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Results for CNB 268477-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


268477_ENSG00000171532_HUMAN_8460_8581/1-124        CCAGGCGGGGTACCAGCCTCTATGCCAGG-CCATATGGGCTTGGCACGTCACGGGCAGCA
268477_SINFRUG00000148338_FUGU_7947_8058/1-124      ----------TACCAGCTCTGATGCCAGGCCCATAT-GGC-TGGCACGTCATTGGCAAGA
268477_ENSMUSG00000038255_MOUSE_8588_8708/1-124     -CAGGCGGGGTACCAGCCTCTATGCCAGG-CCATATGGGCTTGGCACGTCACGGGCAGCA
268477_ENSRNOG00000028417_RAT_8595_8715/1-124       -CAGGCGGGGTACCAGCCTCTATGCCAGG-CCATATGGGCTTGGCACGTCACGGGCAGCA
268477_ENSDARG00000016854_ZEBRAFISH_8436_8545/1-124 ----------TACCTGCTCTTATGCCAAG-CCATAT-GGT-GGGCACGTCACTGGCAGGA
                                                              **** **    ****** * ****** **   *********  ****  *


268477_ENSG00000171532_HUMAN_8460_8581/1-124        GCTATCACATGAGAGACGGTGATTGGCATGCGTCTGCACTGGGGGAGAGCCGGCTCCCCC
268477_SINFRUG00000148338_FUGU_7947_8058/1-124      GCCATCACATGAGAGCCGGTGATTGACATGCGGCCGCATTCACAGAGACTGGCTTCCCCC
268477_ENSMUSG00000038255_MOUSE_8588_8708/1-124     GCTATCACATGAGAGACGGTGATTGGCATGCGTCTGCATTGGGGGAGAGCCGGCTCCCCC
268477_ENSRNOG00000028417_RAT_8595_8715/1-124       GCTATCACATGAGAGACGGTGATTGGCATGCGTCTGCATTGGGGGAGAGCCGGCTCCCCC
268477_ENSDARG00000016854_ZEBRAFISH_8436_8545/1-124 GCCATCACATGAGAGCGGGTGATTGACACGCGCTCGCATTCGTAGAGATTGCCTTCCCGA
                                                    ** ************  ******** ** ***   *** *    ****      ****  


268477_ENSG00000171532_HUMAN_8460_8581/1-124        GGG-
268477_SINFRUG00000148338_FUGU_7947_8058/1-124      TGGG
268477_ENSMUSG00000038255_MOUSE_8588_8708/1-124     GGG-
268477_ENSRNOG00000028417_RAT_8595_8715/1-124       GGG-
268477_ENSDARG00000016854_ZEBRAFISH_8436_8545/1-124 GGG-
                                                     ** 

268477-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 124
 Mean pairwise identity:  79.11
 Mean single sequence MFE: -52.16
 Consensus MFE: -30.32
 Energy contribution: -31.68
 Covariance contribution:   1.36
 Mean z-score:  -1.90
 Structure conservation index:   0.58
 SVM decision value:   0.42
 SVM RNA-class probability: 0.729641
 Prediction: RNA

######################################################################

>268477_ENSG00000171532_HUMAN_8460_8581/1-124
CCAGGCGGGGUACCAGCCUCUAUGCCAGGCCAUAUGGGCUUGGCACGUCACGGGCAGCAGCUAUCACAUGAGAGACGGUGAUUGGCAUGCGUCUGCACUGGGGGAGAGCCGGCUCCCCCGGG
...((((((((....)))))..(((((((((.....))))))))).))).(((((.(((((((((((.(....)...)))).)))).))))))))..(((((((((......))))))))). ( -61.10)
>268477_SINFRUG00000148338_FUGU_7947_8058/1-124
UACCAGCUCUGAUGCCAGGCCCAUAUGGCUGGCACGUCAUUGGCAAGAGCCAUCACAUGAGAGCCGGUGAUUGACAUGCGGCCGCAUUCACAGAGACUGGCUUCCCCCUGGG
..(((((((((((((..(((((((((.((((((.(.((((((((....))))....))))).)))))).))....))).))))))))...))))).))))...(((...))) ( -43.70)
>268477_ENSMUSG00000038255_MOUSE_8588_8708/1-124
CAGGCGGGGUACCAGCCUCUAUGCCAGGCCAUAUGGGCUUGGCACGUCACGGGCAGCAGCUAUCACAUGAGAGACGGUGAUUGGCAUGCGUCUGCAUUGGGGGAGAGCCGGCUCCCCCGGG
..((((((((....)))))..(((((((((.....))))))))).))).(((((.(((((((((((.(....)...)))).)))).))))))))..(((((((((......))))))))). ( -58.30)
>268477_ENSRNOG00000028417_RAT_8595_8715/1-124
CAGGCGGGGUACCAGCCUCUAUGCCAGGCCAUAUGGGCUUGGCACGUCACGGGCAGCAGCUAUCACAUGAGAGACGGUGAUUGGCAUGCGUCUGCAUUGGGGGAGAGCCGGCUCCCCCGGG
..((((((((....)))))..(((((((((.....))))))))).))).(((((.(((((((((((.(....)...)))).)))).))))))))..(((((((((......))))))))). ( -58.30)
>268477_ENSDARG00000016854_ZEBRAFISH_8436_8545/1-124
UACCUGCUCUUAUGCCAAGCCAUAUGGUGGGCACGUCACUGGCAGGAGCCAUCACAUGAGAGCGGGUGAUUGACACGCGCUCGCAUUCGUAGAGAUUGCCUUCCCGAGGG
((((((((((((((((..(((....))).)))..((...((((....))))..)))))))))))))))........((....)).((((..(((.....)))..)))).. ( -39.40)
>consensus
_CAGGCGGGGUACCAGCCUCUAUGCCAGG_CCAUAUGGGCUUGGCACGUCACGGGCAGCAGCUAUCACAUGAGAGACGGUGAUUGGCAUGCGUCUGCAUUGGGGGAGAGCCGGCUCCCCCGGG_
...............((.....(((((((.((.....))))))))).((((..(((....)))(((((..........)))))))))........)).(((((((((......))))))))).. (-30.32 = -31.68 +   1.36) 

268477-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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