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Results for CNB 265692_2

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


265692_ENSRNOG00000007683_RAT_9227_9692/1-473        TTACAATAAAGCCAAGGGGAGAGAATTAAGAATCTTTGAAGTAGACCAAGGCTCAAAGGA
265692_ENSMUSG00000040478_MOUSE_2454_2920/1-473      TTACAATAAAGCCAAGGGGAGAGAATTAAGAATCTTTGAAGTAGACCAAGGCTCAAAGGA
265692_ENSG00000112238_HUMAN_9283_9748/1-473         TTACAATAAAGCCAAGGGGAGAGAATTAAAAATCTTTGAAGTAGATCAAGGCTCAAAGGA
265692_SINFRUG00000152747_FUGU_5223_5688/1-473       G-ACACAAAAGG--AGGAGGGAAAATAAA-AAGCTTTGAAGTGCATTAAAGC-CAAAGAA


265692_ENSRNOG00000007683_RAT_9227_9692/1-473        ATCAG-CCAAGTAGACTTAAAGTAGTCACTTATTTCCCAAAACTGGTTTGTCGGTGAACA
265692_ENSMUSG00000040478_MOUSE_2454_2920/1-473      ATCAG-CCAAGTAGACTTAAAGTAGTCACTTATTTCCCAAAACTGGTTTGTCGGTGAACA
265692_ENSG00000112238_HUMAN_9283_9748/1-473         ATCAG-CCAAGTAGACTTAAAGTAGTCACTTATTTCCCAAAACTGGTTTGTCGGGGAACA
265692_SINFRUG00000152747_FUGU_5223_5688/1-473       TGCTGGCCAAGTAGATTTAAAGTAGCCACCGATTTCCAAAACCTTGCTTGAAAGGGAGGA


265692_ENSRNOG00000007683_RAT_9227_9692/1-473        ATAAAAGGAAGTAAA-ATTTATGGAGAAATTATACAGTGGATTTGTCACTTAAAATATCG
265692_ENSMUSG00000040478_MOUSE_2454_2920/1-473      ATAAAAGGAAGTAAA-ATTTATGGAGAAATTATACAGTGGATTTGTCACTTAAAATATCG
265692_ENSG00000112238_HUMAN_9283_9748/1-473         ATAAAAGGAAGTAAA-ATTTATGGAGAAATTATACAGTGGATTTGTCACTTAAAATATCG
265692_SINFRUG00000152747_FUGU_5223_5688/1-473       ATTGGAGAGGGCGAGGATTTATGGATAAATTATACAGTGGATTTGTCAGTTAAAATATCG


265692_ENSRNOG00000007683_RAT_9227_9692/1-473        TAACTGTCTCAGGGACAATACCCCATGCTGAGGATTAATGGTCCCGCCGGACCTTTGATT
265692_ENSMUSG00000040478_MOUSE_2454_2920/1-473      TAACTGTCTCAGGGACAATACCCCATGCTGAGGATTAATGGTCCCGCCGGACCTTTGATT
265692_ENSG00000112238_HUMAN_9283_9748/1-473         TAACTGTCTGGAGGACAATACCCCATGCTGAGGATTAATGGTCCCGCCGGACCTTTGATT
265692_SINFRUG00000152747_FUGU_5223_5688/1-473       GAACTGTCTGGAGGACAAAGCCACATGCTGAGGATTAATGGTTGCTCCGGACCTTTGATT


265692_ENSRNOG00000007683_RAT_9227_9692/1-473        CACCAGCGCCTTTTCTTCGCCCTTGACAAATTGGATTTTTAGGAATGGGAAGGTCGCCTG
265692_ENSMUSG00000040478_MOUSE_2454_2920/1-473      CACCAGCGCCTTTTCTTCGCCCTTGACAAATTGGATTTTTAGGAATGGGAAGGTCGCCTG
265692_ENSG00000112238_HUMAN_9283_9748/1-473         CACCAGTGCCTTTTCTTCGCCCTTGACAAATTGGATTTTTAGGAATGGGAAGGTCGCCTG
265692_SINFRUG00000152747_FUGU_5223_5688/1-473       CCGCACCCTCTTTTCTCTGCCCTTGACAAATTGGATTTTGGGGA-TGGGAAGGTCGCCCG

