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Results for CNB 238265

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

238265_ENSG00000170166_HUMAN_8681_8778/1-99    ACGTTGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGGTATCCGTATAGTCACAGATT
238265_ENSMUSG00000042464_MOUSE_8781_8879/1-99 ACGTTGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGGTACCCACATAGTCACAGATT
238265_ENSRNOG00000001578_RAT_8766_8864/1-99   ACGTTGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGGTACCCACATAGTCACAGATT
238265_SINFRUG00000124775_FUGU_7738_7835/1-99  -CGTCGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGATGGCGTCAAAGTCACAGATT
                                                *** ********************************** *  *   * ***********


238265_ENSG00000170166_HUMAN_8681_8778/1-99    CGATTCTAGGGGAATATATGGTCGATGCAAAAACTTCA-
238265_ENSMUSG00000042464_MOUSE_8781_8879/1-99 CGATTCTAGGGGAATATATGGTCGATGCAAAAACTTCAT
238265_ENSRNOG00000001578_RAT_8766_8864/1-99   CGATTCTAGGGGAATATATGGTCGATGCAAAAACTTCAT
238265_SINFRUG00000124775_FUGU_7738_7835/1-99  CGATTCTAGGGGAGTATATGGGCGATGAAAAATCTTCGA
                                               ************* ******* ***** **** ****  


//

238265.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 99
 Mean pairwise identity:  91.41
 Mean single sequence MFE: -38.25
 Consensus MFE: -36.55
 Energy contribution: -36.80
 Covariance contribution:   0.25
 Mean z-score:  -5.66
 Structure conservation index:   0.96
 SVM decision value:   1.60
 SVM RNA-class probability: 0.966927
 Prediction: RNA

######################################################################

>238265_ENSG00000170166_HUMAN_8681_8778/1-99
ACGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUAUCCGUAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCA
.(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((..(((....)))...)))))))))).))))))))).)))))))).)))))........... ( -37.70)
>238265_ENSMUSG00000042464_MOUSE_8781_8879/1-99
ACGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUACCCACAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCAU
.(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((..((......))...)))))))))).))))))))).)))))))).)))))............ ( -36.30)
>238265_ENSRNOG00000001578_RAT_8766_8864/1-99
ACGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUACCCACAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCAU
.(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((..((......))...)))))))))).))))))))).)))))))).)))))............ ( -36.30)
>238265_SINFRUG00000124775_FUGU_7738_7835/1-99
CGUCGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGAUGGCGUCAAAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAGUAUAUGGGCGAUGAAAAAUCUUCGA
((((((((((((((.((((.(((((.((((((((((((((...))))....)))))))))).))))))))).))))))))))))))............ ( -42.70)
>consensus
ACGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUACCCACAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCAU
.(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((..(((....)))...)))))))))).))))))))).)))))))).)))))............ (-36.55 = -36.80 +   0.25) 

238265.rnaz

RNAalifold consensus structure

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