUAUCACAUGAGAGACGGUGAUUGGCAUGCGUCUGCAUUGGGGGAGAG
((....))..(((((((((((((((.....))))))))).....(((((.(((((((((((.(....)...)))).)))).))))))))...)))))).... ( -41.90)
>268486_SINFRUG00000148338_FUGU_7962_8066/1-108
GGGUUACAUACCAGCUCUGAUGCCAGGCCCAUAUGGCUGGCACGUCAUUGGCAAGAGCCAUCACAUGAGAGCCGGUGAUUGACAUGCGGCCGCAUUCACAGAGAC
.(((.....)))..(((((((((..(((((((((.((((((.(.((((((((....))))....))))).)))))).))....))).))))))))...))))).. ( -38.40)
>consensus
GGGG_____UACCAGCCUCUAUGCCAGG_CCAUAUGGGCUUGGCACGUCACGGGCAGCAGCUAUCACAUGAGAGACGGUGAUUGGCAUGCGUCUGCAUUGGGGGAGAG
.((........))..(((((((((((((.((....)).))))))).((((..(((....)))(((((..........)))))))))..((....))..)))))).... (-28.44 = -27.72 +  -0.72) 

268486-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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