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Results for CNB 238163

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

238163_ENSG00000170166_HUMAN_8676_8778/1-103        TTGTAACGTTGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGGTATCCGTATAGTCAC
238163_ENSMUSG00000042464_MOUSE_8776_8878/1-103     TTGTAACGTTGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGGTACCCACATAGTCAC
238163_ENSDARG00000010540_ZEBRAFISH_5242_5342/1-103 -TATGCCGTCGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGAAAAAATAACATTCAC
238163_SINFRUG00000124775_FUGU_7733_7833/1-103      CT-TGCCGTCGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGATGGCGTCAAAGTCAC
238163_ENSRNOG00000001578_RAT_8762_8863/1-103       -TGTAACGTTGTCTATATATACCCTGTAGAACCGAATTTGTGTGGTACCCACATAGTCAC
                                                     * *  *** **********************************        * * ****


238163_ENSG00000170166_HUMAN_8676_8778/1-103        AGATTCGATTCTAGGGGAATATATGGTCGATGCAAAAACTTCA
238163_ENSMUSG00000042464_MOUSE_8776_8878/1-103     AGATTCGATTCTAGGGGAATATATGGTCGATGCAAAAACTTCA
238163_ENSDARG00000010540_ZEBRAFISH_5242_5342/1-103 AGATTCGATTCTAGGGGAGTATATGGTCGATGCAATAACTTC-
238163_SINFRUG00000124775_FUGU_7733_7833/1-103      AGATTCGATTCTAGGGGAGTATATGGGCGATGAAAAATCTTC-
238163_ENSRNOG00000001578_RAT_8762_8863/1-103       AGATTCGATTCTAGGGGAATATATGGTCGATGCAAAAACTTCA
                                                    ****************** ******* ***** ** * **** 


//

238163.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 103
 Mean pairwise identity:  88.23
 Mean single sequence MFE: -38.57
 Consensus MFE: -37.04
 Energy contribution: -36.56
 Covariance contribution:  -0.48
 Mean z-score:  -5.49
 Structure conservation index:   0.96
 SVM decision value:   3.89
 SVM RNA-class probability: 0.999685
 Prediction: RNA

######################################################################

>238163_ENSG00000170166_HUMAN_8676_8778/1-103
UUGUAACGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUAUCCGUAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCA
......(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((..(((....)))...)))))))))).))))))))).)))))))).)))))........... ( -37.70)
>238163_ENSMUSG00000042464_MOUSE_8776_8878/1-103
UUGUAACGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUACCCACAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCA
......(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((..((......))...)))))))))).))))))))).)))))))).)))))........... ( -36.30)
>238163_ENSDARG00000010540_ZEBRAFISH_5242_5342/1-103
UAUGCCGUCGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGAAAAAAUAACAUUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAGUAUAUGGUCGAUGCAAUAACUUC
..(((.((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((...............)))))))))).))))))))).)))))))).)))))))........ ( -39.56)
>238163_SINFRUG00000124775_FUGU_7733_7833/1-103
CUUGCCGUCGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGAUGGCGUCAAAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAGUAUAUGGGCGAUGAAAAAUCUUC
.....((((((((((((((.((((.(((((.((((((((((((((...))))....)))))))))).))))))))).)))))))))))))).......... ( -43.00)
>238163_ENSRNOG00000001578_RAT_8762_8863/1-103
UGUAACGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUACCCACAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCA
.....(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((..((......))...)))))))))).))))))))).)))))))).)))))........... ( -36.30)
>consensus
_UGUAACGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUACCCACAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCA
......(((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((...............)))))))))).))))))))).)))))))).)))))........... (-37.04 = -36.56 +  -0.48) 

238163.rnaz

RNAalifold consensus structure

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