265692_2.aln

RNAz output


############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  87.57
 Mean single sequence MFE: -82.38
 Consensus MFE: -58.42
 Energy contribution: -59.92
 Covariance contribution:   1.50
 Mean z-score:  -1.42
 Structure conservation index:   0.71
 SVM decision value:  -0.05
 SVM RNA-class probability: 0.508290
 Prediction: RNA

######################################################################

>265692_ENSRNOG00000007683_RAT_9227_9692/1-473
UUACAAUAAAGCCAAGGGGAGAGAAUUAAGAAUCUUUGAAGUAGACCAAGGCUCAAAGGAAUCAGCCAAGUAGACUUAAAGUAGUCACUUAUUUCCCAAAACUGGUUUGUCGGUGAACAAUAAAAGGAAGUAAAAUUUAUGGAGAAAUUAUACAGUGGAUUUGUCACUUAAAAUAUCGUAACUGUCUCAGGGACAAUACCCCAUGCUGAGGAUUAAUGGUCCCGCCGGACCUUUGAUUCACCAGCGCCUUUUCUUCGCCCUUGACAAAUUGGAUUUUUAGGAAUGGGAAGGUCGCCUG
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>265692_ENSMUSG00000040478_MOUSE_2454_2920/1-473
UUACAAUAAAGCCAAGGGGAGAGAAUUAAGAAUCUUUGAAGUAGACCAAGGCUCAAAGGAAUCAGCCAAGUAGACUUAAAGUAGUCACUUAUUUCCCAAAACUGGUUUGUCGGUGAACAAUAAAAGGAAGUAAAAUUUAUGGAGAAAUUAUACAGUGGAUUUGUCACUUAAAAUAUCGUAACUGUCUCAGGGACAAUACCCCAUGCUGAGGAUUAAUGGUCCCGCCGGACCUUUGAUUCACCAGCGCCUUUUCUUCGCCCUUGACAAAUUGGAUUUUUAGGAAUGGGAAGGUCGCCUG
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>265692_ENSG00000112238_HUMAN_9283_9748/1-473
UUACAAUAAAGCCAAGGGGAGAGAAUUAAAAAUCUUUGAAGUAGAUCAAGGCUCAAAGGAAUCAGCCAAGUAGACUUAAAGUAGUCACUUAUUUCCCAAAACUGGUUUGUCGGGGAACAAUAAAAGGAAGUAAAAUUUAUGGAGAAAUUAUACAGUGGAUUUGUCACUUAAAAUAUCGUAACUGUCUGGAGGACAAUACCCCAUGCUGAGGAUUAAUGGUCCCGCCGGACCUUUGAUUCACCAGUGCCUUUUCUUCGCCCUUGACAAAUUGGAUUUUUAGGAAUGGGAAGGUCGCCUG
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>265692_SINFRUG00000152747_FUGU_5223_5688/1-473
GACACAAAAGGAGGAGGGAAAAUAAAAAGCUUUGAAGUGCAUUAAAGCCAAAGAAUGCUGGCCAAGUAGAUUUAAAGUAGCCACCGAUUUCCAAAACCUUGCUUGAAAGGGAGGAAUUGGAGAGGGCGAGGAUUUAUGGAUAAAUUAUACAGUGGAUUUGUCAGUUAAAAUAUCGGAACUGUCUGGAGGACAAAGCCACAUGCUGAGGAUUAAUGGUUGCUCCGGACCUUUGAUUCCGCACCCUCUUUUCUCUGCCCUUGACAAAUUGGAUUUUGGGGAUGGGAAGGUCGCCCG
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>consensus
UUACAAUAAAGCCAAGGGGAGAGAAUUAAGAAUCUUUGAAGUAGACCAAGGCUCAAAGGAAUCAG_CCAAGUAGACUUAAAGUAGUCACUUAUUUCCCAAAACUGGUUUGUCGGGGAACAAUAAAAGGAAGUAAA_AUUUAUGGAGAAAUUAUACAGUGGAUUUGUCACUUAAAAUAUCGUAACUGUCUCAAGGACAAUACCCCAUGCUGAGGAUUAAUGGUCCCGCCGGACCUUUGAUUCACCAGCGCCUUUUCUUCGCCCUUGACAAAUUGGAUUUUUAGGAAUGGGAAGGUCGCCUG
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265692_2.rnaz

RNAalifold consensus structure

Secondary Structure Dot Plot
PS | PDF PS | PDF
Stefan Washietl
Last modified: Thu Aug 12 14:35:44 CEST 2004