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Results for CNB 238188

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

238188_ENSG00000170166_HUMAN_8682_8778/1-98        -CGTTGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGGTATCCGTATAGTCACAGATT
238188_SINFRUG00000124775_FUGU_7738_7833/1-98      -CGTCGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGATGGCGTCAAAGTCACAGATT
238188_ENSMUSG00000042464_MOUSE_8782_8878/1-98     -CGTTGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGGTACCCACATAGTCACAGATT
238188_ENSRNOG00000001578_RAT_8767_8863/1-98       -CGTTGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGGTACCCACATAGTCACAGATT
238188_ENSDARG00000010540_ZEBRAFISH_5246_5342/1-98 CCGTCGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGAAAAAATAACATTCACAGATT
                                                    *** **********************************        * * *********


238188_ENSG00000170166_HUMAN_8682_8778/1-98        CGATTCTAGGGGAATATATGGTCGATGCAAAAACTTCA
238188_SINFRUG00000124775_FUGU_7738_7833/1-98      CGATTCTAGGGGAGTATATGGGCGATGAAAAATCTTC-
238188_ENSMUSG00000042464_MOUSE_8782_8878/1-98     CGATTCTAGGGGAATATATGGTCGATGCAAAAACTTCA
238188_ENSRNOG00000001578_RAT_8767_8863/1-98       CGATTCTAGGGGAATATATGGTCGATGCAAAAACTTCA
238188_ENSDARG00000010540_ZEBRAFISH_5246_5342/1-98 CGATTCTAGGGGAGTATATGGTCGATGCAATAACTTC-
                                                   ************* ******* ***** ** * **** 


//

238188.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 98
 Mean pairwise identity:  89.93
 Mean single sequence MFE: -37.89
 Consensus MFE: -36.68
 Energy contribution: -36.20
 Covariance contribution:  -0.48
 Mean z-score:  -5.78
 Structure conservation index:   0.97
 SVM decision value:   3.66
 SVM RNA-class probability: 0.999503
 Prediction: RNA

######################################################################

>238188_ENSG00000170166_HUMAN_8682_8778/1-98
CGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUAUCCGUAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCA
(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((..(((....)))...)))))))))).))))))))).)))))))).)))))........... ( -37.20)
>238188_SINFRUG00000124775_FUGU_7738_7833/1-98
CGUCGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGAUGGCGUCAAAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAGUAUAUGGGCGAUGAAAAAUCUUC
((((((((((((((.((((.(((((.((((((((((((((...))))....)))))))))).))))))))).)))))))))))))).......... ( -42.70)
>238188_ENSMUSG00000042464_MOUSE_8782_8878/1-98
CGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUACCCACAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCA
(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((..((......))...)))))))))).))))))))).)))))))).)))))........... ( -35.80)
>238188_ENSRNOG00000001578_RAT_8767_8863/1-98
CGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUACCCACAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCA
(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((..((......))...)))))))))).))))))))).)))))))).)))))........... ( -35.80)
>238188_ENSDARG00000010540_ZEBRAFISH_5246_5342/1-98
CCGUCGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGAAAAAAUAACAUUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAGUAUAUGGUCGAUGCAAUAACUUC
.(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((...............)))))))))).))))))))).)))))))).))))).......... ( -37.96)
>consensus
_CGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUACCCACAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCA
.(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((...............)))))))))).))))))))).)))))))).)))))........... (-36.68 = -36.20 +  -0.48) 

238188.rnaz

RNAalifold consensus structure

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