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Results for CNB 244427_5

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


244427_ENSMUSG00000036888_MOUSE_6983_7489/1-510          TGACCAGGGTTTTATTCACAGGCCTGTGATGAACGCCAAGCTGATCAGGCGGAATGAAGA
244427_ENSRNOG00000002457_RAT_6069_6575/1-510            TGACCAGGGTTTTATTCACAGGCCTGTGATGAACGCCAAGCTGATCAGGCGGAATGAAGA
244427_ENSDARG00000015073_ZEBRAFISH_4427_4928/1-510      TGACC-GGCTTTTATTCACTCGCTAGTGATGAACGCCAAGCTGATCAGGCGGAATGGGCG
244427_ENSG00000163064_HUMAN_6937_7444/1-510             TGACCAGGGTTTTATTCACAGGCCTGTGATGAACGCCAAGCTGATCAGGCGGAATGAAGA


244427_ENSMUSG00000036888_MOUSE_6983_7489/1-510          GTAATTAAAACCTATAAATTATCTTCCGCAGCCCTTCTCACGGCGTCTCCTGCAGGCGAG
244427_ENSRNOG00000002457_RAT_6069_6575/1-510            GTAATTAAAACCTATAAATTATCTTCCGCAGCCCTTCTCACGGCGTCTCCTGCAGGCGAG
244427_ENSDARG00000015073_ZEBRAFISH_4427_4928/1-510      CTAATTAAAACCTATAAATTATCTTTTGCAGTCCCTCTCAAGACGTCGCATGCAGCCGAG
244427_ENSG00000163064_HUMAN_6937_7444/1-510             GTAATTAAAACCTATAAATTATCTTCCGCAGCCCTTCTCGAGGCGTCTCCTGCAGGCGAG


244427_ENSMUSG00000036888_MOUSE_6983_7489/1-510          ATAAGGCGTCGAGACCCTATTTACGGCGCTGAAAGGGACCGCGGCGCACAAAAGCTACGC
244427_ENSRNOG00000002457_RAT_6069_6575/1-510            ATAAGGCGTCGAGACCCTATTTACGGCGCTGAAAGGGACCGCGGTGCACAAAAGCTACGC
244427_ENSDARG00000015073_ZEBRAFISH_4427_4928/1-510      ATAAGAGCTGGAGTGCTAATTTACCGC-CTGAAAAGGAGCGTGGCTCACAATGGCTACTT
244427_ENSG00000163064_HUMAN_6937_7444/1-510             ATAAGGCGTCGAGACCCTATTTACCGCGCTGAAAGGGACCGCGGCGCACAAAAGCTACGC


244427_ENSMUSG00000036888_MOUSE_6983_7489/1-510          GGCT-AAATAGGATATTGATAGTGTCCTAATTAGAATTTAATTAAGTACCCACGGTCGCT
244427_ENSRNOG00000002457_RAT_6069_6575/1-510            GGCT-AAATAGGATATTGATAGTGTCCTAATTAGAATTTAATTAAGTACCCACGGTCGCT
244427_ENSDARG00000015073_ZEBRAFISH_4427_4928/1-510      GGCTCAAATAGCATATTGATAGTGTCCTAATTAGAAATTTATTAAGTACCCACTCGAGCT
244427_ENSG00000163064_HUMAN_6937_7444/1-510             AGCT-AAATAGGATATTGATAGTGTCCTAATTAGAATTTAATTAAGTACCCACGCTTGCT


244427_ENSMUSG00000036888_MOUSE_6983_7489/1-510          TGTGGGATAAAGATTTCAAT
244427_ENSRNOG00000002457_RAT_6069_6575/1-510            TGCGGGATAAAGATTTCAAT
244427_ENSDARG00000015073_ZEBRAFISH_4427_4928/1-510      TTTCGAATAAAGATTTCAA-
244427_ENSG00000163064_HUMAN_6937_7444/1-510             TGCGGGATAAAGATTTCAAT

