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Results for CNB 251196-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


251196_ENSG00000082898_HUMAN_5544_5647/1-104        CCTCCTCCTAGTGCCTCAAACTCGGAACCGGTTGAAACCGGTTCAGACTGGGAGATTCCA
251196_ENSMUSG00000020290_MOUSE_3674_3777/1-104     CCTCCTCCTAGTGCCTCAAACTCGGAACCGGTTGAAACCGGTTCAGACTGGGAGATTCCA
251196_ENSDARG00000005555_ZEBRAFISH_6682_6782/1-104 -CTTCTCACA-AGCAACAAACTCGTAACCGGTTGAAACCGGTTCAGACTGGGAGATTCCA
251196_ENSRNOG00000009935_RAT_4112_4214/1-104       CCTCCTCCTAGTGCCTCAAACTCGGAACCGGTTGAAACCGGTTCAGACTGGGAGATTCCA
                                                     ** ***  *  **  ******** ***********************************


251196_ENSG00000082898_HUMAN_5544_5647/1-104        TCTCGGTTGAGTTTTCAGCCCATGGCGCCGCGGAGCGTTTGGAA
251196_ENSMUSG00000020290_MOUSE_3674_3777/1-104     TCTCGGTTGAGTTTTCAGCCCATGGCGCCGCGGAGCGTTTGGAA
251196_ENSDARG00000005555_ZEBRAFISH_6682_6782/1-104 TCTCGGTTTAGTTTTCAGCCGATGGCGCCGCGAAAAGTTTGGA-
251196_ENSRNOG00000009935_RAT_4112_4214/1-104       TCTCGGTTGAGTTTTCAGCCCATGGCGCCGCGGAGCGTTTGGA-
                                                    ******** *********** *********** *  ******* 

251196-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 104
 Mean pairwise identity:  92.62
 Mean single sequence MFE: -37.43
 Consensus MFE: -31.35
 Energy contribution: -31.72
 Covariance contribution:   0.37
 Mean z-score:  -1.71
 Structure conservation index:   0.84
 SVM decision value:   0.41
 SVM RNA-class probability: 0.724313
 Prediction: RNA

######################################################################

>251196_ENSG00000082898_HUMAN_5544_5647/1-104
CCUCCUCCUAGUGCCUCAAACUCGGAACCGGUUGAAACCGGUUCAGACUGGGAGAUUCCAUCUCGGUUGAGUUUUCAGCCCAUGGCGCCGCGGAGCGUUUGGAA
((.(((((..(((((..((((((.((((((((....)))))))).((((((((.......)))))))))))))).........)))))...)))).)...)).. ( -40.50)
>251196_ENSMUSG00000020290_MOUSE_3674_3777/1-104
CCUCCUCCUAGUGCCUCAAACUCGGAACCGGUUGAAACCGGUUCAGACUGGGAGAUUCCAUCUCGGUUGAGUUUUCAGCCCAUGGCGCCGCGGAGCGUUUGGAA
((.(((((..(((((..((((((.((((((((....)))))))).((((((((.......)))))))))))))).........)))))...)))).)...)).. ( -40.50)
>251196_ENSDARG00000005555_ZEBRAFISH_6682_6782/1-104
CUUCUCACAAGCAACAAACUCGUAACCGGUUGAAACCGGUUCAGACUGGGAGAUUCCAUCUCGGUUUAGUUUUCAGCCGAUGGCGCCGCGAAAAGUUUGGA
.......(((((...(((((.(.(((((((....))))))))(((((((((.......))))))))))))))...(((...)))..........))))).. ( -28.20)
>251196_ENSRNOG00000009935_RAT_4112_4214/1-104
CCUCCUCCUAGUGCCUCAAACUCGGAACCGGUUGAAACCGGUUCAGACUGGGAGAUUCCAUCUCGGUUGAGUUUUCAGCCCAUGGCGCCGCGGAGCGUUUGGA
((.(((((..(((((..((((((.((((((((....)))))))).((((((((.......)))))))))))))).........)))))...)))).)...)). ( -40.50)
>consensus
CCUCCUCCUAGUGCCUCAAACUCGGAACCGGUUGAAACCGGUUCAGACUGGGAGAUUCCAUCUCGGUUGAGUUUUCAGCCCAUGGCGCCGCGGAGCGUUUGGA_
.((((............((((((.((((((((....)))))))).((((((((.......))))))))))))))...(((...))).....))))......... (-31.35 = -31.72 +   0.37) 

251196-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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