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Results for CNB 238265-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


238265_ENSG00000170166_HUMAN_8681_8778/1-99    -TGAAGTTTTTGCATCGACCATATATTCCCCTAGAATCGAATCTGTGACTATACGGATAC
238265_ENSMUSG00000042464_MOUSE_8781_8879/1-99 ATGAAGTTTTTGCATCGACCATATATTCCCCTAGAATCGAATCTGTGACTATGTGGGTAC
238265_ENSRNOG00000001578_RAT_8766_8864/1-99   ATGAAGTTTTTGCATCGACCATATATTCCCCTAGAATCGAATCTGTGACTATGTGGGTAC
238265_SINFRUG00000124775_FUGU_7738_7835/1-99  TCGAAGATTTTTCATCGCCCATATACTCCCCTAGAATCGAATCTGTGACTTTGACGCCAT
                                                 **** **** ***** ******* ************************ *   *  * 


238265_ENSG00000170166_HUMAN_8681_8778/1-99    CACACAAATTCGGTTCTACAGGGTATATATAGACAACGT
238265_ENSMUSG00000042464_MOUSE_8781_8879/1-99 CACACAAATTCGGTTCTACAGGGTATATATAGACAACGT
238265_ENSRNOG00000001578_RAT_8766_8864/1-99   CACACAAATTCGGTTCTACAGGGTATATATAGACAACGT
238265_SINFRUG00000124775_FUGU_7738_7835/1-99  CACACAAATTCGGTTCTACAGGGTATATATAGACGACG-
                                               ********************************** *** 

238265-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 99
 Mean pairwise identity:  91.41
 Mean single sequence MFE: -26.25
 Consensus MFE: -25.40
 Energy contribution: -25.09
 Covariance contribution:  -0.31
 Mean z-score:  -2.74
 Structure conservation index:   0.97
 SVM decision value:   2.88
 SVM RNA-class probability: 0.997531
 Prediction: RNA

######################################################################

>238265_ENSG00000170166_HUMAN_8681_8778/1-99
UGAAGUUUUUGCAUCGACCAUAUAUUCCCCUAGAAUCGAAUCUGUGACUAUACGGAUACCACACAAAUUCGGUUCUACAGGGUAUAUAUAGACAACGU
.((.((....)).))....((((((.(((.(((((((((((.((((..(((....)))...)))).)))))))))))..))).))))))......... ( -25.10)
>238265_ENSMUSG00000042464_MOUSE_8781_8879/1-99
AUGAAGUUUUUGCAUCGACCAUAUAUUCCCCUAGAAUCGAAUCUGUGACUAUGUGGGUACCACACAAAUUCGGUUCUACAGGGUAUAUAUAGACAACGU
.(((.((....)).)))...((((((.(((.(((((((((((.(((((((.....)))....)))).)))))))))))..))).))))))......... ( -26.20)
>238265_ENSRNOG00000001578_RAT_8766_8864/1-99
AUGAAGUUUUUGCAUCGACCAUAUAUUCCCCUAGAAUCGAAUCUGUGACUAUGUGGGUACCACACAAAUUCGGUUCUACAGGGUAUAUAUAGACAACGU
.(((.((....)).)))...((((((.(((.(((((((((((.(((((((.....)))....)))).)))))))))))..))).))))))......... ( -26.20)
>238265_SINFRUG00000124775_FUGU_7738_7835/1-99
UCGAAGAUUUUUCAUCGCCCAUAUACUCCCCUAGAAUCGAAUCUGUGACUUUGACGCCAUCACACAAAUUCGGUUCUACAGGGUAUAUAUAGACGACG
..............(((.(.(((((..(((.(((((((((((.((((....((....))...)))).)))))))))))..)))..))))).).))).. ( -27.50)
>consensus
AUGAAGUUUUUGCAUCGACCAUAUAUUCCCCUAGAAUCGAAUCUGUGACUAUGUGGGUACCACACAAAUUCGGUUCUACAGGGUAUAUAUAGACAACGU
.(((.((....)).)))...((((((.(((.(((((((((((.((((...............)))).)))))))))))..))).))))))......... (-25.40 = -25.09 +  -0.31) 

238265-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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