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Results for CNB 238231

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

238231_ENSG00000170166_HUMAN_9856_9938/1-83        GTGATAAACTTGCTCCCTCGCCATTGGCTGGCCTGGTCACATGGCTGCCCAACTTTATTC
238231_ENSMUSG00000042464_MOUSE_9857_9939/1-83     GTGATAAACATGCTTTCTTCCTATTGGCTGGCCTGGTCACATGGCCGCCCAACTTTATTC
238231_ENSDARG00000010540_ZEBRAFISH_7426_7506/1-83 -TGATGAAGTCCCTCCACCTCGATTGGCCAAGCTGGTCACATGGTAGGCTAACTTTATTC
238231_ENSRNOG00000001578_RAT_9853_9934/1-83       -TGATAAACATGCTCTCTTCCTATTGGCTGGCCTGGTCACATGGCCGCCCAACTTTATTC
                                                    **** **    **      * ******    ************  * * **********


238231_ENSG00000170166_HUMAN_9856_9938/1-83        AGTTGACAGCAAGTAGGAGGGCC
238231_ENSMUSG00000042464_MOUSE_9857_9939/1-83     AGTTGACAGCAAGTAGGAGGGCC
238231_ENSDARG00000010540_ZEBRAFISH_7426_7506/1-83 AGTTGACAGCAAGTAGGAGGGC-
238231_ENSRNOG00000001578_RAT_9853_9934/1-83       AGTTGACAGCAAGTAGGAGGGCC
                                                   ********************** 


//

238231.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 83
 Mean pairwise identity:  84.71
 Mean single sequence MFE: -26.55
 Consensus MFE: -17.67
 Energy contribution: -18.80
 Covariance contribution:   1.13
 Mean z-score:  -1.67
 Structure conservation index:   0.67
 SVM decision value:   0.13
 SVM RNA-class probability: 0.599283
 Prediction: RNA

######################################################################

>238231_ENSG00000170166_HUMAN_9856_9938/1-83
GUGAUAAACUUGCUCCCUCGCCAUUGGCUGGCCUGGUCACAUGGCUGCCCAACUUUAUUCAGUUGACAGCAAGUAGGAGGGCC
..............(((((((((((((((.....))))).)))))(((.(((((......)))))...))).....))))).. ( -25.70)
>238231_ENSMUSG00000042464_MOUSE_9857_9939/1-83
GUGAUAAACAUGCUUUCUUCCUAUUGGCUGGCCUGGUCACAUGGCCGCCCAACUUUAUUCAGUUGACAGCAAGUAGGAGGGCC
...............((((((((((.(((((((((....)).))))...(((((......)))))..))).)))))))))).. ( -28.10)
>238231_ENSDARG00000010540_ZEBRAFISH_7426_7506/1-83
UGAUGAAGUCCCUCCACCUCGAUUGGCCAAGCUGGUCACAUGGUAGGCUAACUUUAUUCAGUUGACAGCAAGUAGGAGGGC
.........(((((((((..(((..((...))..)))....)))..(((((((......))))...))).....)))))). ( -23.80)
>238231_ENSRNOG00000001578_RAT_9853_9934/1-83
UGAUAAACAUGCUCUCUUCCUAUUGGCUGGCCUGGUCACAUGGCCGCCCAACUUUAUUCAGUUGACAGCAAGUAGGAGGGCC
..........((((((((.((...(((.((((((....)).)))))))(((((......)))))......)).)))))))). ( -28.60)
>consensus
_UGAUAAACAUGCUCCCUCCCUAUUGGCUGGCCUGGUCACAUGGCCGCCCAACUUUAUUCAGUUGACAGCAAGUAGGAGGGCC
...............((((((((((.(((((((((....)).)))....(((((......))))).)))).)))))))))).. (-17.67 = -18.80 +   1.13) 

238231.rnaz

RNAalifold consensus structure

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