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Results for CNB 265692_1
Input Alignment
CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment
265692_ENSRNOG00000007683_RAT_9227_9692/1-473 AGAAGTTAACAAGTCCTCCAAACAGTCCCCGTCCCTTTGTTTAATCTCCTTTACAATAAA
265692_ENSMUSG00000040478_MOUSE_2454_2920/1-473 AGAAGTTAACAAGTCCTCCAAACAGTCCCCGTCCCTTTGTTTAATCTCCTTTACAATAAA
265692_ENSG00000112238_HUMAN_9283_9748/1-473 AGTAGTTAACAAGTCCTCCAAACAGTCTCCATCTCTTTGTTTAATCTCCTTTACAATAAA
265692_SINFRUG00000152747_FUGU_5223_5688/1-473 AGAAGTTAACAAGTCCTCTAAACTTTCCTGCCTCCTTTGTTGCA-CTAAGG-ACACAAAA
265692_ENSRNOG00000007683_RAT_9227_9692/1-473 GCCAAGGGGAGAGAATTAAGAATCTTTGAAGTAGACCAAGGCTCAAAGGAATCAG-CCAA
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265692_SINFRUG00000152747_FUGU_5223_5688/1-473 GG--AGGAGGGAAAATAAA-AAGCTTTGAAGTGCATTAAAGC-CAAAGAATGCTGGCCAA
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265692_SINFRUG00000152747_FUGU_5223_5688/1-473 GTAGATTTAAAGTAGCCACCGATTTCCAAAACCTTGCTTGAAAGGGAGGAATTGGAGAGG
265692_ENSRNOG00000007683_RAT_9227_9692/1-473 GTAAA-ATTTATGGAGAAATTATACAGTGGATTTGTCACTTAAAATATCGTAACTGTCTC
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265692_SINFRUG00000152747_FUGU_5223_5688/1-473 GCGAGGATTTATGGATAAATTATACAGTGGATTTGTCAGTTAAAATATCGGAACTGTCTG
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265692_SINFRUG00000152747_FUGU_5223_5688/1-473 GAGGACAAAGCCACATGCTGAGGATTAATGGTTGCTCCGGACCTTTGATTCCGCACCCTC
265692_1.aln
RNAz output
############################ RNAz 0.1 ##############################
Sequences: 4
Columns: 300
Mean pairwise identity: 85.62
Mean single sequence MFE: -79.72
Consensus MFE: -56.51
Energy contribution: -59.45
Covariance contribution: 2.94
Mean z-score: -1.88
Structure conservation index: 0.71
SVM decision value: 0.52
SVM RNA-class probability: 0.768555
Prediction: RNA
######################################################################
>265692_ENSRNOG00000007683_RAT_9227_9692/1-473
AGAAGUUAACAAGUCCUCCAAACAGUCCCCGUCCCUUUGUUUAAUCUCCUUUACAAUAAAGCCAAGGGGAGAGAAUUAAGAAUCUUUGAAGUAGACCAAGGCUCAAAGGAAUCAGCCAAGUAGACUUAAAGUAGUCACUUAUUUCCCAAAACUGGUUUGUCGGUGAACAAUAAAAGGAAGUAAAAUUUAUGGAGAAAUUAUACAGUGGAUUUGUCACUUAAAAUAUCGUAACUGUCUCAGGGACAAUACCCCAUGCUGAGGAUUAAUGGUCCCGCCGGACCUUUGAUUCACCAGCGCC
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>265692_ENSMUSG00000040478_MOUSE_2454_2920/1-473
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>265692_ENSG00000112238_HUMAN_9283_9748/1-473
AGUAGUUAACAAGUCCUCCAAACAGUCUCCAUCUCUUUGUUUAAUCUCCUUUACAAUAAAGCCAAGGGGAGAGAAUUAAAAAUCUUUGAAGUAGAUCAAGGCUCAAAGGAAUCAGCCAAGUAGACUUAAAGUAGUCACUUAUUUCCCAAAACUGGUUUGUCGGGGAACAAUAAAAGGAAGUAAAAUUUAUGGAGAAAUUAUACAGUGGAUUUGUCACUUAAAAUAUCGUAACUGUCUGGAGGACAAUACCCCAUGCUGAGGAUUAAUGGUCCCGCCGGACCUUUGAUUCACCAGUGCC
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>265692_SINFRUG00000152747_FUGU_5223_5688/1-473
AGAAGUUAACAAGUCCUCUAAACUUUCCUGCCUCCUUUGUUGCACUAAGGACACAAAAGGAGGAGGGAAAAUAAAAAGCUUUGAAGUGCAUUAAAGCCAAAGAAUGCUGGCCAAGUAGAUUUAAAGUAGCCACCGAUUUCCAAAACCUUGCUUGAAAGGGAGGAAUUGGAGAGGGCGAGGAUUUAUGGAUAAAUUAUACAGUGGAUUUGUCAGUUAAAAUAUCGGAACUGUCUGGAGGACAAAGCCACAUGCUGAGGAUUAAUGGUUGCUCCGGACCUUUGAUUCCGCACCCUC
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>consensus
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265692_1.rnaz
RNAalifold consensus structure
Stefan Washietl
Last modified: Thu Aug 12 14:35:44 CEST 2004