244427_5.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 260
 Mean pairwise identity:  89.21
 Mean single sequence MFE: -79.48
 Consensus MFE: -55.84
 Energy contribution: -59.53
 Covariance contribution:   3.69
 Mean z-score:  -1.75
 Structure conservation index:   0.70
 SVM decision value:   0.11
 SVM RNA-class probability: 0.587784
 Prediction: RNA

######################################################################

>244427_ENSMUSG00000036888_MOUSE_6983_7489/1-510
UGACCAGGGUUUUAUUCACAGGCCUGUGAUGAACGCCAAGCUGAUCAGGCGGAAUGAAGAGUAAUUAAAACCUAUAAAUUAUCUUCCGCAGCCCUUCUCACGGCGUCUCCUGCAGGCGAGAUAAGGCGUCGAGACCCUAUUUACGGCGCUGAAAGGGACCGCGGCGCACAAAAGCUACGCGGCUAAAUAGGAUAUUGAUAGUGUCCUAAUUAGAAUUUAAUUAAGUACCCACGGUCGCUUGUGGGAUAAAGAUUUCAAU
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>244427_ENSRNOG00000002457_RAT_6069_6575/1-510
UGACCAGGGUUUUAUUCACAGGCCUGUGAUGAACGCCAAGCUGAUCAGGCGGAAUGAAGAGUAAUUAAAACCUAUAAAUUAUCUUCCGCAGCCCUUCUCACGGCGUCUCCUGCAGGCGAGAUAAGGCGUCGAGACCCUAUUUACGGCGCUGAAAGGGACCGCGGUGCACAAAAGCUACGCGGCUAAAUAGGAUAUUGAUAGUGUCCUAAUUAGAAUUUAAUUAAGUACCCACGGUCGCUUGCGGGAUAAAGAUUUCAAU
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>244427_ENSDARG00000015073_ZEBRAFISH_4427_4928/1-510
UGACCGGCUUUUAUUCACUCGCUAGUGAUGAACGCCAAGCUGAUCAGGCGGAAUGGGCGCUAAUUAAAACCUAUAAAUUAUCUUUUGCAGUCCCUCUCAAGACGUCGCAUGCAGCCGAGAUAAGAGCUGGAGUGCUAAUUUACCGCCUGAAAAGGAGCGUGGCUCACAAUGGCUACUUGGCUCAAAUAGCAUAUUGAUAGUGUCCUAAUUAGAAAUUUAUUAAGUACCCACUCGAGCUUUUCGAAUAAAGAUUUCAA
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>244427_ENSG00000163064_HUMAN_6937_7444/1-510
UGACCAGGGUUUUAUUCACAGGCCUGUGAUGAACGCCAAGCUGAUCAGGCGGAAUGAAGAGUAAUUAAAACCUAUAAAUUAUCUUCCGCAGCCCUUCUCGAGGCGUCUCCUGCAGGCGAGAUAAGGCGUCGAGACCCUAUUUACCGCGCUGAAAGGGACCGCGGCGCACAAAAGCUACGCAGCUAAAUAGGAUAUUGAUAGUGUCCUAAUUAGAAUUUAAUUAAGUACCCACGCUUGCUUGCGGGAUAAAGAUUUCAAU
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>consensus
UGACCAGGGUUUUAUUCACAGGCCUGUGAUGAACGCCAAGCUGAUCAGGCGGAAUGAAGAGUAAUUAAAACCUAUAAAUUAUCUUCCGCAGCCCUUCUCAAGGCGUCUCCUGCAGGCGAGAUAAGGCGUCGAGACCCUAUUUACCGCGCUGAAAGGGACCGCGGCGCACAAAAGCUACGCGGCU_AAAUAGGAUAUUGAUAGUGUCCUAAUUAGAAUUUAAUUAAGUACCCACGCUCGCUUGCGGGAUAAAGAUUUCAAU
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244427_5.rnaz

RNAalifold consensus structure

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